molegro الظاهري docker. تحميل مجاني ، molegro الظاهري docker. تحميل على برنامج تحميل

منصة متكاملة للتنبؤ بروتين - تفاعلات LIGAND Molegro Virtual Docker هو منصة متكاملة للتنبؤ بتفاوتات البروتين - LIGAND. Molegro Virtual Docker يتعامل مع جميع جوانب عملية الإرساء من إعداد الجزيئات لتحديد المواقع الملزمة المحتملة للبروتين المستهدف، وتوقع أوضاع ملزمة من Ligands.molegro Virtual Docker يوفر للمستخدم ذو جودة عالية تقنية تحسين رواية جنبا إلى جنب مع تجربة واجهة المستخدم التي تركز على الإنتاجية وسهولة الاستخدام. وقد ثبت أن Molegro Virtual Docker (MVD) لإنتاج دقة إرساء أعلى من منتجات الإرساء الأخرى من أحدث المنتجات (MVD: 87، Glide: 82، Surflex: 75، Flexx: 58). ملاحظة: من أجل تنزيل التطبيق، يجب عليك طلب نسخة تجريبية مجانية وحفظ مفتاح الترخيص التجريبي. فيما يلي بعض الملامح الرئيسية "Molegro Virtual Docker": استيراد جزيء وإعداد: من السهل استيراد وتحضير الجزيئات. يتم تحليل ملفات الهيكل الجزيئي في المكونات ذات الصلة (ligands، cofactors، جزيئات الماء والبروتينات) ويمكن إعدادها تلقائيا. تحليل التحذيرات والأخطاء تظهر في التسلسل الهرمي مناسب. يحدد كاشف التجويف المدمج مواقع ملزمة واعدة، مما يجعل من الممكن تقييد مساحة البحث إلى المناطق الأكثر إثارة للاهتمام. يتيح لك معالج البرتابة تحديد أهداف البراتذة المحتملة بسرعة (E.G. مخلفات الهستيدين) وتغيير ولاية البراتين بسرعة باستخدام قائمة السياق. لرسو السفن: تتم إدارة عملية الإرساء عبر معالج الإرساء. يسمح لك المعالج بما يلي: حدد الهياكل التي تضمينها في المحاكاة. اختيار المنطقة الربطية المحتملة (MVD سيعرض تلقائيا جيوب ملزمة محتملة). تكوين خصائص خوارزمية البحث وإعداد التجميع وتسجيل البيانات. إدارة قيود إضافية. فحص تحذيرات حول الاستعدادات غير المرجحة والمعلومات الهيكلية المفقودة (مثل بقايا غير معروفة). التحليلات: يتيح لك Organizer Pose تصفح المشكلات التي تم إرجاعها بواسطة محرك الإرساء. من القادر على التحميل يطرح من ركوب الإرساء ديناميكيا، مما يجعل من الممكن تصفح الآلاف من العرجاء. من الممكن فحص مختلف شروط الطاقة والتفاعلات، ومن الممكن أيضا حساب تدابير تقارب Reranking وملزمة أكثر تقدما. يتم تحديث سندات الهيدروجين والتفاعلات الكهربائية ديناميكيا عند التبديل بين المشكلات. تسلسل وتصور الهيكل: يتيح لك "عارض التسلسل" تحديد وتحديد المخلفات بسرعة في البروتين. تصور الرسوم المتحركة يسلط الضوء على المناطق المختلفة للهيكل الثانوي. قيود: العديد من القيود تجعل من الممكن تغيير المشهد الطاقة (على سبيل المثال عن طريق مكافأة مناطق معينة من مساحة البحث) أو لإجبار أو منع حدوث بعض التفاعلات. القيود التي يمكن تعريفها بناء على الخصائص الكيميائية (E.G. مقبلات رابطة الهيدروجين أو ذرات الدائري) أو يمكن تحديد الذرات الفردية لكل ligand. محلل البيانات: يمكن لمحلل البيانات في MVD إنشاء نماذج الانحدار (إما الشبكات العصبية أو الانحدار الخطي المتعدد)، واستخراج التدابير الإحصائية، وتصور البيانات. التنبؤ بالخصائص العددية للمركبات المرسومة من أشواط الإرساء MVD. يمكن تطبيق النماذج التي تم إنشاؤها بواسطة المستخدم مباشرة في منظم POSE. إنشاء نماذج الانحدار باستخدام الواصفات الرقمية المستوردة (E.G. من برنامج الجهات الخارجية). اختيار ميزة لإيجاد الواصفات ذات الصلة. البرنامج المساعد تحويل البيانات الجبري لمعالجة الواصفات أو إنشاء واصفات مشتقة. المؤامرات 1D (الرسم البياني)، قطع ثنائية الأبعاد (المؤامرات X-Y)، والأراضي ثلاثية الأبعاد. مختلف التدابير الإحصائية. مرونة Sidechain: في MVD، يتم تنفيذ مرونة Sidechain من خلال تخفيف الإمكانات أثناء الإرساء (عن طريق زيادة التسامح من إمكانات PLP أو عن طريق إضعاف تفاعلات Sidechains المختارة)، وإرساء مجموعة متنوعة من المشكلات، وأخيرا تحسين تكوينات Sidechain. من الممكن أيضا تقليل بنية مستقبلات يدويا. بعد الانتهاء من محاكاة الإرساء، يمكن فحص المشكلات الموجودة في وقت واحد مع مطابقة مستقبلات المطابقة مباشرة في منظم تشكل. إرساء القالب: MVD يجعل من الممكن حوض Ligands ضد قوالب الإرساء. على غرار الأدوية، يتم بناء القوالب من الخصائص الكيميائية ذات الصلة (مثل إمكانات ربط الهيدروجين والهيدروجين) ويمكن أن يتم إنشاؤها تلقائيا من مطابقة إجادة واحدة أو أكثر. يمكن استخدام القوالب بعدة طرق: لمحاذاة عدد من Ligands (وتحديد درجة لمشابهاتهم). التركيز أو توجيه محاكاة الإرساء من خلال الجمع بين درجة التشابه القالب مع وظيفة تسجيل الإرساء المستندة إلى مستقبلات. استخراج درجة التشابه الفائق من كل نقطة قالب وإنشاء نموذج الانحدار باستخدام محلل البيانات (QSAR 3D). ميزات أخرى: يعمل على Mac (PowerPC و Intel)، Linux (32 بت و 64 بت)، وآلات Windows. نظام ماكرو قابل للتوسيع والتخصيص مع محرر مدمج. الأسطح الجزيئية القابلة للتخصيص والتمثيل العمود الفقري. مولد حيوي لملفات PDB التي تحتوي على معلومات تحويل التماثل. تصنيف النص المتقدمة لمختلف الخصائص الجزيئية. المساعدة عبر الإنترنت والتحقق التلقائي للحصول على التحديثات. يمكن كتابة MVD باستخدام لغة البرمجة النصية الخاصة بها أو لغات البرمجة النصية الخارجية (يتم تضمين غلاف Python). نموذج تعديل لتعديل المشكلات يدويا. محددات: 30 يوما فترة تجريبية. ما الجديد في هذا الإصدار: تنفيذ وظيفة تسجيل النباتات، متوفرة في كل من الشبكة وإصدار غير الشبكي. خوارزمية جديدة لسيارات الإرساء، بسيطة مكرمة، مع استراتيجية أخذ العينات التكيفية الاختيارية بناء على خوارزمية تحسين مستعمرة النملة. molegro الشبكة الافتراضية. بنية تحتية جديدة لتوزيع أشواط الإرساء. RayTracer مدمج جديد يجعل من الممكن إنشاء رسومات جودة منشور. تحسينات واجهة المستخدم البسيطة وإصلاح الأخطاء (انظر ملاحظات الإصدار للحصول على التفاصيل).

molegro الظاهري docker. برامج ذات صلة