AMMP.

ميكانيكا جزيئية حديثة مميزة
التحميل الان

AMMP. الترتيب والملخص

الإعلانات

  • Rating:
  • رخصة:
  • GPL
  • اسم الناشر:
  • Robert Harrison
  • أنظمة التشغيل:
  • Windows All
  • حجم الملف:
  • 648 KB

AMMP. العلامات


AMMP. وصف

تم تطوير تطبيق AMMP ليصبح ميكانيكا جزيئية حديثة وديناميكيا وبرنامج النمذجة. يمكن أن يتناول كل من الجزيئات الصغيرة والجزيئات الصغيرة بما في ذلك البروتينات والأحماض النووية والبوليمرات الأخرى. بالإضافة إلى الميزات القياسية، مثل الديناميات الجزيئية المستقرة الرقابة، طريقة متعددة الأوعية سريعة لإدراج جميع الذرات في حساب الإمكانات الطويلة المدى والمعاطف الهيكلية القوية، لديها اختيار مرن للإمكانات وقدرة بسيطة ولكنها قوية على التعامل مع الجزيئات وتحليل الفرد شروط الطاقة. ميزة رئيسية واحدة على العديد من البرامج الأخرى هي أنه من السهل إدخال الروابط البوليمر غير القياسية، والأجهزة غير عادية أو بقايا غير قياسية. إضافة ذرات الهيدروجين المفقودة واستكمال الهياكل الجزئية، والتي صعبة بالنسبة للعديد من البرامج، تكون واضحة في AMMP. AMMP يفهم فقط لغته الخاصة. يمكنك قراءة ملف تنسيق موجود من خلال تجميعه في لغة AMMP. البرنامج Preammp (Prewin) يفعل هذا. يمكن تشغيل Preammp من تلقاء نفسها، أو استدعاء من قائمة الملفات في AMMP95. Preammp يتطلب العديد من المدخلات. سوف تتم مطالبتك بكل منها باستخدام قائمة "اختيار ملف Windows". إذا كنت لا تحب هذا ببساطة إلغاء النافذة وأدخل اسم الملف في نافذة Prewin Man (هذا أبسط للقيام به بدلا من وصفه!). عندما لا يكون لديك ملف، مثل عند إنشاء إحداثيات من نقطة الصفر، ستحتاج إلى كلا من إلغاء قائمة اختيار ملف Windows ثم أدخل العودة إلى النافذة الرئيسية. Preammp يعمل فقط بقايا واحدة في وقت واحد. ستحتاج إلى توفير الارتباط التقيقي في البوليمر. يتم توفير البرامج النصية مثل Peplink.amp (للبروتينات) و NDICK.AMP (لربط الحمض النووي القياسي / الحمض النووي الريبي). تم إنشاؤها عن طريق توليد القالب ل Dimer واستخراج المصطلحات المناسبة. كما أنها مكان جيد لمعرفة كيفية التعامل مع الذرات وإمكاناتها في برنامج نصي تلقائي. لإنشاء جزيء جديد، يجب عليك أولا تحديد القالب. ثم قم بتشغيل Preammp. عندما يسأل Preammp عن مجموعة الإحداثيات، لا تدخل أي اسم ملف. على عكس حالة الجزيء الموجودة، لن تتمكن Preammp من البحث تلقائيا عن نوع الجزيء من الإحداثيات. لذلك سوف تتم مطالبتك بإدخال اسم جزيء. يقتصر ذلك على ثلاثة أحرف لتناسب بتنسيق PDB. (آسف لذلك، ولكن هذا هو كيف هو).


AMMP. برامج ذات صلة

treecrect.

حساب النسب المئوية للأشجار الصحيحة مع هذه الأداة. ...

249 6.3 MB

تحميل