cytoscape. منصة البرمجيات الأساسية المصدر في المصدر لتصور شبكات التفاعل الجزيئي والمسارات البيولوجية
التحميل الان

cytoscape. الترتيب والملخص

cytoscape. العلامات

تصور متخيل تصور الجزيء تفاعل شبكة التبشير التصور الجيني شبكة التفاعل

cytoscape. وصف

المصدر المفتوح المعلوماتية الحيوية منصة برمجيات لتصور شبكات التفاعل الجزيئي والمسارات البيولوجية Cytoscape مفتوح المصدر المعلوماتية الحيوية منصة برمجيات لتصور شبكات التفاعل الجزيئي والممرات البيولوجية ودمج هذه الشبكات مع والشروح، وملامح التعبير الجيني ودولة أخرى تم تصميم data.Although Cytoscape أصلا للبحث البيولوجي، والآن هو منصة عامة لتحليل الشبكات المعقدة والتصور. يوفر التوزيع الأساسية Cytoscape مجموعة أساسية من الميزات لتكامل البيانات والتصور. هي الميزات الإضافية المتاحة والإضافات. هي الإضافات المتاحة للشبكة والتنميط الجزيئي التحليلات، إضافية دعم تنسيق الملف، برمجة، تصاميم جديدة، ويمكن تطويرها اتصال مع databases.Plugins من قبل أي شخص باستخدام Cytoscape API المفتوحة تعتمد على تقنية جافا وتنمية المجتمع المساعد هو التشجيع. وهنا بعض الملامح الرئيسية "Cytoscape": يدعم العديد من المعايير: Cytoscape يدعم الكثير من صيغ الشبكة وملف الشرح القياسية بما في ذلك: SIF (تنسيق التفاعل بسيط)، GML، XGMML، BioPAX، PSI-MI، إس بي إم إل، OBO، وجمعية جين. كما يدعم ملفات نصية محددة وMS مصنف Excel ويمكنك استيراد ملفات البيانات، مثل ملامح التعبير أو الشروح GO، التي تم إنشاؤها بواسطة تطبيقات أخرى أو برامج جداول البيانات. باستخدام هذه الميزة، يمكنك تحميل وحفظ سمات التعسفية على العقد، الحواف، والشبكات. على سبيل المثال، وإدخال مجموعة من الشروط الشرح مخصص للبروتينات الخاصة بك، وخلق مجموعة من القيم الثقة للتفاعل البروتين البروتين الخاص بك. عملاء خدمة ويب: Cytoscape يعمل كعميل خدمة ويب. يعني ذلك Cytoscape يمكن الاتصال مباشرة إلى قواعد البيانات العامة الخارجية وشبكة الواردات والبيانات الشرح. حاليا، يتم اعتماد المسار العموم، سليمة، BioMart، NCBI Entrez جين، وPICR. ونحن نواصل تطوير خدمة العملاء الجديد لقواعد شعبية. التوافقية: منذ Cytoscape يدعم استيراد / تصدير صيغ الملفات القياسية، يمكنك بسهولة وضع Cytoscape الى العمل الخاص بك. على سبيل المثال، إذا كان لديك شبكة البيانات التي تم إنشاؤها بواسطة igraph أو Bioconductor، Cytoscape يمكن تحميل الملف كجدول النص ويمكنك تصديره في شكل PSI-MI للأدوات المعلوماتية الحيوية الأخرى أو البرامج الخاصة بك / مخطوطات. ملف الدورة: يمكنك حفظ العمل الخاص بك عن طريق نقرة واحدة. وتكتظ جميع إعدادات وملفات البيانات، وتصورات في ملف الدورة. وهي تسمى الدورة Cytoscape (.cys) الملف. يتضمن ملف الدورة Cytoscape الشبكات، وسمات (لعقدة / حافة / الشبكة)، والدول سطح المكتب (مختارة / العقد المخفية والحواف، وأحجام الإطارات)، خصائص، وبعض الدول المساعد، والأنماط البصرية. متطلبات: جافا SE 5 أو في وقت لاحق

cytoscape. برامج ذات صلة