IslandModeltest.
التحميل الان

IslandModeltest. الترتيب والملخص

IslandModeltest. العلامات

ينفذ المنفذ تنفيذ bootstrap الحديثة نموذج الجزيرة bootstrap

IslandModeltest. وصف

البرنامج الذي ينفذ bootstrap حديثة ينفذ IslandModeltest Bootstrap Bootstrap لتحديد ما إذا كانت أنماط البيانات الوراثية تظهر أنماط تنحرف بشكل كبير من نموذج جزيرة لانهائية رايت (19311969). بموجب هذا النموذج، تستقر ترددات Allele في مجموعات مختلفة في شكل توازن موصوف من خلال توزيع مؤقت متعدد المتغيرات. تعد معلمات توزيع بيتا هذا هي ترددات Allele للمجموعة المجمعة من السكان (Q)، والتباين الموحد في ترددات Allele (FST). يتم رسم عينات عشوائية من ترددات أليل مرارا وتكرارا من هذا التوزيع التجريبي لتوليد التوزيعات الخالية من FST لكل موضع. تتم مقارنة نتائج FST الملاحظة لكل موقع بتوزيع NULL هذا لمعرفة ما إذا كانت تسقط خارج حدود الثقة بنسبة 95. وبالتالي، سيكشف التحليل الذي أظهر لوكي انحرافات كبيرة من المتوسط، ويشمل التوزيع الخالي من تباين أخذ العينات من مصادر، ونمط أخذ العينات من البيانات الأصلية (أرقام السكان والأفراد أخذ عينات) وثيقة الاختبار حول المعلمات تستخدم لإنشاء التوزيع التجريبي، وهما القيم المرصودة ل Q، FST و FIS. للتعامل مع المصدر الأول للخطأ، يتم إعادة تشغيل توزيع بيتا المعلمية بعد نفس نمط أخذ العينات من البيانات الأصلية. يتم بناء ترددات النمط الوراثية المتوقعة من ترددات الأليل باستخدام FIS، ومعامل زواج الأقارب داخل السكان، لأن هذا يؤثر أيضا على تباين أخذ العينات. للتعامل مع المصدر الثاني للخطأ، يتم إنشاء كل متكررات تستخدم لبناء التوزيع الفاتح من إدراك مختلف للتوزيع التجريبي، تم إنشاؤه باستخدام قيم فريدة من نوع Q، FST و FIS. يتم الحصول على هذه القيم بدورها من خلال حسابها من عينة Bootstrap القياسية من مجموعة البيانات الأصلية (أعمائها السكان، ثم الأفراد داخل السكان). الأهمية الدفعة تعني أن واحد أو أكثر من الافتراضات النموذجية للجزيرة ينتهك، لكنها لا اقول لك ما. قد يكون ذلك لأن الموقف المنحرف تحت اختيار طبيعي، أو يمكن أن يكون أنماط الترحيل تختلف عن نموذج الجزيرة، أو لمضيف لأسباب أخرى. قد يكون ذلك حتى أن معظم Loci تحت أنظمة اختيار مماثلة ولكن موضع المنحرف محايد! هناك حاجة إلى دراسات مستقلة لصالح السبب الصحيح. ما الجديد في هذا الإصدار: خطأ في الواجهة التي أبقى المستخدمين من اختيار مخطط إعادة تشغيل bootstrap عند حساب توزيعات FST NULL. مخطط Bootstrap هو الآن إعداد افتراضي.

IslandModeltest. برامج ذات صلة