بروتومول إطار لمحاكاة الديناميات الجزيئية.
التحميل الان

بروتومول الترتيب والملخص

بروتومول العلامات

محاكاة محاكاة محاكاة جزيئي التخميد ديناميات عرض جزيئي حزمة الديناميات الجزيئية شبكات التفاعل الجزيئي التصور الجزيئي - التعدين الجزيئي محاكاة الديناميات الجزيئية الإطار البيولوجي ملف مسار DCD محاكاة الديناميات الجزيئية القطر الجزيئي المحاكاة الجزيئية النظام الجزيئي العثور على البنية التحتية الجزيئية الديناميات الجزيئية تحريك المسار الجزيئي محلل الديناميات الجزيئية phylogeny الجزيئي دراسة الديناميات الجزيئية الجزيئي phylogenetics. المحاكاة محاكاة البرمجيات

بروتومول وصف

Protomol هو إطار مفيد ومصمم على الكائنات، ومقرها، مصمم خصيصا لمحاكاة الديناميات الجزيئية (MD). يدعم الإطار حقول Charmm 19 و 28A2 وقادرة على معالجة ملفات مسارات PDB و PSF و XYZ و DCD. وهي مصممة لمرونة عالية، وسهولة تمديد وصيانة، ومتطلبات عالية الأداء، بما في ذلك توازي. يتم استخدام تقنية العديد من الوقت - خطوة سريعة لتحسين الكفاءة طويلة الأجل. إن استخدام خوارزميات تقييم القوة الكهربائية السريعة مثل إيوالد وجهاز الجسيمات إيوالد (PME)، وتجمع Multigriid (MG) أكثر تعزز الأداء. تتوفر خطوات وقت أطول باستخدام مولي، Langevin Molly و Hybrid Monte Carlo، ALEW-HOVER، ومكاملات Langevin. الخصائص الرئيسية: إطار مكون موجه نحو الكائنات لمحاكاة الديناميات الجزيئية مصمم للحصول على مرونة عالية، وسهولة التمديد والصيانة، ومتطلبات عالية الأداء متوازي تدريجي يجمع بين البيئة المتسلسلة والتوازية دعم مخططات التكامل المتعددة المتعددة - خطوة خارجية قوات عامة وإمكانات خوارزميات تقييم القوة الكهربائية سريعة: تجميل Ewald، O (N3 / 2) الجسيمات - شبكة EWALD، O (N Log N) طريقة متعددة الشبكة، O (N) دعم تنسيقات الإدخال / الإخراج المشتركة (ما قبل وما بعد المعالجة) 106 أنظمة الجسيمات

بروتومول برامج ذات صلة