برودي. حزمة بيثون مفتوحة المصدر لتحليل ديناميكيات الهيكلية البروتينية
التحميل الان

برودي. الترتيب والملخص

برودي. العلامات

التحليلات بروتين ديناميات تحليل البروتين تحليل البروتين

برودي. وصف

حزمة بيثون مفتوحة المصدر لتحليل الديناميات الهيكلية البروتينية Prody عبارة عن حزمة بيثون مجانية ومفتوحة للمصدر لتحليل ديناميات البروتين الهيكلية. يسمح بالتحليل الكمي لمجموعات البيانات الهيكلية التجريبية غير المتجانسة والمقارنة مع الديناميات المطابقة المتوقعة من الناحية النظرية. تم تصميمه وتطويره من قبل أحمد باكان في مختبر البحر بجامعة بيتسبيرغ. الإدخال الخاص ب Prody هي الإحداثيات الذرية بروتين الاستعلام بتنسيق ملف PDB، أو ببساطة معرف PDB أو تسلسل الأحماض الأمينية الحرفية من البروتين. يتم استخدام محلل برودي سريع ومرن لاسترداد مجموعة بيانات PDB المقابلة من خادم FTP PDB واستخراج بيانات الإحداثيات وغيرها من المعلومات ذات الصلة. يخرج Prody الأنماط المهيمنة في التباين الهيكلية المستخرجة عن طريق تحليل المكون الرئيسي (PCA) من البيانات التجريبية، والوسائل العادية التي تصف الديناميات الجوهرية للبروتينات المتوقعة بواسطة تحليل الوضع العادي (NMA) بناء على نماذج شبكة مرنة (ENMS).

برودي. برامج ذات صلة