domainfinder. برنامج تفاعلي لتحديد وتوصيف المجالات الديناميكية في البروتينات
التحميل الان

domainfinder. الترتيب والملخص

domainfinder. العلامات

تحليل بروتين تحليل البروتين توصيف البروتين تقرير البروتين عزيمة

domainfinder. وصف

برنامج تفاعلي لتحديد وتوصيف المجالات الديناميكية في البروتينات Domainfinder هو برنامج تفاعلي لتحليل الاصطحات الجماعية في البروتينات الكبيرة، إما عن طريق مقارنة بنية تجريبية، أو عن طريق تطبيق تقنية الوضع العادي الفعال إلى بنية واحدة. يمكن علاج البروتينات التي تصل إلى بضعة آلاف من المخلفات على جهاز كمبيوتر سطح المكتب في بضع دقائق. مجالات Lynamical هي مفهوم مهم في وصف ديناميات البروتين. المجال الديناميكي هو منطقة في البروتين الذي يمكن أن يتحرك بشكل أساسي مثل هيئة صلبة نسبة إلى مناطق أخرى. العديد من البروتينات، ولكن ليس كل شيء، تتمتع بنطاقات ديناميكية، وإذا كانت تفعل، فإن الحركات النسبية للمناطق عادة ما تكون مرتبطة بوظيفة البروتين. وبالتالي فإن تحديد المجالات الديناميكية مفيدة في فهم وظيفة البروتين. ومع ذلك، هناك مواقف أخرى تكون فيه معرفة المجالات الديناميكية مفيدة. في تقرير الهيكل، يمكن أن يساعد Domainfinder في التنبؤ بسهولة سهولة عما إذا كان التعقفاق مع التعبئة الكريستال أو LIGAND أو تأثيرات خارجية أخرى يمكن أن يؤدي إلى تغييرات مطابقة مهمة. في هندسة البروتين، يمكن أن تشير إلى ما إذا كان تعديل معين من المحتمل أن يغير السلوك الديناميكي البروتين. في الملاحظات التجريبية لحركة البروتين، يمكن أن تشير إلى مناطق ذات أهمية خاصة. في المحاكاة العددية، يمكن أن يشير إلى الاصطحانات البطيئة التي يجب التحقق منها. يجب التحقق من أخذ العينات الصحيحة. يتم تنفيذ الأجزاء الحرجة للسرعة في C. بالنسبة للعمليات الشائعة التي تستفيد من مجموعة أدوات النمذجة الجزيئية، ومكتبة من رمز بيثون لتطبيقات النمذجة الجزيئية ومحاكاة. يمكن حفظ نتائج تحليل المجال بكل التفاصيل في ملف بيانات MMTK، والذي يسمح بجميع أنواع التحليل الإضافي. فيما يلي بعض الملامح الرئيسية "Domainfinder": الكفاءة الحاسوبية: حتى البروتينات الكبيرة يمكن تحليلها باستخدام كمبيوتر سطح المكتب في بضع دقائق سهولة الاستخدام: واجهة المستخدم الرسومية الحديثة تصدير نتائج التصور والتحليلات الإضافية (VRML، PDB، وتنسيق كائن MMTK)

domainfinder. برامج ذات صلة