 | sbmltoolbox.استخدم طرازات SBML في MATLAB |
| التحميل الان | |
sbmltoolbox. الترتيب والملخص
الإعلانات
- رخصة:
- Freeware
- السعر:
- FREE
- اسم الناشر:
- SBML Team
- موقع ويب الناشر:
- http://sbml.org/Main_Page
- أنظمة التشغيل:
- Mac OS X
- حجم الملف:
- 1.5 MB
sbmltoolbox. العلامات
sbmltoolbox. وصف
استخدام طرازات SBML في MATLAB تم تصميم SBMLToolbox على رأس LIBSBML وتوفر مجموعة مصدر مجانية ومفتوحة من الوظائف الأساسية مما يسمح باستخدام نماذج SBML في MATLAB. يوفر SBMLToolbox وظائف للقراءة والكتابة والتحقق من صحة طرازات SBML؛ عرض الهياكل النموذجية في واجهة المستخدم الرسومية البسيطة؛ تحويل النماذج إلى شكل رمزي مناسب للاستخدام مع Toolbox Matlab الرمزية الرياضيات؛ ومحاكاة النماذج باستخدام Solvers المعادلة التفاضلية الماتلابية العادية. Worksbolebox Works عن طريق ترجمة نماذج SBML إلى / من هيكل MATLAB يسمى MATLAB_SBML. يوفر مرافق لمعالجة هذا وحريتها الباكوبية داخل Matlab، وكذلك وظائف لإنقاذ وهياكل MATLAB_SBML من / إلى ملفات بيانات MATLAB. لم يكن المقصود Toolbox أن تكون عبودا كاملا لأنظمة علم الأحياء ل MATLAB، ولكن منصة تيسير SBML داخل وخارج MATLAB وخدمة كنقطة انطلاق يمكن للمستخدمين تطوير وظائفهم الخاصة. ملاحظة: يتم ترخيص SBMLToolbox وتوزيعه بموجب شروط مكتبة جنو أو ترخيص عام عام عام (LGPL). متطلبات: matlab. ما الجديد في هذا الإصدار: وأضاف وظيفة GetStoichiometrySparse ساهمت من Arsen Batagov. يؤدي هذا إلى إرجاع مصفوفة Stoichiometry كصفوفة متناثرة وأسرع بكثير لنماذج أكبر. تحتوي دالة TranslatingBML على وسيطة اختيارية ثانية تشير إلى ما إذا كان سيتم التحقق من صحة النموذج قبل الاستيراد. القيمة الافتراضية هي 0؛ مشيرا إلى عدم التحقق من الصحة. في حالة عدم وجود حجة لهذه الوظيفة؛ الذي يفتح نافذة تصفح لتحديد موقع الملف للاستيراد؛ تتم مطالبة المستخدم بالإشارة إلى ما إذا كان يجب التحقق من الصحة. في حالة حدوث أخطاء التحقق من الصحة يتم عرضها للمستخدم، سيتم مطالبته بحيث لا يمكن استيراد النموذج بغض النظر. إزالة وظيفة ReadandValidate لأن هذا كان أساسا إصدارا من TranslatingBML الذي يؤدي التحقق من الصحة. دعم إضافي ل SBML المستوى 2 الإصدار 2 والمستوى 2 الإصدار 3. هذا الدعم لا يمتد إلى واجهة المستخدم الرسومية التي يمكن استخدامها لعرض المكونات الفردية للنموذج. علة ثابتة في تحديد الموصلاتالوليمات التي فشلت في المستوى 1
sbmltoolbox. برامج ذات صلة
