macgde. مجموعة من البرامج لمحاذاة وتحليل تسلسل متعددة.
التحميل الان

macgde. الترتيب والملخص

macgde. العلامات

تسلسل تحليل انتقام محاذاة التسلسل تحليل التسلسل التحليل الخارجي

macgde. وصف

مجموعة من البرامج لمحاذاة وتحليل تسلسل متعددة. MacGDE هي مجموعة من البرامج لمحاذاة وتحليل تسلسل متعددة. تستخدم البرامج واجهة مستخدم قابلة للتوسيع والتي تتيح إضافة وظائف التحليل الخارجي دون أي إعادة كتابة التعليمات البرمجية. يدعم النظام العديد من أنواع البيانات وتسللات الأحماض النووية والثمينية، والنص، وتسلسل اخفاء، وثلاثة أشكال تسليط الضوء على اللون. يحتوي MACGDE على العديد من وظائف التحليل الخارجي المدرجة هذه الأشياء مثل الاعتراف بتهور التماثل، المحاذاة الآلية، والبحث وتحليل البوليسيتيك. متطلبات: بيئة النافذة X11. ما الجديد في هذا الإصدار: تم إصلاح إعداد حجم النافذة حتى لا يفتح macgde أكبر من شاشة المشاهدة. وأضاف "القوائم الكاملة أو الأساسية" ضمن قائمة الملفات حتى يمكن للمستخدمين الحصول على GDE دون كل الإضافات التي قمت بها. هذا يزيل القوائم الفلسية والكثير من البرامج الأخرى التي أضافتها. يمكنك التبديل بين القائمة اثنين ولكن يجب عليك فتح نافذة GDE جديدة لمعرفة التغييرات. تعديل الأمر "استيراد تنسيق أجنبي" بحيث يتم إحضار البيانات الموجودة فقط من الملف فقط إلى ترك الملف الأصلي وحده. لم تعد نسخة من الملف المنتهي مع .gde مصنوعة. يعطى تحذير الآن لتذكر اسم الملف باستخدام الأمر "حفظ باسم ... بعد الاستيراد". استيراد التنسيق الأجنبي يتعرف الآن على ملفات تنسيق الأوضال باستخدام CrustalW (يجب أن تكون موجودة) المضمنة مع MACGDE. وأضاف أمر "عرض تسلسل chromat" لعرض chromatograms في Lifetrace. يستخدم هذا لوحة مثل الأوامر المفتوحة والاستيراد لتحديد موقع الملف وفتحه. استيراد Chromat وعرض أوامر تسلسل Chromat الآن مع مسافات في أسماء الدليل (مجلد). ولكن أسماء ملفات Chromat لا يمكن أن تحتوي على أي مسافات. ملفات شجرة Desoete تنتهي الآن في .tre حتى يفتحها TreeView X مباشرة. غيرت إعدادات السيد بايس MCMC لنوع الإجماع ليكون "كل متوافق". يطابق هذا الآن الإعدادات الافتراضية للسيد بايس وغالبا ما يضيف القرار والدعم إلى العقد. تحت paup تم تغيير multicpu إلى 2 أو 4 وحدات المعالجة المركزية. نظرا لأن معظم أجهزة الكمبيوتر لديها الآن 2 أو 4 CPUs قمت بتغيير خيارات التشغيل بحيث يمكن تشغيل BootStraps تلقائيا. لقد قمت بإزالة الخيار اليدوي. نأمل أن يسهل ذلك على الجميع الحصول على boottraps الخاصة بهم بسرعة أكبر. وأضاف ميزة الكتابة فوق قاعدة البيانات إلى قواعد بيانات DNA DNA المحلية وإدارة قواعد بيانات انفجار البروتين المحلي تحت قائمة إدارة التسلسل. سيتيح لك ذلك استبدال قاعدة بيانات موجودة بأكملها. مفيدة إذا أضافت شيئا عن طريق الخطأ إلى قاعدة بيانات لم تقصدها. هذا له نفس تأثير الحذف ثم إعادة إنشاء قاعدة بيانات، ولكن فقط في خطوة واحدة. إضافة برنامج جديد: موازية السيد بايس (Phylogeny 1> MRBayes3.1.2 Run Options) يمكنك اختيار معالج واحد (هذا يدير السيد بايس منتظم) أو 2 أو 4 معالجات (يدير PMRBayes). ستحتاج إلى تشغيل Mac OS 10.5 أو أفضل لهذا العمل ولديه 2 أو 4 معالجات. PHYML 3.0 تحت Phylogeny 2 يستخدم واجهة مثل Phylip. prottest 2.1 تحت phylogeny 1 Snap: برنامج تحليل مرادف غير مرادف بموجب قائمة الحمض النووي / الحمض النووي الريبي. يحسب هذا البرنامج معدلات الاستبدال المرادفة وغير الرائزة بناء على مجموعة من تسلسل نوكليوتيد المحاذاة في كودون. شجرة مسافة مرادفة أو غير مرادفة (SNAP) ضمن قائمة Phylogeny 2. يستخدم هذا المفاجئة لإنشاء مصفوفة DS أو DN المسافة التي يمكن تحليلها مع برنامج الجار من حزمة Phylip لإنشاء الأشجار. تحديثات للبرامج الأخرى: الانفجار الآن في الإصدار 2.2.20 CAP2 (إدارة التسلسل> تجميع تبحث) ستحافظ الآن على اسم التسلسل حتى 50 حرفا. phylip هو الآن في الإصدار 3.68

macgde. برامج ذات صلة