Bio :: الأدوات :: أمراهة Bio :: أدوات :: Constontable هو كائن جدول Codon Bioperl.
التحميل الان

Bio :: الأدوات :: أمراهة الترتيب والملخص

Bio :: الأدوات :: أمراهة العلامات

جدول perl كائن وحدة bioperl. طاولة كودون bioperl. كودون

Bio :: الأدوات :: أمراهة وصف

Bio :: أدوات :: Constontable هو كائن جدول Codon Bioperl. Bio :: أدوات :: Prodontable هو كائن جدول Codon Codon Bioperl.synopsis # هذه فئة للقراءة فقط لجميع جداول Codon المعروفة. المعرفات هي # تلك المستخدمة من قبل قواعد بيانات تسلسل النيوكليوتيد. جميع رموز غموض IUPAC # المشتركة للحمض النووي وحمض الحمض النووي الريبي والأحماض المتحركة. # لاستخدام استخدام Bio :: أدوات :: plononable؛ # الإعدادات الافتراضية إلى المعرف 1 "قياسي" $ mycodontable = bio :: أدوات :: constontable-> جديد ()؛ $ mycodontable2 = bio :: أدوات :: plononable -> جديد (-id => 3)؛ # تغيير الجدول كودون $ mycodontable-> معرف (5)؛ # فحص جدول طباعة جدول Codon # يترجم كودون $ AA = $ mycodontable-> ترجمة ('acu')؛ $ AA = $ mycodontable-> ترجمة ('ACT')؛ $ AA = $ mycodontable-> ترجمة ('ytr')؛ # عكس الترجمة حمض أميني coDons = $ mycodontable-> revtranslate ('a')؛ kodons = $ mycodontable-> revtranslate ('ser')؛ kodons = $ mycodontable-> revtranslate ('glx')؛ تضمين التغريدة # اختبارات الأطفال الطباعة "هي startn" إذا كانت $ myCodontable-> is_start_codon ('atg')؛ طباعة "هي termianatorn" إذا كانت $ mycodontable-> is_ter_codon ('tar')؛ Print "مجهول" إذا كانت $ mycodontable-> is_unknown_codon ('JTG')؛ يتم تسمية جداول كودون أيضا جداول الترجمة أو رموز الوراثة لأن هذا هو ما يحاولون تمثيله. صورة كاملة أكثر اكتمالا للتعقيد الكامل لاستخدام كودون في مختلف المجموعات التصنيفية المعروضة في الرموز الوراثية NCBI الصفحة الرئيسية. الصفحة الرئيسية للقراءة الوراثية NCBI هي فئة BIOPERL التي تعرف جميع جداول الترجمة الحالية التي يتم استخدامها بواسطة قواعد بيانات تسلسل النوكليوتيد الأساسي (Genbank و Embl و DDBJ ). يوفر أساليب لإخراج معلومات حول الجداول والعلاقات بين الرموص والأحماض الأمينية. هذه الفئة وأساليبها المعترف بها جميع رموز غموض IUPAC الشائعة للحمض النووي والحمض النووي الريبي وحمضات Animo. تتبع طريقة الترجمة الاتفاقيات في قواعد بيانات EMBL و Termbl.It هي مصدر إزعاج لفصل الحمض النووي الريبي و CDNA لنصوص الأحماض النووية. يقبل الكائن المتردد برموز كلا من النوع كإدخال ويسمح للمستخدم بتعيين الوضع للحصول على الإخراج عند الترجمة العكسية. إن الافتراضي للإخراج هو الحمض النووي. Note: يتعامل هذه الفئة في المقام الأول مع الرموز الفردية والأحماض الأمينية. ولكن باهتمام السرعة، يمكنك ترجمة تسلسل أطول أيضا. يتم تناول التعقيد الكامل للترجمة البروتينية بواسطة Bio :: ProfileSeqi :: ترجمة. متطلبات: perl.

Bio :: الأدوات :: أمراهة برامج ذات صلة