الببتيد :: pubmed. الببتيد :: PubMed هو وحدة بيرل التي يمكن أن تستخرج تسلسل الببتيد من ملخصات ميدلاين المادة.
التحميل الان

الببتيد :: pubmed. الترتيب والملخص

الببتيد :: pubmed. العلامات

الوحدة النمطية بيرل استخراج استخراج تسلسل الببتيد ملخصات المادة MEDLINE الببتيد

الببتيد :: pubmed. وصف

الببتيد :: PubMed هي وحدة بيرل التي يمكن أن تستخرج تسلسل الببتيد من ملخصات المادة Medline. الببتيد :: Pubmed هي وحدة بيرل التي يمكن أن تستخرج تسلسل الببتيد من مادة ميدلاين من مختردة. استخدام الببتيد :: PubMed؛ C $ Carser = الببتيد :: PubMed-> جديد؛ $ في = {pmid => q ، المؤلف => س ، دفتر اليومية => q العنوان => Q ، مجردة => Q ، شبكة => س ، كيميائية => س ،}؛ الحافل $-> parse_abstract ($ فيها)؛ # احصل على تسلسل الببتيد في رموز حرفية واحدة (حدد كل الكلمات حيث يكون كل الكلمات التي تحتوي على درجة الكلمة / مجردة # أعلى من العتبة: # WordabStScore> = WordAbStScoremin): EQUQS = $ parser-> get_seqs؛ طباعة "seqsn"؛ # المطبوعات: 'eyhhynk rgd'examamples # أعلاه على النحو الوارد أعلاه، قم بتعيين العتبة بشكل صريح: Parser-> Wordabstscoremin (0.4)؛ seqs = parser-> get_seqs؛ # قم بتعيين عتبة منخفضة للحصول على المزيد من تسلسل الببتيد (ولكن بتكلفة الحصول على المزيد من الإيجابيات الخاطئة) Parser-> Wordabstscoremin (-1)؛ seqs = parser-> get_seqs؛ طباعة "seqsn"؛ # المطبوعات: 'eyhhynk rgd acccgtna vegfri' # إعادة تعيين عتبة الظهر: $ المحللين -> wordabstscoremin (0.4)؛ # احصل على مزيد من البيانات عن الملخص: $ abst = $ parser-> get_abst؛ طباعة "$ abst -> {abstscore} n"؛ # درجة مجردة، في الفاصل الزمني طباعة "$ abst -> {abstmtext} n"؛ # مجردة مع التسلسلات التي تحمل علامة: # "تسلسل الببتيد Eyhhynk والأرجق جلي ASP، # ولكن ليس acccgtna أو vegfri." # احصل على مزيد من البيانات للكلمات، بالإضافة إلى تسلسل الببتيد: Workwords = Parser-> Get_Words؛ لبلدي كلمتي (الكلمات) {# درجة مجتمعة الكلمة / مجردة، في الطباعة الفاصل "$ Word -> {WordabStScore} n"؛ # كلمة كما وجدت في الملخص، مثل "arg-gly-asp،" طباعة "كلمة $ -> {wordorig} n"؛ # تسلسل الببتيد في رموز حرف واحد، مثل "RGD" طباعة "$ Word -> {WALLEALENCENENCE} N"؛ } # لا توجد حقول الإدخال الإلزامية. هذا سيعمل أيضا، ولكن قد يعطي درجة أقل. $ في = {{abstract => q ،}؛ الحافل $-> parse_abstract ($ فيها)؛ الكلمات الراديوية تم العثور على تسلسلات الببتيد في المدخلات الفارغة: $ في = undef؛ الحافل $-> parse_abstract ($ فيها)؛ الكلمات الراديوية متطلبات: perl.

الببتيد :: pubmed. برامج ذات صلة