macclade. macclade - برنامج مصمم لتحليل Phylogenetic.
التحميل الان

macclade. الترتيب والملخص

macclade. العلامات

التحليلات رسم بياني إنشاء مخطط phylogenetic. تحليل النشوء والتطور مخطط الشجرة

macclade. وصف

MacClade - برنامج مصمم للتحليل الخلفي. MacClade هو برنامج كمبيوتر للتحليل الخلفي الذي كتبه ديفيد ماديسون و Wayne Maddison. قوتها التحليلية في دراسات ذات طابع Evolution.macclade لديها أيضا أدوات لإنتاج مخططات الشجرة والرسوم البيانية عن طريق إدخال وتحرير البيانات واللفيلوجين. إن بعض الملامح الرئيسية ل "macclade": تحرير البيانات هناك العديد من التغييرات في محرر بيانات MacClade، بما في ذلك العديد من أوضاع العرض الجديدة وأدوات التحرير. بعض هذه عامة، ولكن الأغلبية مصممة للاستخدام مع بيانات التسلسل الجزيئي. هنا سنذكر عدد قليل من هذه البيانات. هناك العديد من الخيارات لكيفية عرض البيانات. هنا مثالان. يمكنك أن تسأل MacClade على خلايا البيانات الملونة بحيث تكون أنماط اختلاف الحالة أكثر وضوحا. مع بيانات نواة الترميز البروتينية، يمكنك أن تسأل MacClade لإظهار ترجمة الأحماض الأمينية. هذه الترجمة هي "LIVE"، بمعنى أن التغييرات في النيوكليوتيدات، على سبيل المثال من خلال استخدام أدوات المحاذاة (انظر القسم التالي)، تسبب تحديثات فورية للأحماض الأمينية الموضحة. Teols في المحرر في MacClade 3، هناك أداة واحدة فقط متوفرة في المحرر: السهم. يحتوي MacClade 4 على لوحة للأداة، مع تسلسل 17 Toolsconsensus MacClade 4 يمكنه حساب وتظهر تسلسل التوافق. هناك العديد من الخيارات للحساب، مما يسمح لأحد بعرض تسلسل توافق في الآراء من التضخم المتغير. قائمة النوافذ واختيار الكائنات والتلاعب بها في MacClade 3، هناك نافذة حالة الأحرف التي تسرد الأحرف وخصائصها المختلفة. هذه هي النافذة التي يمكنك من خلالها تغيير الأوزان وأنواع الأحرف. في MacClade 4، تم تحسين نافذة قائمة الأحرف كثيرا، وهناك الآن نوافذ ما يعادلها أيضا لسيارات الأصناف والأشجار ومضوح الوزن ومجموعات النوع وأجهزة التضمين ومجموعات الأحرف ومجموعات الأجرة. في هذه النوافذ، يمكنك إعادة تسمية هذه الكائنات، وإعادة ترتيبها وحذفها وتعديلها وتعديلها. الاتصالات مع PAUP هناك عدد من الميزات المضافة إلى MacClade 4 لتحسين التفاعلات بين PAUP و MacClade. فيما يلي ثلاثة أمثلة: إدارة كتلة Nexus يمكنك الآن معالجة العديد من كتل Nexus الموجودة في ملف البيانات، بما في ذلك كتل PAUP. يسمح هذا واحد لتحرير الأوامر التي ستعالجها PAUP عند تنفيذ أشجار الملفات. يمكنك أن تسأل MacClade حفظ الشجرة على الشاشة كشاشة قيد القيد. إذا قمت بذلك، احفظ الملف في MacClade، ثم إعادة تنفيذه في PAUP *، ستكون القيد متاحا للاستخدام باستخدام فهرس البحث والتفتيش في PAUP. بينما لا يقوم MacClade 4 بحساب مؤشرات التحلل ( ) بحد ذاتها، سينشئ ملف PAUP يحتوي على الأوامر النصية اللازمة لحساب قيم مؤشر Decay من جميع Clades على الشجرة في نافذة شجرة MacClade. إذا قمت بعد ذلك بتنفيذ هذا الملف في PAUP، فسيقوم PAUP بإجراء جميع عمليات البحث ذات الصلة لحساب مؤشرات التحلل. التعليم: حفظ المعوقين ما الجديد في هذا الإصدار: إظهار عدد من عدم اليقين أو تعدد الأشكال في نافذة قائمة Taxon.

macclade. برامج ذات صلة