rate4site.

برنامج للكشف عن مواقع الحمض الأمينية المحفوظة
التحميل الان

rate4site. الترتيب والملخص

الإعلانات

  • Rating:
  • رخصة:
  • Freeware
  • اسم الناشر:
  • Tal Pupko
  • أنظمة التشغيل:
  • Windows All
  • حجم الملف:
  • 372 KB

rate4site. العلامات


rate4site. وصف

تم تطوير Rate4Site ليكون برنامجا للكشف عن مواقع الحمضية الأمينية المحفوظة من خلال حساب المعدل التطوري النسبي لكل موقع في محاذاة التسلسل المتعددة (MSA). نظرة عامة: معدل التطور ليس ثابتا بين مواقع الأحماض الأمينية: تتطور بعض المناصب ببطء وأشارت عادة باسم "المحفوظة"، في حين أن آخرين يتطورون بسرعة ويشار إليها باسم "المتغير". تتوافق اختلافات الأسعار مع مستويات مختلفة من اختيار تنقية العمل في هذه المواقع. يمكن أن يكون اختيار التنقية نتيجة للقيود الهندية على طي البروتين في هيكلها ثلاثي الأبعاد، قيود على مواقع الأحماض الأمينية المشاركة في نشاط إنزيني أو في ربط في LIGAND أو، بدلا من ذلك، في مواقع الأحماض الأمينية التي تشارك في تفاعلات البروتين البروتينية وبعد يستخدم Rate4Site معدل التطور النسبي في كل موقع باستخدام نموذج تطوري يستند إلى الاحترام. يتيح ذلك مراعاة عملية الاستوكاستك في تطور التسلسل الأساسي داخل أسر البروتين وشجرة البروتينات الفلسفية في الأسرة. يتوافق درجة الحفظ في موقع مع معدل التطور في الموقع. المنهجية: الإدخال الإلزامي الوحيد إلى Rate4Site هو ملف MSA. يقوم البرنامج ثم بتحسين شجرة plogenetic تتفق مع MSA المتاحة (يمكن للمستخدم أيضا إدخال شجرة محسوبة مسبقا). ثم يحسب درجة الحفظ النسبية لكل موقع في MSA. يتم تنفيذ ذلك باستخدام طريقة بيئي تجريبية أو طريقة احتمالية أقصى (Pupko et al.، 2002).


rate4site. برامج ذات صلة

سيسي

محاكاة تطور التسلسل مع تفاعلات خاصة بالموقع ...

203 104 KB

تحميل

بازوكا

يكتشف عن العديد من برامج التجسس و Adware و Trojan و Keylogger و VISTWARE. ...

291 727 KB

تحميل