 | densityfit.أداة لمساعدتك في بحثك |
| التحميل الان | |
densityfit. الترتيب والملخص
الإعلانات
densityfit. العلامات
densityfit. وصف
أصبح المجهر الإلكتروني أداة مهمة في علم الأحياء الهيكلية. يمكن دراسة العديد من البروتينات التي لا يمكن إجراؤها على التبلور في كريستال ثلاثي الأبعاد مناسبة لبلورات الأشعة السينية بواسطة المجهر الإلكتروني، إما جزيئات واحدة أو في شكل بلورات ثنائية الأبعاد. ومع ذلك، فإن الهياكل الناتجة لها دقة أقل بكثير. من خلال استثناءات نادرة، لا تكون خرائط كثافة الإلكترون التي تم الحصول عليها بواسطة المجهر الإلكتروني غير كافية لتحديد الهيكل عند الدقة الذرية. في بعض الحالات، يتوفر بنية على المستوى الذرية من نفس البروتين في مطابقة أخرى. DensityFit هي أداة مصممة للجمع بين هذه المعلومات مع بنية منخفضة الدقة. هذه الأداة القائمة على Python تفعل ذلك من خلال تشويه الهيكل الذري المعروف لجعلها تتناسب مع خريطة الكثافة الإلكترونية منخفضة الدقة. يتم وصف مرونة البروتين من قبل نموذج شبكة مرنة، والتي تحدد أوضاعها الطبيعية المنخفضة التشوهات المسموح بها. يضمن هذا الإجراء أن سلامة البروتين محفوظ أثناء التشوه. بالمقارنة مع الخوارزميات الأخرى المماثلة التي تم نشرها، فإن المرء المنفذ في Densityfit لديه ميزة تم اختباره على البيانات التجريبية الحقيقية لبروتين من منتصف الحجم، CA-ATPASE. تم وصف الخوارزمية وتطبيقها على CA-ATPASE
densityfit. برامج ذات صلة
