pknotsrg. الحمض النووي الريبي الطي والمطابقة الديناميكية الحرارية
التحميل الان

pknotsrg. الترتيب والملخص

pknotsrg. العلامات

يطوى RNA الحمض النووي الريبي حساب مجلد الحمض النووي الريبي مجلد pseudoknot عقدة زائفة

pknotsrg. وصف

الحمض النووي الريبي الطي ومطابقة الديناميكا الحرارية Pknotsrg هي أداة قائمة على خط الأوامر مجانية وسهلة الاستخدام للهياكل الثانوية من الحمض النووي الريبي القابل للطي، بما في ذلك فئة PSSEDOKNOTS العودية البسيطة. معلمات الطاقة للهياكل التي تحتوي على أي pseudoknots هي نفسها كما هو الحال في الحديث الفعلي 3.1. يتم احتساب الطاقة الخاصة ب Pseudoknots بنموذج مشابه لتلك المستخدمة من قبل Rivaseddy في PNOTs. يتم تثبيت درجة الحرارة القابلة للطي إلى 37.Clently، وهناك ثلاث أوضاع مختلفة المتاحة: pknotsrg-mfe: يحسب هيكل S (معقود أم لا) من الطاقة الحرة والحد الأدنى. pknotsrg-ENF: يفرض pseudoknot: إنه يسلم بقوة أفضل بنية كاملة من S التي تتضمن pseudoknot واحد على الأقل في مكان ما. pknotsrg-loc: يسلم أفضل pseudoknot المحلي يمكن أن يكون عنصرا في أي بنية S، حيث يتم تعريف "أفضل" من قبل طاقة مجانية لكل نواة في النيوكليوتيد. بقية S لا تزال غير مكثفة. ما الجديد في هذا الإصدار: لا حاجة لمكتبة جامع القمامة بعد الآن الوضع التفاعلي دعم لإدخال ملف FISA خيار جديد بو: نافذة انزلاقية خيار جديد -s: عرض الإخراج للهياكل

pknotsrg. برامج ذات صلة