 | الملاحبرامج تصور شبكات تفاعل البروتين البروتين. |
| التحميل الان | |
الملاح الترتيب والملخص
الإعلانات
الملاح العلامات
الملاح وصف
Navigator تطبيق مفيد وسهل الاستخدام مصمم خصيصا لمساعدتك في تصور وتحليل شبكات تفاعل البروتين البروتين. يمكن للمستكشف الاستعلام عن قواعد البيانات OPHID / I2D - بيانات التفاعل - وشبكات العرض في 2D أو ثلاثي الأبعاد. لتحسين قابلية التوسع والأداء، يجمع المستكشف بين جافا مع OpenGL لتوفير نظام تصور ثنائي الأبعاد / 3D على منصات متعددة الأجهزة. توفر هذه الأداة أيضا قدرات تحليلية ودعم تنسيقات الاستيراد والتصدير القياسية مثل GO ومبادرة معايير البروتيوم (PSI). الخصائص الرئيسية: يجمع Navigator بين نظام التصور المطبق في OpenGL مع واجهة مستخدم رسومية وخوارزميات تحليلية تنفذ في Java. يمكن تحميل الشبكات من ملف (Tab-Delimited أو Navigator XML أو تنسيقات BIOPAX أو PSI)، أو يمكن إنشاء ديناميكيا عن طريق تنفيذ استعلام مرئي إلى OPHID / I2D (قاعدة بيانات Interologous Interaction - قاعدة بيانات عبر الإنترنت معروفة، HTP، وتوقع التفاعلات البروتينية المتوقعة للانسان، الفئران، الماوس، الطيران، الدودة، الخميرة) أو cpath. يدعم مساحة عمل المستكشف لوحات شبكة متعددة يمكن معالجةها عن طريق القطع ونسخها ولصق العقد والحواف. يمكن تصدير الشبكات في تنسيقات Tab-Delimited أو Navigator XML أو PSI أو PAJEK، وتنسيقات رسومية متعددة (BMP، JPG، TIFF، SVG، PDF). يمكن عرض الشبكات في 2D و 3D. يمكن وضع العقد باستخدام مزيج من التخطيط التلقائي من القوة والتنسيب اليدوي. واحدة من خوارزميات التخطيط التلقائي المستخدمة هي خوارزمية تخطيط متعددة المستويات تدعى Grip (الرسم البياني مع وضع ذكي) . بسبب التعقيد الزمني الخطي تقريبا للقبضة، يمكن للمستكشف تصور التفاعلات الكاملة من I2D. الشبكة الفرعية المترابطة للغاية، والعقد التي هي مراكز (أي أن تتفاعل مع العديد من العقد الأخرى)، يمكن تحديدها تلقائيا لتحليل المساعدات. يمكن انهار مجموعات من العقد في العقد المركبة، إما يدويا، أو بطريقة آلية. مجموعات فرعية من الشبكة يمكن الإشارة إليها ومعالجتها باستخدام عمليات مجموعة قياسية، مثل النقابة والتقاطع والاختلاف. يمكن ضبط عتامة العقد والحواف لتغيير تباين العناصر في الشبكة والتأكيد على العناصر المحددة.
الملاح برامج ذات صلة
