gnlab. تحميل مجاني ، gnlab. تحميل على برنامج تحميل

يحدد اسم Gnlab لمختبر الشبكة الجيني الظاهري. تم تطوير Gnlab لتكون أداة رواية معلوماتية دولية لتحليل الشبكات التنظيمية الجينية على نطاق واسع (GRNS). تدعم أداة سطر الأوامر C ++ هذا تحليل كل من الهيكل الثابت والسلوك الديناميكي ل GRN. تم تطوير Gnlab لدعم تصميم وتنفيذ التجارب الحاسوبية القابلة للتكرار واسعة النطاق على GRNS. يتكون Gnlab من مكونات قابلة للفصل لتوليد الشبكة والمحاكاة والتحليل والتصور والمقارنة والاستدلال. من خلال استخدام البرنامج النصي المعرفة من قبل المستخدم، يمكن أن تصيب هذه المكونات معا لإنشاء خط أنابيب لتحليل GRN. يمكن استدعاء كل مكون من خلال خيار سطر الأوامر. الخصائص الرئيسية: جيل الشبكة: ثلاثة نماذج نمو الشبكة متوفرة في gnlab. يمكن إنشاء شبكة عشوائية من قبل نموذج Erdos-Renyi (-r)، النموذج الخالي من النطاق (-f)، أو نموذج Charleston-Ho (-g). نموذج Charleston-Ho هو نموذج نمو الشبكة المقترح حديثا يعتمد على العمليات الرائعة في تطور الجينوم. يظهر هذا النموذج لالتقاط هيكل طوبولوجي مفصل لل GRNS الحقيقي (HO و Charleston، قيد الإعداد). تصور الشبكة: يمكن gnlab إنتاج ملفات الإدخال ل graphviz، geomi و ctoscape. يمكن استدعاء هذه الوظيفة بواسطة خيار سطر الأوامر. محاكاة الشبكة: باستخدام حركية التل، يمكن محاكاة نمط التعبير الجيني من GRN إما بالحتمية أو عشوائيا. يمكن إنشاء بيانات ملف التعبير الجيني بالسلسلة الزمنية من خلال استدعاء خيار سطر الأوامر - أ. يتم تخزين البيانات المحاكاة في ملف نصي مع ملحق ".Data". يمكن محاكاة ثلاثة أنواع من مجموعات بيانات microray بواسطة Gnlab: سلسلة زمنية، اضطرابات جين، ومجموعات بيانات خاصة بالحالة. يتم استخدام خيار سطر الأوامر -S لاستدعاء محاكاة بيانات MicroArray. تحليل الشبكة: يمكن تحديد الهيكل الثابت ل GRN من خلال مجموعة من ميزات طوبولوجي الشبكة. يتم احتساب مجموعة من 11 ميزات طوبولوجية في Gnlab. مقارنة الشبكة: يمكن حساب التشابه الطوبولوجي بين شبكتين مع نفس العدد من العقد في gnlab. يتم استدعاء مقارنة الشبكة من خلال خيار سطر الأوامر -C. يتم إخراج ملخص سطر واحد للاختلافات الطوبولوجية بين الشبكتين إلى وحدة التحكم. استنتاج الشبكة: gnlab لا يؤدي استنتاج الشبكة مباشرة. ومع ذلك، فإنه يسمح لمجموعة بيانات Microarray التي تنشئ لتحويلها إلى تنسيق الإدخال لأراسن وبانجو. تم استدعاء هذه العملية بواسطة خيار سطر الأوامر -d.

gnlab. برامج ذات صلة