Bissnp. أداة للأنبيب الوراثي في Bisulfite تعامل مع تسلسل متوازي على نطاق واسع على منصة Illumina
التحميل الان

Bissnp. الترتيب والملخص

Bissnp. العلامات

موازى تسلسل الطراز العرقى

Bissnp. وصف

Bissnp هو أداة مساعدة بناء على إطار عمل مجموعة أدوات تحليل الجينوم (GATK) لبيانات الجينات الوراثية في Bisulfite المعالجة التسلسل الموازي على نطاق واسع (Bisulfite-seq، RRBS و Nome-Seq) على منصة Illumina. يستخدم BissnP استنتاج بايزيا مع إما احتمالات الميثيل التي تقدر يدويا أو تقدر تلقائيا في سياق التخليط المختلفة (ليس فقط CPG، ChH، CHG في Bisulfite-SEQ، ولكن أيضا GCH ET.AL. في تسلسل Bisulfite غير المعالج) لتحديد الأنماط الوراثية ومستويات الميثيل الوقت ذاته. علاوة على ذلك، يعمل Bissnp لكلا من القراءات الطرفية الواحدة والمزجية. تم التحقق من صحة Specificity وحساسية بواسطة illumina im SNP. في العتبة الافتراضية (درجة الزرقية النطاق> 20)، يمكن أن يكتشف 92.21 من SNPs غير المتسابقين مع معدل إيجابي كاذب 0.14 (حساسية 90.88 في C / T SNPs مع 0.16 معدل إيجابي كاذب، 98.51 حساسية في SNPs غير C / T مع 0.16 معدل إيجابي كاذب). يمكن للاتصال Cytosine بالكشف عن سياق غير مرجعية للميتوزين لأنه يعتمد فقط على السياق المرجعي.

Bissnp. برامج ذات صلة