Bio :: Phylo :: IO Bio :: Phylo :: وحدة IO PERL تحتوي على مدخلات وإخراج البيانات Phylogenetic.
التحميل الان

Bio :: Phylo :: IO الترتيب والملخص

Bio :: Phylo :: IO العلامات

الوحدة النمطية بيرل البيانات I / O. phylogenetic. بيانات phylogenetic ادخال البيانات

Bio :: Phylo :: IO وصف

BIO :: PHYLO :: وحدة IO PERL تحتوي على مدخلات وإخراج البيانات Phylogenetic. Bio :: Phylo :: وحدة IO PERL الوحدة تحتوي على مدخلات وإخراج بيانات Phylogenetic.Synopsis استخدم Bio :: Phylo :: IO؛ # تحليل شجرة من سلسلة Newick الخاصة بي Tree_String = '((((A، B)، C)، D)؛'؛ '؛'؛ بلدي شجرة $ = bio :: phylo :: io-> parse ('-String' => $ tree_string، # المحلل المحلل القديم، يضيف دائما تسميات العقدة "-Format" => 'newick'،) -> أولا؛ # ملاحظة: Newick Parsers إرجاع # 'Bio :: Phylo :: Forest'! اتصل # -> أولا لاسترداد شجرة الغابة الأولى الأولى. # طباعة "Bio :: Phylo :: Forest :: Tree 'Print Ref Tree $" N "؛ # تحليل طاولة My Table_string = QQ (A، 1،2 | B، 1،2 | C، 2،2 | D، 2،1)؛ My Matrix $ = Bio :: Phylo :: iO-> Parse ('-STRING' => $ table_string، '-Format' => "الجدول"، # نوع البيانات، انظر الحيوي :: PHYLO :: المحللون :: الجدول " -tonpe '=>' Standard '، Field Field Fielator' -FieldSEP '=>' '،'، '، # خط فاصل'PLEP' => '|')؛ # المطبوعات "Bio :: Phylo :: Matrices :: Matrix" Print Ref $ Matrix، "N"؛ # تحليل قائمة من Taxa My Taxa_String = 'A: B: C: D؛؛ بلدي $ taxa = bio :: phylo :: iO-> تحليل ('-STRING' => $ taxa_string، '-format' => "قائمة الضرائب"، '-FieldSep' => ':')؛ # طباعة "Bio :: Phylo :: Taxa 'Print Ref $ Taxa،" N "؛ # يطابق أسماء الأجرة في شجرة إلى كائن Taxa $ $ Tree-> cross_areference ($ Taxa)؛ # بالمثل للمصفوفة $ matrix-> cross_areference ($ taxa)؛ طباعة Bio :: Phylo :: io-> ULPERSE (# اجتاز كائن الشجرة، # CrossReferency إلى Taxa، والذي يتم تمريره إلى Matrix "-phylo" => Tree $ Tree، '-Format' => 'Pagel')؛ # طباعة ملف بيانات Pagel: # 42 # A، N1،0.000000،1،2 # B، N1،00000،1،2 # N1، N2،0.000000 # C، N2،0.000000،2،2 # N2، N3 ، 0.000000 # D، N3،0.000000،2،1 المتطلبات: perl.

Bio :: Phylo :: IO برامج ذات صلة