CLC Genomics Workbench. بتحليل وتصور بيانات التسلسل التالي للتسلسل.
التحميل الان

CLC Genomics Workbench. الترتيب والملخص

CLC Genomics Workbench. العلامات

البيانات تحليل تصور البيانات تحليل البيانات تسلسل بيانات التسلسل

CLC Genomics Workbench. وصف

يتيح لك تحليل وتصور بيانات التسلسل الجيل القادم. CLC Genomics Workbench حلنا الجديد لتحليل وتصور بيانات التسلسل الجيل القادم. يتضمن Workbench Clc Genomics التكنولوجيا والخوارزميات المتطورة، مع دعمها والدمج مع بقية Workblow.Clc Genomics Genomics النموذجي والدمج أيضا بسرعة كبيرة وتسمح لك بإجراء تجميع الرجوع من الجينومات من أي حجم - الحد الوحيد هو المبلغ الوحيد ذاكرة الوصول العشوائي على الجهاز الذي يدير البرنامج. برنامج CLC Genomics Workbench قادر أيضا على دعم اكتشاف SNP، دي نوفو، وعدد كبير من التحليل المصب. فيما يلي بعض الملامح الرئيسية "CLC Genomics Workbench": تجميع Novo Sanger، 454، Illumina Genome Analyzer، الهليكوس، والبيانات الصلبة. مرجعية جمعية Sanger، 454، Illumina Genome Analyzer، هيليكوس، بيانات التسلسل الصلبة. الرجوع إلى مجموعات البيانات المختلطة (E.G. 454 ومحلل جينوم آيلومينا). التجميع المرجعي للجينوم من أي حجم. تجميع بيانات القراءة القياسية ودعم التجميع من قراءات القراءة / الزوج الزوجية المقترنة من أي تقنية التسلسل. أدوات رسومية متقدمة للكشف عن الطفرات الكبيرة وإعادة ترتيبها. قراءات واحدة - التغطية والصراعات. يقرأ النهايات - نظرة عامة بيانية. يقرأ النهايات المقترنة - الإدراج والحذف. يقرأ النهايات الزوجية - Duplications و Insortersions. دعم تسلسل متعددة الإرسال حسب اسم الملف. دعم تسلسل متعددة الأجزاء من خلال علامة عينة خاصة. اخفاء الجمعية المرجعية بناء على التعليقات التوضيحية مثل E.G. exons. التكامل مع حلول الحوسبة عالية الأداء CLC Bio، مما يجعل التجميعات بسرعة كبيرة. عرض تفاعلي وكبير من جمعيات الجينوم، بما في ذلك تسلسل القراءات، بيانات الجودة، والتسلسل المرجعي. التكامل الكامل للمشاهدين مع تحليلات المصب. التقارير والإحصاءات الجودة في البيانات الخام. يستخدم هذا المعالج للتعامل مع بيانات التسلسل الموسمية المتوازية. استخدام العينات الموسومة يمكن أن يزيد بشكل كبير من سرعة التسلسل من تسلسل الجيل التالي . يتم تحليل هذه العينة من البيانات المختلطة من خلال نظام العمل الجينوم. Matthias Meyer، Udo Stenzel و Michael HoffReiter، "الموازي التسلسل الموسوم في منصة 454"، بروتوكولات الطبيعة 3، - 267 - 278 (2008) يستخدم هذا المعالج للتعامل مع بيانات التسلسل الموسمية المتوازية. تصفية وتقليم القراءات. كشف SNP المتقدمة. تقرير SNP. دعم التكامل مع قاعدة بيانات CLC المعلوماتية الحيوية. متطلبات: 256 ميغابايت RAM مطلوب. 2 غيغابايت من ذاكرة الوصول العشوائي الموصى بها. 1024 768 عرض الموصى بها. يتطلب عرض ثلاثي الأبعاد برنامج تشغيل رسومات 3D OpenGL (مضمن مع جميع بطاقات الرسومات تقريبا). تجميع وتحليل الجينومات يصل إلى 10 قواعد ميجا: 2 غيغابايت RAM مطلوب؛ 4 غيغابايت من ذاكرة الوصول العشوائي الموصى بها. تجميع وتحليل الجينوم الأكبر: 2 غيغابايت RAM مطلوب؛ 8 غيغابايت من ذاكرة الوصول العشوائي الموصى بها. 64 بت نظام الكمبيوتر والتشغيل الموصى به لأكثر من 2 غيغابايت من ذاكرة الوصول العشوائي. محددات: 30 يوما فترة تجريبية. ما الجديد في هذا الإصدار: محاذاة عالمية للقراءة الطويلة عند تشغيل خوارزمية الجمع محاذاة الفضاء الملونة عند تشغيل الجمعية المرجعية تحسين سرعة جميع العمليات بشكل كبير مع مجموعات البيانات الكبيرة تحليل RNA-SEQ: تحسين الأداء: تشغيل 44 ميو يقرأ مقابل جينوم الماوس يستغرق الآن 32 دقيقة على جهاز كمبيوتر ثماني النواة مع ذاكرة الوصول العشوائي 32 جيجابايت. هذا اعتاد أن يكون أكثر من ساعتين. مع الإصدار السابق، تم إنشاء وحذف الكثير من الملفات المؤقتة الصغيرة وحذفها، وقد استغرق هذا وقتا طويلا وتأثر الاستجابة العامة للكومبتر. بالمقارنة، يتم إنشاء جزء صغير فقط من الملفات المؤقتة مع الإصدار الجديد. خيار جديد لتحديد الحد الأدنى المطلوب exon- التداخل من القراءات التي تمتد إلى تقاطع exon-exon. اقرأ أكثر... تقرير RNA-SEQ الجديد الذي يعطي نظرة عامة إحصائية عن عملية الجمعية. اقرأ أكثر... جدول النتيجة الآن تقارير رقم تقارير Exon-Exon-Exon-Exon-Exonning Reconning. جدول النتائج الآن تقارير موقع ChromoSome من الجينات. اقرأ أكثر... تصور القراءة التي تمتد تقاطعات exon-exon. اقرأ أكثر... يقرأ التعيين على قدم المساواة جيدا إلى حدود Intron-Exon و EXON-Exon تم تحديدها الآن على أنها فريدة من نوعها EXON-EXON REATNING. يتم تحديد RPKM بشكل أفضل في دليل المستخدم. اقرأ أكثر... الإعداد الافتراضي متعدد الزيارات هو الآن 10 كما هو الحال في ورقة Menazavi اقرأ المزيد ... يتم الآن تجميع القراءات قصيرة جدا مما يسمح بمزيد من عدم التطابق. تحليل التعبير: Or Volcano Plots: يمكنك الآن اختيار القيم للمصورة على المحور x. اختر بين "الفرق" و "تغيير". اقرأ أكثر... تظهر عرض الجدول من قطع الشريط نفس الفواصل الزمنية كما هو موضح في مؤامرة البار. المستورد العام لبيانات مجموعة التعبير بتنسيق جدول. اقرأ أكثر... المستورد العام لبيانات التعليق التجريبية التجريبية في شكل جدول. اقرأ أكثر... يمكن الآن استخدام ملفات Ontology (GO) على التعليق على تجربة تعبير. اقرأ أكثر... علامة التنميط العلامة: لم تعد مسموح لك بالتعليق على عينات العلامات، والتجارب فقط تم إعادة تنظيم لوحة الجوانب من جدول التجربة لتوفير نظرة عامة أفضل. اقرأ أكثر... استيراد بيانات التسلسل عالية الإنتاجية: تم نقل أداة الاستيراد من مربع الأدوات إلى قائمة الملفات وشريط الأدوات. اقرأ أكثر.. استيراد وتصدير تنسيق محاذاة سام. اقرأ أكثر... استيراد بيانات المحاذاة بتنسيق تحديد محدد في علامة التبويب، بما في ذلك تنسيق محاذاة ELAND. اقرأ أكثر... استيراد تنسيق ملف illumina QSEQ. اقرأ أكثر... تم العثور على رابط في 454 بيانات أيضا للمباريات غير الكمال اقرأ المزيد ... تعزيز التصور للتبادل: يتم الآن إظهار النيوكليوتيدات غير المحاذاة في الداخل من القراءات الموجودة الآن قرون يقرأ قراءات لها سطر واحد يربط الزوج بدلا من الفجوات يتم عرض مقابض السحب لتحريك الحدود المحاذاة / غير المعنية فقط عند رؤية قواعد القراءات. هذا يعني أنك تحتاج إلى تكبير إلى 100 أو أكثر من مستويات الضغط المختارة "غير مضغوطة" أو "منخفض". وإلا فإن مقابض السحب غير متوفرة (يتم ذلك من أجل جعل نظرة عامة مرئية أكثر بسيطة). اقرأ أكثر.... من الممكن عرض أزواج تداخل يقرأ القراءة غير المفتوحة من الجمعية الآن وضعها النهائي المقترن (هذا يعني أيضا أنه يمكنك الحصول على قائمتين - واحد مع أزواج واحد مع ما تبقى من الأزواج المكسورة جدول إخراج الكشف عن SNP الآن تقارير الآن إذا كانت العديد من SNPs غير مرادف موجودة في نفس الكود حوار كشف SNP: لم تعد تصفية الجودة معطل عند فقد درجات الجودة. بسبب مشكلات الأداء، فمن الممكن التحقق مما إذا كانت درجات الجودة موجودة. ستحذف الكشف SNP للتو تصفية نقاط الجودة إذا كانت نتائج الجودة غير موجودة. الكشف SNP: من الممكن اكتشاف المتغيرات مع تردد أقل من 1 في المئة. يتضمن تقرير Contig الآن معلومات حول التغطية لكل من المناطق المغطاة ومرجع كامل. اقرأ أكثر... فتح تسلسل الإجماع بما في ذلك الثغرات أيضا وضع NS قبل بدء تسلسل الإجماع وبعد أن ينتهي تتضمن وظائف تقليم الآن خيار تقليم عدد محدد مسبقا من النيوكليوتيدات من أي من نهاية القراءة. اقرأ أكثر... بوابة استنساخ. دعم بسيط وسهل الاستخدام لإنشاء إدخال البوابة والتعبير التعبير. اقرأ أكثر... ابحث عن التطابقات بين جميع الاشعاليات المحفوظة. تحسنت أداة البحث عن مواقع التوصيل إلى حد كبير للسماح لك الآن بالبحث بين جميع الاشعال. بالإضافة إلى ذلك، تحصل أيضا على إخراج جدول من مواقع الربط والأجزاء المحتملة. اقرأ أكثر... في Silico PCR: إنشاء منتج PCR بناء على زوج التمهيدي وتسلسل القالب (بما في ذلك ملحقات التمهيدي). كجزء من مواقع البحث المحسنة البحث عن الأجزاء وإنشاء أداة شظايا، يمكنك استخراج منتج PCR من قائمة الشظايا من خلال قائمة النقر بزر الماوس الأيمن. اقرأ أكثر... تحقق من خصوصية التمهيدي. كجزء من مواقع البحث المحسنة البحث عن الأجزاء وإنشاء أداة شظايا، يمكنك البحث مع زوج التمهيدي في قائمة بالتسلسلات المستهدفة المحتملة ومشاهدة جدول نظرة عامة لمواقع التوصيل والمواصلات وكذلك شظايا PCR المحتملة. اقرأ أكثر... تعيين: يمكنك تعيين مسار إلى موقع البيانات الافتراضي المستخدم عند بدء تشغيل Workbench لأول مرة. هذه ميزة للمساعدة في التحكم في مسؤولي النظام حيث تقوم عمليات تثبيت جديدة للخدمة الواحدة في حفظ بياناتها. اقرأ أكثر... دعم لإزالة الأدوات الوصول إلى الإنترنت (انفجار NCBI، تحديث الإخطارات وغيرها). اقرأ أكثر... استيراد وتصدير العام: دعم استيراد المناطق المعقدة من ملفات GFF تصدير الجداول والتقارير في تنسيق Excel. قسم الاستيراد من دليل المستخدم إعادة هيكلة لتوفير نظرة عامة أفضل قراءة المزيد .... يتم الآن وصف مستوردي بيانات التعبير الآن في التفاصيل الفنية في قسم منفصل اقرأ المزيد .... يمكنك الآن تصدير قوائم تسلسل متعددة بتنسيق FISA استيراد الملفات القسري من ملفات ZIP مدعوم الآن (سيجبر استيراد محتويات ملف ZIP) تقبل الاستيراد القياسي الآن Gzip و Tran ملفات القطران وكذلك الرمز البريدي إذا فشل الاستيراد القسري، فستكون هناك معلومات تقنية أكثر حول الخطأ الذي حدث، مما يتيح لك تحديد التنسيق السيئ لملفات الاستيراد كل من Genbank و GFF المستورد الآن يجعل العديد من المحاولات في تسمية الجينات التي لا تملك اسم جين. سيحاول تكرار التصفيات التالية: "المنتج"، "locus_tag"، "protein_id" و "transcript_id" عند استيراد الملفات Genbank حيث لا يتطابق الطول في التسلسل الفعلي، يظهر تحذير ولكن يتم قبول التسلسل. عند التصدير بتنسيق CSV، يتم استخدام إعدادات الإعدادات المحلية لتحديد ما إذا كان يجب استخدام فاصلة أو شبه كولون كمسؤول (فاصلة تستخدم لغو الولايات المتحدة) تم تحديث المكون الإضافي GFF لقبول التعليقات التعليقات المعقدة متنوع: الخصائص المتقدمة التوضيحية باستخدام جدول التعليق التوضيحي. اقرأ أكثر... تحسين الإبلاغ عن المواقف عندما يمنع قرص كامل حفظ البيانات تنزيل التسلسلات باستخدام السحب والإفلات من جدول البحث لم يعد ينشئ عقدة "تنزيل ..." في المجلد. يمكن مراقبة عملية التنزيل في علامة التبويب العمليات. يدعم التصميم التمهيدي الآن شظايا PCR أطول من 5000 BP. استخراج التسلسل نقل من ملف مانو إلى Toolbox-> تحليل التسلسل العام. اقرأ أكثر... أفضل ملاحظات تقدما على مربعات الحوار المختلفة اصلاحات الشوائب: المشكلة مع ترتيب الجينات عند إعداد تجارب RNA-SEQ. إذا لم يكن ترتيب تسلسل المدخلات هو نفسه بالنسبة لجميع العينات، فستكون التجربة مخطئا. الثابتة التوجه الخاطئ لبيانات زوج الزايم الصلبة مشكلة ثابتة مع تسمية علامات التبويب. يعني الإصلاح أنه على بيانات Windows و Linux غير محفوظة الآن * بدلا من جعل اسم علامة التبويب جريئة وماء. (كان هذا دائما السلوك على نظام التشغيل Mac OS X). مشكلة ثابتة عرض تسمية "النسخ ..." عند نسخ البيانات ثم تحديث المجلد تسمية مضللة عند تجميع يقرأ أقصر من 15 بي بي بي بي. الآن تقول إن هذه القراء سيتم تجاهلها في التجمع

CLC Genomics Workbench. برامج ذات صلة