UCSF Chimera. تحليل جميع هيكلك الجزيئي
التحميل الان

UCSF Chimera. الترتيب والملخص

UCSF Chimera. العلامات

محلل التحليلات مركب تحليل الجزيء التركيب الجزيئي تحليل الجزيء

UCSF Chimera. وصف

تم تصميم UCSF Chimera خصيصا لتكون قطعة من البرامج التي يمكن توسيعها للغاية يمكن استخدامها للتصور التفاعلي وتحليل الهياكل الجزيئية والبيانات ذات الصلة. ويشمل ذلك خرائط كثافة، والجمعيات الكهرومانية العليا، ومحاذاة التسلسل، ونتائج الإرساء، والمسارات، والكمسات المطابقة. يمكن أيضا إنشاء صور عالية الجودة والرسوم المتحركة. يوفر لك UCSF Chimera العديد من المرافق، مثل مسجل الفيلم، الرسوم المتحركة، الرسم البياني الهيكل والمعيار. الخصائص الرئيسية: المحاور والطائرات: يمكن حساب المحاور والطائرات والملقوط الوسطى من مجموعات من الذرات باستخدام أداة المحاور / الطائرات / الأجزاء الوسطى أو تحديد الأمر. يمكن إظهار المحاور كأسطوانات، ومساعدات كأقراص، ويمكن استخدام الأجزاء الوسطى على أنها مجالات، وأي من هذه الأشياء في قياسات المسافة والزاوية. على سبيل المثال، يوضح الشكل مستقبلات الدوبامين D3 ومثبط المرتبط (دخول PDB 3PBL) على النحو الأصابع في الغشاء في قاعدة بيانات OPM. تظهر طائرات حدود الغشاء الداخلي والخارجي كقراص زرقاء وأمراء شفافة، على التوالي. الشريط البروتيني هو قوس قزح اللون من اللون الأزرق في Terminus N-Terminus إلى الأحمر في محطة C-Terminus، ويظهر محور كل حلن كاسطوانة من اللون المطابق. يشكل محور اللولب الأحمر زاوية 15.1 درجة مع الغشاء ويأتي في غضون 3.5 من الحدود الداخلية. الهلنية الصفراء والبريطانية هي تقريبا antiparallel (عبور زاوية 5.9 درجة). متوسط المسافة (الحد الأدنى والحد الأقصى) من الذرات المانع من الحدود الخارجية هي 7.9 (5.1 و 11.7) . حجم البيانات: يعرض عارض وحدة تخزين Chimera بيانات المجهر الخفيفة ثلاثية الأبعاد وخرائط كثافة الأشعة السينية وإمكانات كهرباء وغيرها من البيانات الحجمية. يتم توفير أسطح كفاف، تنسيقات وأساليب العرض الحجمي ويمكن تغيير عتباتها بشكل تفاعلي. يمكن أن تكون الخرائط ملونة، شرائح، مجزأة، يمكن حفظ التعديلات. يمكن وضع علامات ويمكن تتبع الهياكل. تظهر الصورة المرافقة خريطة الكثافة لفيروس KELP FLY من المجهرية الإلكترونية ذات اللون الشعاعي ومع قطع أكتوانت. تلوين عامل B: يمكن تلوين هيكل لإظهار قيم سمة مثل العامل بذر الذرية. تتضمن الصورة سطحا جزيائيا تم قصها وتوجها وتسميات ثنائية الأبعاد ومفتاح اللون. تم استخدام منطقة اللون لتلوين مخطط المستوي عبر السطح (انظر الصورة حول). مؤامرة ramachandran: يمكن أن تظهر زوايا العمود الفقري البروتيني في مؤامرة Ramachandran جنبا إلى جنب مع ملامح الاحتمالات (الخطوط الخضراء) من مجموعة مرجعية من الهياكل المحددة جيدا. يظهر كل بقايا الأحماض الأمينية كطريقة في الرسم البياني ل مقابل ، المعروف أكثر شيوعا باسم مؤامرة Ramachandran أو خريطة Ramachandran. يتم عرض المخلفات كقطورات زرقاء، أو عند تحديدها، كما النقاط الحمراء. في المثال، تم اختيار جميع بقايا اللولب. على العكس من ذلك، سيؤدي النقر فوق نقطة في المؤامرة، حدد البقايا المقابلة في الهيكل. عندما يتم إبلاغ مؤامرة التركيز بالماوس، يتم الإبلاغ عن موضع المؤشر (x =، y = ) تحت المؤامرة. Ellipsoids الحرارية: يمكن إظهار العوامل المتنوعية B كخفانة، مع محاور Ellipsoid و Radii تمثل Eigenvectors و Eigenvalues من مصفوفة النزوح المربعة الذرية. تتم قراءة العوامل المخلية B-Frontors من ملف تنسيق الإدخال (على سبيل المثال، من سجلات Anisou في ملف PDB) ويمكن عرضها باستخدام الأداة الحرارية للأداة أو الأمر AnISO. يظهر الشكل Elellipsoids Scaled لإحاطة احتمال 50 من الهيم والذرات القريبة من دخول PDB 1A6M. فحص جزيئات رستة: يحسب برنامج قفص الاتهام من التوجهات الملزمة المحتملة، بالنظر إلى هياكل جزيئات "LIGAND" و "مستقبلات". عادة ما يتم بحث قاعدة بيانات كبيرة من هياكل الجزيء الصغيرة عن المركبات التي قد تربط المستقبل. يسهل Expirtock Experience DiewDock الاختيار التفاعلي للمركبات الواعدة من إخراج الرصيف. يمكن عرض الجزيئات في سياق موقع ملزم ولا يتم عرضها اختياريا حسب عدد سندات الهيدروجين إلى المستقبلات. يعد ملحق الإعدادية Dock مستقبلات للإدخال إلى برنامج الإرساء عن طريق إضافة الهيدروجين، وتعيين رسوم جزئية، وإجراء مهام أخرى ذات صلة. التعليقات التوضيحية من uniprot: معلومات PDB / UNIVROT تسترجع التسلسل والتسلسل التوضيحية لإدخالات بنك بيانات البروتين (PDB) باستخدام خدمة ويب يتم توفيرها بواسطة RCSB PDB. يتم عرض تسلسل في عارض multatiens، وتيتم تعيين التعليقات التوضيحية من Uniprot على التسلسلات كمناطق أو صناديق ملونة. في متصفح المنطقة تلوين حسب الحفظ: يمكن تلوين هيكل لإظهار قيم سمة مثل الحفاظ على البقايا. عند فتح محاذاة التسلسل في Chimera يعرضه تلقائيا في عارض MultiLign ويشبطه بأي هياكل مماثلة (يسمح باستخدام عدد قليل من عدم وجود بقايا). يمكن حساب مجموعة متنوعة من تدابير الحفظ. تم إنشاء الصورة باستخدام محاذاة بذور PFAM CARB_ANHYDRASE PF00194_SEED.SLX وتتضمن مفتاح اللون والسمط 2D. عرض الطائرة المجلد: يمكن إظهار بيانات مستوى الصوت طائرة واحدة (أو لوح) في وقت واحد مع ميزة الطائرات في Viewer Volume. يمكن تعيين شاشة الطائرة لتذبذب على طول المحور X أو y أو z أو z، أو يمكن تحديد موقع الطائرة بشكل تفاعلي مع شريط تمرير. روادامز: Sidechains الأحماض الأمينية تعتمد دول مطابقة مختلفة، أو رواد. يمكن الاطلاع على Rotamers من مكتبة Dunbrack التي تعتمد على العمود الفقري أو مكتبة Richardson "PenTimate"، وتقييمها، وإدماجها في هياكل مع أداة Rotamers. يمكن تغيير البقايا إلى مطابقة مختلفة من نفس النوع من الأحماض الأمينية أو متحولة إلى نوع مختلف. يتم سرد زوايا التواء Rotamer وقيم احتمالية المكتبة في مربع حوار، بالإضافة إلى (اختياريا) سندات الهيدروجين والاشتباكات والاتفاق مع بيانات كثافة الإلكترون. يتم عرض فقط Rotamers المختارة في القائمة. عندما يتم اختيار Rotamer واحد، يمكن دمجها في الهيكل. تتضمن الصورة ملصقات ثنائية الأبعاد. تحليل مدفوع المستخدم: يمكن للمستخدمين بسهولة استيراد البيانات المتعلقة بالهيكل في Chimera في شكل سمات، أو القيم المرتبطة بالذرات أو المخلفات أو النماذج. يمكن استيراد البيانات باستخدام السمة Define ثم تمثل بصريا مع نطاقات اللون أو سمك الرضوي الذري أو "دودة". يمكن أيضا التلاعب بهذه البيانات برمجيا في Chimera، وفي الواقع تم تصميم Chimera بضغط القابلية للامداد والبرمجة في الاعتبار. يتم تنفيذه إلى حد كبير في Python، مع مشفرة معينة من الميزات في C ++ للكفاءة. بيثون هي لغة تفسير سهلة تعلم مع ميزات وجوه موجهة نحو الكائنات. يمكن الوصول إلى جميع وظائف Chimera من خلال Python ويمكن للمستخدمين تنفيذ خوارزمياتهم والملحقات الخاصة بهم دون أي تغييرات رمز Chimera، لذلك ستستمر أي ملحقات مخصصة في العمل عبر إصدارات Chimera. يتم توفير العديد من أمثلة البرمجة لمساعدة كتاب التمديد. خرائط الكثافة المرورة: يمكن مقارنة خرائط الكثافة ذات الصلة بالتحول من واحد إلى آخر. يتم إنشاء العديد من الخرائط الوسيطة عن طريق الاستيفاء بين خرائط البداية والنهاية. يمكن عرض مورف بشكل تفاعلي وسجل كفلام. يمكن ضبط مستوى المحيط تلقائيا للحفاظ على ثابت الحجم المغلقة في جميع أنحاء مورف، ويمكن ضبط جوانب أخرى من شاشة العرض مع عارض الصوت. تلوين حسب الكثافة: يمكن أن يكون السطح ملونا بالكثافة أو غيرها من بيانات الصوت. في الصورة، يتم قص السطح ومغطا، وفقط الغطاء ملون حسب الكثافة. يمكن تطبيق مخططات تلوين مختلفة. هياكل خارجية: هناك عدة طرق للهياكل الرائعة في Chimera: يقوم MatchMaker بإجراء مناسبا بعد تحديد ما يجب إقران المخلفات تلقائيا. يستخدم الإقران كل من التسلسل والهيكل الثانوي، مما يسمح بتراكم هياكل مماثلة حتى عندما يكون التشابه التسلسل منخفضا إلى غير قابل للاستهيض. يوضح الشكل خمس بروتينات ذات صلة (هويات التسلسل الزوجية

UCSF Chimera. برامج ذات صلة