 | BN-BS.تقدير أطوال الفرع من حيث بدائل مرادفة وغير مطبوعة |
| التحميل الان | |
BN-BS. الترتيب والملخص
الإعلانات
BN-BS. العلامات
BN-BS. وصف
تم تطوير تطبيق BN-BS لتخصص أطوال الفروع من حيث بدائل مرادفة وغير معروفة لكل موقع، في حين يتم إعطاء طوبولوجيا الشجرة. يستخدم البرنامج طريقة Nei-Gojobori المعدلة لتقدير المسافات الرائزة الزوجية وغير المجهولية بين التسلسلات الحالية، ثم تقديرات أطوال الفروع والتنفس عنها باستخدام طريقة المربعات الصغرى العادية. لاستخدام البرنامج، تحتاج إلى ملف الإدخال الذي يحتوي على تسلسل بروتين ترميز الحمض النووي (انظر infile مثال). يبدأ هذا الملف بأرقامين: عدد التسلسلات وعدد النيوكليوتيدات لكل تسلسل (طول التسلسل). سيكون السطر الثاني اسم التسلسل الأول، والسطر الثالث سيكون التسلسل الأول، وهلم جرا. يسمح فقط A، G، C، T، A، G، C، و T في تسلسل. يجب إزالة الثغرات وتتماشى التسلل مسبقا. السطر الأخير من الملف هو طبولوجيا الشجرة للتسلسلات. شكل الشجرة هو نفسه الذي يستخدم في حزمة Phylip (Felsenstein 1995). لاحظ أن الشجرة غير مرتبطة، لذلك يلزم التوجيه بدلا من الاستواء لأعمق عقدة المتفرعة
BN-BS. برامج ذات صلة
