 | بامبينوعرض ملفات BAM مع هذه الأداة. |
| التحميل الان | |
بامبينو الترتيب والملخص
الإعلانات
بامبينو العلامات
بامبينو وصف
Bambino هو تطبيق صغير بسيط مصمم خصيصا لتقديم المستخدمين عارض رسومي و Contection SNP / Indel لملفات تسلسل الجيل التالي في تنسيق SAM / BAM. يقوم المشاهد بعد بتعامل بمعالجة محاذاة BAM غير واضحة لإنشاء طريقة عرض مبطنة بالكامل للتجميع، مما يتيح التصور الكامل للإدراج. الخصائص الرئيسية: بالكشف عن SNPs والإيرادات والحذف مباشرة من ملفات BAM باستخدام عملية قابلة للتكوين. قد يتم تشغيل هذا من سطر الأوامر (انظر وثائق BAM Utilities) أو تفاعلية من داخل المشاهد. يمكن أن تجمع البيانات ديناميكيا من ملفات BAM متعددة: عرض وتحليل البيانات من الورم / أزواج عادية، أو تشغيل متعددة، أو حتى المنصات. يستفيد كاشف المتغير من تجمع وكذلك إنتاج الناتج مناسبا للكشف عن الطفرة الجسدية. يوافق على جميع الإحصاءات في مجموعة البيانات في محاذاة موحدة مبطنة مع التسلسل المرجعي، وتجديل القراءات والرجوعية حسب الضرورة. في حين أن مواصفات SAM / BAM تسمح بمحاذاة مبطنة، تحتوي معظم ملفات BAM على بيانات غير متفوقة للقراءة. بامبينو يحول أساسا هذه المحاذاات غير المسننة إلى تلك مبطن. توفر هذه PostProcessing وجهة نظر كاملة وغير موحدة للجمعية، حتى نقرت بأحجام إينل مختلفة في نفس الموقع. هذا مفيد لتصور الميزات مثل STRPs، وتصحيح التحائات التي تنتجها برامج إعادة تعيين القراءة. يعرض تعيينات مواقع DBSNP SNP وتسلسلات البروتين المرجعية، باستخدام التعليقات التوضيحية ل UCSC Genome. اتصال قاعدة البيانات قابل للتكوين؛ يمكن تحميل ميزات من قواعد البيانات المختلفة و / أو إنشاء جينوم، ويمكنها استخدام خادم قاعدة بيانات MySQL العام UCSC أو مرآة محلية توفرها. يحسب تغييرات ترميز البروتين الناجمة عن SNPS في NCBI Refseqs يمكن أن تعرض القراءات ضد التسلسل المرجعي النهائي (حاليا UCSC .2BIT و. يتم دعم تنسيقات .NIB)، أو إجماع تم إنشاؤه من بيانات المصدر .BAM
بامبينو برامج ذات صلة
