بامب

تحليل بايز في البيولوجيا الجزيئية والتطور
التحميل الان

بامب الترتيب والملخص

الإعلانات

  • Rating:
  • رخصة:
  • Open source
  • اسم الناشر:
  • Donald Simon & Bret Larget, Department of Mathematics and Computer Science, Duquesne University.
  • أنظمة التشغيل:
  • Windows
  • حجم الملف:
  • Free
  • تاريخ الافراج عنه:
  • 2021-05-15 20:54:20

بامب العلامات


بامب وصف

يحدد اسم Bambe لتحليل Bayesian في البيولوجيا الجزيئية والتطور. تم تطوير Bambe ليكون حزمة برامج مجانية لتحليل بايزي للهيل. تتضمن الحزمة برامج لتحليل بيانات تسلسل الحمض النووي المحاذاة أو تسلسل الحمض النووي الريبي وتسمح بتعيينات البيانات مع الفجوات أو مواقع غير محددة. يستخدم البرنامج الرئيسي مجموعة متنوعة من خوارزميات Metropolis-Hastings لعينة من التوزيع الخلفي المشترك للأشجار الفلسفية ومعلمات نموذج الاحتمالات. برامج أخرى في تعليمات التوزيع في تحليل أشجار العينات وقيم المعلمات. ملاحظة: يمنح الجميع إذنا لنسخ واستخدام حزمة البرامج هذه والوثائق المصاحبة للاستخدام الأكاديمي الشخصي الخصائص الرئيسية: اختيار نماذج احتمالية. HKY85 (hasegawa-kishino-yano، 1985) F84 (كما تم تنفيذه في فلسايب فلسينشتاين) TN93 (تامورا ني، 1993) خيار من أبعاد Metropolis-hastings لاقتراح الأشجار الفلسية الجديدة (بما في ذلك إصدار توزيع بيتا مثالي جديد من المحلي). عينات المتروبوليس والاستجمام لاقتراح معلمات نموذجية جديدة. اختيار عينات منفصلة للحرق والاستدلال. مواصفات مرنة لفئات الموقع بقيم معلمة منفصلة لكل فئة موقع. خيار لتهيئة البحث في شجرة عشوائية، شجرة Upgma، شجرة الانضمام، أو شجرة محددة من قبل المستخدم. شكلان (Bambe و Newick) لقراءة الأشجار والكتابة. HTML مساعدة الملفات. الرسوم البيانية في الوقت الحقيقي مراقبة الشجرة والمعلمات النموذجية.


بامب برامج ذات صلة

rnashapes.

وقت التشغيل مزراقة لتسريع حساب احتمالات الشكل المتراكمة ...

193 1.2 MB

تحميل