matrixgen. تطبيق المعلومات الحيوية المجانية والمفتوحة المصدر التي ستساعدك على توليد مصفوفات التسجيل
التحميل الان

matrixgen. الترتيب والملخص

matrixgen. العلامات

بروتين ماتريس الحمض النووي توليد ماتريس الحمض النووي تحليل الأحماض الأمينية توليد Matrerice البروتين

matrixgen. وصف

تطبيق المعلومات الحيوية المجانية والمفتوحة المصدر التي ستساعدك على توليد مصفوفات التسجيل MatrixGen هو تطبيق المعلوماتي الحيوية المستخدمة لتوليد مصفوفات التسجيل من تحليل الأحماض الأمينية المحاذاة ومجموعات بيانات الحمض النووي. يمكن بعد ذلك استخدام هذه المصفوفات من قبل أمرية إنشاء محاذاة أكثر دقة. هناك العديد من الخوارزميات لتحديد تشابه البروتين ومواءمة البروتينات. هناك أيضا العديد من البرامج للقيام بذلك. MatrixGen ليس برنامج محاذاة. ومع ذلك، فإنه لا يتوافق مع برامج المحاذاة لتوفير محاذاة أكثر دقة. تعتمد طرق محاذاة البروتينات على مصفوفة مرجحة لتسجيل احتمال التحولات من حمض أميني واحد إلى التالي. ثم يتم الحكم على المحاذاة مع أعلى الدرجات أكثر المحاذاة الصحيحة. يتم إنشاء هذه المصفوفات المرجحة من خلال تحليلها بسهولة من مجموعات المحاذاة سابقا من البروتينات لتكون قادرة على تحديد احتمال طفرة حمض أميني معين في سياق تطوري. يتم تقديم هذه المصفوفات بشكل عام كجلود من الصعاب (LOD). كل عنصر من عنصر مصفوفة اللد هو لوغاريتم نسبة الاحتمالات. على وجه التحديد، فإن الاحتمالات التي تعتبر هي الاحتمال الملحوظ للزوج من الأحماض الأمينية على احتمال الزوج المتوقع لزوج من الأحماض الأمينيةs.MatrixGen يحسب هذه الاحتمالات كما وصفها هينيكوف وهنيكوف. لا يقوم MatrixGen بالكلق كتلة كما هو موضح بهذه الورقة نفسها. تتمثل الفكرة وراء MatrixGen في إنشاء مصفوفة خصيصا للبروتين الذي تقوم بمحاذاة استخدام مجموعة بيانات من بروتينات مشابهة للغاية. سيولد MatrixGen أيضا مصفوفات عن بعد وتعطيك إحصائيات أخرى مفيدة حول مجموعة البيانات الخاصة بك.

matrixgen. برامج ذات صلة