Hapmixmap. hapmixmap هو برنامج للنمذجة الموسطة الموسعة في دراسات الجمعية الوراثية
التحميل الان

Hapmixmap. الترتيب والملخص

Hapmixmap. العلامات

إدارة جمعية جين جمعية صورة Dafault. تحرير جمعية البرنامج النمط الفرداني الجين المرشح مدد haplotypes. العلامة SNP الوراثي مواضع البرامج الوراثية المصب تحليل Haplotypes. عنزة haplotypes. تحليل جمعية الوراثية تحليل الجمعية الوراثية

Hapmixmap. وصف

يمكنك استخدام Hapmixmap للاختبار بسهولة جميع Lociin Gene المرشح الذي تم فيه كتابة علامة SNPs العلامة في الحالات والضوابط Hapmixmap هو برنامج للنمذجة النمطية الموسعة في دراسات الجمعية الوراثية. يهدف أساسا إلى نموذج Hapmap Haplotypes باستخدام بيانات النمط الوراثي SNP. Hapmixmap هو برنامج للنمذجة النمطية الموسعة في دراسات الرابطة الوراثية، على غرار برنامج FastPhase الذي طوره Scheet و Stephens (2006). نماذج البرنامج بيانات النمط الوراثي غير المرموقة على الأفراد غير المرتبطين، ويناسب نموذج يتم فيه إنشاؤه التي يتم إنشاؤها في ارتباط الربط من خلال عمليات وصول Poisson المستقلة K المستقلة التي تتوافق مع حالات K Modal Haplotype. هذا يتوافق مع الملاحظة التي عادة ما تكون 2-4 حالة Haplotypes المشتركة بالنسبة لمعظم التنوع الألقفي في أي كتلة النمط النمطية، وأن تفريغ النيب النادر عادة ما تكون متغيرات طفيفة من هذه الأنماط المختلفة المشرطة. يتم تصميم هيكل شبه يشبه الكتلة في الجينوم، الموافق النقاط الساخنة لتعرزع الأجداد، من خلال السماح لمعدل الوصول إلى تختلف عبر الجينوم. يشبه هذا النموذج الذي يستخدم في Admixmap لنموذج الخليط بين السكان، ومعظم الكود في Hapmixmap مستمد من Admixmap. يقوم البرنامج بإنشاء التوزيع الخلفي لملاعب Haplotypes في كل كروموسوم، بالنظر إلى بيانات النمط الوراثي غير المتدلي الملحوظ. يتم إنشاء اختبارات النتيجة للجمعية بمتغير النتائج عن طريق المتوسط عبر هذا التوزيع الخلفي. بالنسبة لمتغير النتائج الثنائية (كما هو الحال في دراسة التحكم في الحالات) يناسب البرنامج نموذج الانحدار اللوجستي. للحصول على سمة كمية، يناسب البرنامج نموذج الانحدار الخطي، وبيانات وقت البقاء على قيد الحياة يناسب البرنامج نموذج الانحدار COX. يهدف البرنامج إلى استخدام بيانات النمط الوراثي Hapmap: تتوفر DataSet لجهاز من 60 فردا غير مرتبطين في كل مجموعة من المجموعات القارية الثلاث. يمكن دمج بيانات النمط الوراثي هذه مع بيانات النمط الوراثي على الأفراد قيد الدراسة (عادة مجموعة تحكم من الأحرف) بمجموعة فرعية من Hapmap Loci. عادة ما تكون هذه المجموعة الفرعية من Hapmap Loci هي علامة SNPs مثل تلك الموجودة في صفيف Affymetrix أو Illumina). ثم يقوم البرنامج بعد ذلك بنماذج بنية النمط النمطية للسكان، وذلك باستخدام البيانات من كل من لوحة Hapmap والأفراد قيد الدراسة، ويولد التوزيع الخلفي للبيانات الوراثية على الإطلاق Hapmap Loci في الأفراد قيد الدراسة. باستخدام Hapmixmap، يمكن تحليل أي دراسة ارتباط وراثي باستخدام لوحة من علامة SNPs كما لو أن جميع Loci في Hapmap قد كتبت. يتيح اختبار النتيجة للترابط بشكل صحيح عن عدم اليقين في استنتاج الأنماط الوراثية في Loci غير المصمم. كما أنه يؤدي أيضا، كمنتج ثانوي، وهو مقياس كفاءة تصميم الدراسة في اختبار كل موضع، مقارنة بدراسة يتم فيها كتابتها المباشرة مباشرة). هذه هي نسبة الملاحظة لاستكمال المعلومات في اختبار النتيجة. يمكن استخدام هذا لتقييم كفاية لوحة SNP العلامة، ولتحديد ما إذا كان الجينات العامة الإضافية لمكوك غير مصقول من المرجح أن تسفر عن أي معلومات إضافية. Hapmixmap يتطلب ص ليتم تثبيتها على جهاز الكمبيوتر الخاص بك. ص هو برنامج التحليل الإحصائي المجاني

Hapmixmap. برامج ذات صلة