mmtk. مكتبة للمحاكاة الجزيئية مع التركيز على النظم الحيوية
التحميل الان

mmtk. الترتيب والملخص

mmtk. العلامات

محاكاة محاكاة. ماديرر محاكاة الجزيء moldlecule modeller محاكاة الجزيء

mmtk. وصف

مكتبة للمحاكاة الجزيئية مع التركيز على النظم الحيوية مجموعة أدوات النمذجة الجزيئية (MMTK) هي مكتبة برنامج مجانية ومفتوحة لتطبيقات المحاكاة الجزيئية. بالإضافة إلى توفير تطبيقات جاهزة للاستخدام من الخوارزميات القياسية، يعمل MMTK كصيحي كود يمكن تمديده بسهولة وتعديله للتعامل مع المشكلات القياسية وغير القياسية في المحاكاة الجزيئية. ثلاثة أنماط الاستخدام الأكثر شيوعا من MMTK كتابة البرامج النصية Python التي تستخدم وظائف MMTK لتطبيقات المحاكاة والنمذجة القياسية. يشبه هذا استخدام حزم المحاكاة الأخرى مع لغة نصية (I.E. Charmm أو Gromos)، ولكن مع الميزة الإضافية للوصول إلى الكثير من وحدات Python المفيدة من مكان آخر. يظهر قسم المثال ما هي مثل هذه البرامج النصية تبدو. كتابة الوحدات التي تتفاعل عن كثب مع MMTK (وربما حزم أخرى) لحل المشكلات التي لا يوجد حل قياسي. على سبيل المثال، إضافة مصطلح حقل قوة معين أو خوارزمية محاكاة أو تحليل معين. ليس هناك الكثير من المنافسة ل MMTK في هذا المجال. كتابة برامج التطبيق في Python التي تستخدم MMTK داخليا، للمستخدمين الذين لا يحتاجون إلى معرفة أي شيء حول هذه المخادين. يمكن أن توفر هذه البرامج واجهات رسومية سهلة الاستخدام (انظر E.G. Domainfinder و Numoldyn) أو يتم دمجها في خدمة ويب (انظر E.G. Webnm @). تم تطوير MMTK في Python وحولها، وهي لغة برمجة عالية المستوى للكائنات ذات الأغراض العامة. في الواقع، تتكون MMTK من أي شيء أكثر من مجرد مجموعة من وحدات بيثون، والتي كتبها معظمها في ثعبان نفسها، مع جزء صغير من الوقت الحرج (مثل تقييم الطاقة) المكتوبة في تطبيقات C. MMTK هي برامج بيثون التي تستخدمها وحدات. تم اختيار Python لأنه يسمح بتطوير التعليمات البرمجية السريعة والاختبار، مع توفير واجهة C مريحة للغاية للتعامل مع الحسابات الحرجة. يتكون نظام من الذرات والجزيئات والمجمعات التي يتم تعريفها جميعها في قاعدة البيانات الكيميائية MMTK. على سبيل المثال، يتم تعريف جزيء، على سبيل المثال، من حيث الذرات، من الممكن أن نقدم الإصدارات المتخصصة من هذه الكائنات؛ على سبيل المثال. تعديل. على سبيل المثال، يمكن إضافة حقول القوة الجديدة دون لمس أي رمز موجود، أي دون أي خطر كسره، ويمكن تطوير تكامل جديد دون أي افتراضات حول تطبيقات ميدانية القوة. يمكن لمستخدمي MMTK أيضا الاستفادة من مجموعة كبيرة من كود بيثون المطورة للتطبيقات الأخرى أو العلمية أو غير ذلك. فيما يلي بعض الملامح الرئيسية "MMTK": بناء الأنظمة الجزيئية، بدعم خاص للبروتينات والأحماض النووية أنظمة لا حصر لها أو ظروف الحدود الدورية (الخلايا الابتدائية تقويم العظام) عمليات هندسية مشتركة بشأن الإحداثيات يناسب الجسم الصلب التصور باستخدام مشاهد PDB و VRML خارجي؛ الرسوم المتحركة من مسارات الديناميات والأوضاع العادية حقل قوة العنبر 94، مع العديد من الخيارات للتعامل مع التفاعلات الكهربائية حقل قوة تشوه لحسابات الوضع العادي السريع على البروتينات تقليل الطاقة (نزول شديدة التدرج والمزوج) الديناميات الجزيئية (مع ترموستات اختياري، باروستات، وقيود عن بعد) تحليل الوضع العادي عمليات المسار نوبات تهمة نقطة حسابات سطح الجزيئية واجهات لبرامج أخرى متطلبات: ScientificPython بيثون

mmtk. برامج ذات صلة