VMD. برنامج تصور جزيئي لعرض النظم الحيوية الكبيرة والتحليل وتحليلها باستخدام رسومات ثلاثية الأبعاد.
التحميل الان

VMD. الترتيب والملخص

VMD. العلامات

رسم بياني جزيئي البيولوجية نظام البيولوجي الرسم الجزيئي التجميل الحيوي

VMD. وصف

برنامج تصور جزيئي لعرض النظم الحيوية الكبيرة وتحليل وتحليلها باستخدام رسومات ثلاثية الأبعاد. VMD هو برنامج تصور جزيئي لعرض الأنظمة الحيوية الكبيرة والتحليل وتحليلها باستخدام رسومات ثلاثية الأبعاد والبرمجة النصية المدمجة. يدعم VMD أجهزة الكمبيوتر التي تعمل أجهزة الكمبيوتر التي تعمل بنظام التشغيل Mac OS X أو UNIX أو Windows. .vmd هو تطبيق عام لعرض الجزيئات التي تحتوي على أي عدد من الذرات وتشبه برامج التصور الجزيئية الأخرى في قدراتها الأساسية. يتضمن VMD الدعم المدمج لتقديم مجسمة شديدة الاتجاه الرصاص يمكن استخدامه في مسارح الإسقاط كما وكذلك محطات عمل رسومات سطح المكتب. عرض السترسكوبي يساعد بشكل كبير في تصور هياكل ثلاثية الأبعاد وكانت ميزة رئيسية في VMD منذ إصدارها الأول. يوفر VMD أيضا الدعم للنظارات الاستريو الموجهة في اللعبة غير مكلفة، وحتى ستيريو اندرايك (أحمر / أزرق). فيما يلي بعض الملامح الرئيسية ل "VMD": لا يوجد حد لعدد الجزيئات أو الذرات أو المخلفات أو عدد إطارات الرسوم المتحركة، باستثناء الذاكرة المتاحة. العديد من طرق التقديم الجزيئية والمناصرة. لغة اختيار ذرة واسعة النطاق مع مشغلي المنطقي والجبر، وتعبيرات منتظمة، والتحديدات المستندة إلى المسافة، وأكثر من ذلك. واجهات رسومية ونصية واسعة إلى TCL، TK، و Python لتوفير إمكانيات نصية وتحليل قوية. عرض عالية الجودة على الشاشة باستخدام تظليل OpenGL قابل للبرمجة على مسرعات الرسومات المتقدمة. عرض مجسمة مع نظارات مصراع وألواح مسطحة بالمنظار، نظارات ستيريو اندرا، وعرض ستيريو جانبي. التحكم التفاعلي ثلاثي الأبعاد من خلال استخدام المقود، والكباريات، وأجهزة Haptic وغيرها من أجهزة الإدخال المتقدمة، مع دعم الشبكة الطرفية الواقع الافتراضية (VRPN). نظام تحميل الملفات المستندة إلى البرنامج المساعد القابل للتوسيع مع دعم التنسيقات الشائعة مثل العنبر و Charmm و Gromacs و Namd و PDB و X-Plor، وغيرها الكثير، وكذلك التحويل التلقائي من خلال Babel. تصدير المشهد المعروض على تنسيقات التقديم البوستين بما في ذلك POV-RIY، RESTER3D، RENDERMAN، GELLATO، Tachyon، WaveFront، بالإضافة إلى ملفات STL أو VRML2 للطباعة 3-D. تكامل أدوات تحليل التحليل التطوري المتعدد، في شكل البرنامج المساعد متعدد الألوان ومجموعة الأدوات ذات الصلة. إجراء محاكاة ديناميات الجزيئية التفاعلية (IMD) باستخدام NAMD أو Protomol أو البرامج الأخرى كغايات محاكاة الظهر. التكامل مع برنامج NAMD، وهو برنامج ديناميات جزيئية سريعة ومتوازية وقابلة للتطوير تم تطويره بالاقتران مع VMD. راجع صفحة NAMD للحصول على التفاصيل: http://www.ks.uiuc.edu/research/namd التكامل مع بيئة البحوث التعاونية Biocore. VMD يمكن "نشر البرامج النصية الرسومات الجزيئية إلى Biocore، بحيث يمكن للمتعاونين العمل معا عبر الإنترنت. راجع صفحة Biocore للحصول على التفاصيل: http://www.ks.uiuc.edu/research/biocore. محددات: يجب عليك التسجيل من أجل التنزيل. ما الجديد في هذا الإصدار: تحديثات وثائق المستخدم التحسينات والتصحيحات الصغرى إلى دليل مستخدم VMD، وثائق إضافية لأوامر جديدة ومتغيرات البيئة. دروس جديدة ومحدثة متاحة للصور المتقدمة وصنع الأفلام، تصدير PDF 3-D، إضاءة انسداد تاتشيون المحيط، تلوين السطح الكهربائي، واختيارات Atom تغييرات واجهة المستخدم وضع اختيار "مستخدم" جديد للاستخدام مع البرامج النصية المحددة للمستخدم والمكونات الإضافية تحسينات عامة دعم التقاط ثلاثي الأبعاد مع Acrobat 3-D، لإنشاء مستندات تضمين هياكل جزيئية ثلاثية الأبعاد. يمكن الآن استخدام الاداءات VMD إضاءة انسداد تحميم Tachyon المتقدمة لتحسين أسعار الرسومات الجزيئية المتقدمة بشكل كبير. يمكن لهذا وضع الإضاءة المتقدمة أن يعزز تظليل المسام والقنوات والهياكل مع التجاويف والحالات الأخرى التي تتطلب عادة استخدام العمق cueing لتحسين تصور عمق أفضل. يدعم VMD الآن حزمة إنتاج جودة الإنتاج "Gelato" NVIDIA. صادرات VMD مشاهد في تنسيق ملف PYG الأصلي في Gelato، وكذلك تنسيق Renderman RID. سيستخدم VMD الافتراضي الآن جميع المعالجات المتاحة لتسريع الأجزاء المتواجمة من التعليمات البرمجية التي تتضمن حاليا العديد من إجراءات تحليل الهيكل وتتبع MD التفاعلي. إجمالي استخدام الذاكرة الكلي للذاكرة قد انخفض بشكل كبير. يستخدم VMD الآن أكثر ما يزيد قليلا عن نصف الذاكرة لكل ذرة مقارنة بالإصدارات السابقة، مما يتيح المزيد من المساحة المتاحة لإطارات مسارات إضافية أو لمزيد من الجزيئات المراد تحميلها مرة واحدة. تم تحسين قابلية تحميل هيكل VMD وتحليل التحليل بشكل كبير. تم اختبار VMD بنجاح تحميل وتحليل هياكل تصل إلى 72،000،000 ذرات. تقوم خوارزمية تحديد السندات التلقائي الآن بتشغيل ما يصل إلى 3 مرات بشكل أسرع على أنظمة المعالجات الفردية، وتستخدم معالجات متعددة لتحسين الأداء على المعالجات متعددة الصور ومحطات العمل متعددة المعالجات. تحسين أداء تحميل الهيكل متعدد الألف إلى حد كبير عند تعطيل تحديث العرض. هذه الفوائد دفعة وضع تحليل المهام التي تنطوي على تحليل الآلاف من الهياكل، على سبيل المثال تحميل والبحث عن مجموعات فرعية كبيرة من PDB.

VMD. برامج ذات صلة