 | فحمأداة صغيرة لحساب احتمالات شجرة الجينات |
| التحميل الان | |
فحم الترتيب والملخص
الإعلانات
فحم العلامات
فحم وصف
تم تطوير برنامج الفحم ليكون أداة صغيرة لحساب احتمالات شجرة الجينات وتحاكي أشجار الجينات في أشجار الأنواع تحت النموذج الوحلين. الخصائص الرئيسية: يحسب احتمالات طوبولوجيا شجرة الجينات نظرا لشجرة أنواع ثابتة مع أطوال فرعية محددة في وحدات منحة الفحم (عدد الأجيال المنقسمة على ضعف حجم السكان الفعال للسكان). يفترض أن كلتا الأشجار مرتبطة بأن تكون مضاعفة، على الرغم من أن أطوال فرع شجرة الأنواع يمكن ضبطها على الصفر للحصول على هذا. العديد من الأفراد (أو الصفر) أخذ عينات من العينات داخل الأنواع، ولكن الترميز محدد؛ يجب أن تكون الملصقات للأفراد اسم الأنواع تليها واصلة، ثم رقم. على سبيل المثال، إذا كان اسم أحد الأنواع، فسيتم استدعاء الجينات التي تم أخذ عينات منها من A-1، A-2، إلخ. هناك ثلاثة ملفات الإدخال: ملف شجرة الأنواع مع أشجار الأنواع بتنسيق Newick؛ ملف شجرة جين، مع أشجار جينات في تنسيق Newick؛ وإدخال ملفات مع أوامر بما في ذلك أسماء أنواع الأنواع وشجرة الجينات، وعدد Taxa، وخيارات الإخراج. خيارات الإخراج تسمح أن يتم سرد تاريخ الوحلين أم لا. إذا كان الأمر كذلك، فيمكن إعطاء الصيغ الرمزية لحتميات شجرة الجينات من حيث شروط P_ {UV} (انظر الورق). تشمل الخيارات الأخرى طباعة طوبولوجيا شجرة الجينات، والحوسبة الاحتمالات التراكمية لأشجار الجينات داخل كل شجرة الأنواع، وتعد عدد التواريخ الفحفة. راجع ملف التعليمات للحصول على خيارات مختلفة. يمكن محاكاة أشجار الجينات داخل أشجار الأنواع. يقتصر ذلك حاليا على جين واحد لكل حالة من النوع ويتطلب أحجام سكانية ثابتة في شجرة الأنواع. يتم إنشاء أشجار الجينات بحيث يتم تدوير السكتاتية فريدة بشكل فريد. على سبيل المثال، إذا ((A (A، B)، C) هو SUBTREE، (C، (A، B) لن يتم إنشاؤه.
فحم برامج ذات صلة
