Optms. تحميل مجاني ، Optms. تحميل على برنامج تحميل

إطار مفتوح المصدر للطيف الكتلي OpenMS عبارة عن مكتبة مجانية من البرمجيات C ++ من ستساعدك في إدارة بيانات وتحليل بيانات LC / MS. تقدم Optms بنية تحتية لتطوير البرامج ذات الصلة بتطوير المعايير الجماهيرية. يغطي penenms مجموعة واسعة من الوظائف اللازمة لتطوير البرمجيات عندما يتعلق الأمر بتحليل فصل البروتين المرتفع للبروتين والبيانات ذات الصلة بالكتابية. معالجة الإشارات: يتطلب تحليل الإنتاجية العالية للبروتينات باستخدام الطيف الشامل معالجة إشارات فعالة تقلل من كمية البيانات مع الحد الأدنى من فقدان المعلومات. يجب اكتشاف القمم، والسمات المهمة مثل موقفهم الوسطى الذروة، والارتفاع والمنطقة يجب تحديدها. بالنسبة للاختيار الذروة، نقترح مخططا مقرا له من الطاويل لمعالجة بيانات الطيف الكتلي القادرة على التعامل معها الصعوبات التي تطرحها التطبيقات في البروتينات. غالبا ما يتم تطبيق العديد من الخطوات المسبقة مسبقا على البيانات الخام قبل اختيار الذروة الفعلية. يدعم Optms أيضا تخفيض الأساس وتصفية الضوضاء للبيانات الخام. البحث عن الميزة: بعد أول تخفيض البيانات باختيار الذروة، فإن نهجنا هو تقليل مقدار البيانات أكثر من ذلك. يتم ذلك عن طريق تحديد جميع القمم المنتمدة لنفس "ميزة" (كيان كيميائي، على سبيل المثال تهمة الببتيد البديل) وضبط نموذج نظرية لهم. يتم تعيين قيمة الجودة لكل ميزة فيما يتعلق بقياسها في كل بعد توصيف، على سبيل المثال ملف تعريف إلغاء الحظ (وقت الاحتفاظ) وتوزيع النظارات (الشامل لشحن). ثم يتم استخدام الميزات الكممية الخالية من التسمية ومسمى النظائر. التصور: يمكن أن تقوم Optms بتصور بيانات HPLC-MS في عدة طرق عرض مختلفة. يمكن إجراء عمليات مسح واحدة في مؤامرة ثنائية الأبعاد. يمكن عرض الخرائط الأكثر تعقيدا، في وجهة نظر ثنائية الأبعاد (عرض طيور العين مع شدة مشفرة بالألوان) وحتى في عرض ثلاثي الأبعاد. تمثيلية البيانات شكلي للغاية ويمكن إعادة استخدامها في العديد من التطبيقات. الصور الموجودة على اليمين هي لقطات من "ToppView"، عارض بيانات MS هو جزء من TOBP. خريطة الخرائط: تتكون العديد من تجارب البروتينات من عدة أشكال HPLC-MS. يجب محاذاة المدى من أجل تصحيح المشكلات في اللوني. خرائط الخريطة هي العملية التي يتم فيها تشغيل خرائط القمم أو ميزات من القياسات المختلفة. الخطوة الأولى هي العثور على تحول يتحرك ميزات من خريطة واحدة بالقرب من الميزات المقابلة في الآخر. يعد نهج التجزئة الهندسي القياسي كافيا في معظم الحالات. في الخطوة الثانية، حدد مطابقة وحدة دمج ومتخصصة مجموعات من الميزات المقابلة للتحليل التفاضلي. الهوية: تحديد الهوية الببتيدات والبروتينات هي واحدة من المهام الرئيسية في أبحاث البروتيوم. يمكن أن تقرأ Optms وكتابة تنسيقات البيانات لمحركات التعريف الأكثر شعبية، على سبيل المثال Sequest، التميمة، Omssa، x! tandem. هياكل البيانات لتلك المتجر البيانات لمزيد من التحليل لنتائج تحديد الهوية متوفرة. يمكن أن E.G. تصفية نتائج الهوية، وتحسب نتائج توافق الآراء لعدة محركات التعريف. بالإضافة إلى ذلك، يمكن التحقق من صحة الهوية باستخدام توقعات وقت الاستبقاء. دعم قاعدة البيانات: تقنيات الإنتاجية العالية في البروتينات الحديثة تؤدي إلى الكثير من البيانات التي يجب تفاحها وتحليلها وتخزينها. يتمثل مقدار البيانات الضخمة في دعم قاعدة البيانات ميزة أساسية تقريبا لكل تطبيقات تقريبا. تقدم Openms دعم قاعدة البيانات من خلال وحدة QT SQL، مما يسمح باستخدام مجموعة متنوعة من قواعد بيانات SQL المختلفة. نموذج قاعدة بيانات Optms يتوافق بقدر الإمكان إلى نموذج Hupo PSI-OM.

Optms. برامج ذات صلة