philonet.

تحليل إعادة النظر في العلاقات التطورية مع هذا التطبيق.
التحميل الان

philonet. الترتيب والملخص

الإعلانات

  • Rating:
  • رخصة:
  • GPL
  • اسم الناشر:
  • Department of Computer Science Rice University
  • أنظمة التشغيل:
  • Windows All
  • حجم الملف:
  • 1.4 MB

philonet. العلامات


philonet. وصف

Philonet هو أداة مفيدة وسهلة الاستخدام مصممة خصيصا لتقديم المستخدمين مجموعة من الأدوات لإعادة بناء وتحليل العلاقات التطورية (غير Treelike). على وجه الخصوص، تتضمن حزمة البرمجيات ميزات لاستنتاج نقل الجين الأفقي من زوج من أشجار الأنواع / الجينات، والكشف عن نقاط توقف إعادة التركيب القوي في محاذاة التسلسل. علاوة على ذلك، فإن لديها قدرات لقراءة / تخزين شبكات Phylogenetic، ومقارنة طبولوجيا الشبكات الفلسلة. نظرا لأن خوارزميات إعادة إعمار الشبكة والتقييم الخلفي للاستفادة من تقنيات الخوارزمية من مجال الأشجار الفلسفية، تحتوي الحزمة أيضا على العديد من الميزات الموجهة نحو الأشجار، مثل الوحدات النمطية لحساب الحوسبة الحد الأقصى للاتفاق الفرعي، وتدابير المسافة Robinson-Foulds، إلخ. الخصائص الرئيسية: الصاري - الحد الأقصى للاتفاق الفرعي RF - Robinson-Foulds / قياس شجرة الفرق المتماثل RAITAHGT - مزرئة للكشف عن أحداث HGT من زوج من الأنواع / الأشجار الجينية LCA - السلم الأقل شيوعا لمجموعة من العقد في شجرة recomp - طريقة قائمة على النافذة للكشف عن نقاط توقف إعادة التركيب المعدي Charnet - أداة لحسابات الحوسبة والأشجار والتجميعات في شبكة CMPNets - أداة لحساب المسافة بين شبكتين Netpars - أداة لتسجيل هذه النظافة من شبكات Phylogenetic Countcoal - أداة لتعداد جميع سيناريوهات الفحم الصحيحة للجين داخل فروع شجرة الأنواع Gencplex - أداة لتوليد صياغة MILP التي يمكن حلها بواسطة CPlex لأشجار الأنواع ومجموعة من أشجار الجينات Genst - أداة لتوليد تطويرات شجرة الأنواع بناء على مجموعات الأقصى من المجموعات المتوافقة. COMPUTE_ST (هذه الأداة هي برنامج نصي بيرل) - لإعادة بناء شجرة الأنواع من أشجار الجينات تحت الفحم. infer_st - لاستنتاج شجرة الأنواع من أشجار الجينات. تشمل الطرق الواردة MDC و MDC مع الوقت والزجاج وتوافق الأغلبية الممتدة والتصويت الديمقراطي. deep_coal__count - لحساب عدد الأنساب الإضافي الذي ساهمه مجموعة من أشجار الجينات والأنواع SIM_GTINNETWORK - لتحاكز أشجار الجينات تحت نموذج شبكة Phylogenetic في Yu et al. ورقة سيس بيول 2010


philonet. برامج ذات صلة