وحش تحميل مجاني ، وحش تحميل على برنامج تحميل

التطبيق عبر النظام الأساسي لتحليل Bayesian MCMC للتسلسل الجزيئي الوحش (Bayesian That Involution Thermaning Threes) هو تطبيق مجاني ومفتوح المصدر للاستدلال التطوري من المتسللات الجزيئية. Beast هو تطبيق عبر منصة لتحليل Bayesian MCMC للتسلسل الجزيئي. الوحش موجه تماما نحو الجذور، والفيلوجين المقاسين بالوقت الذين استنتجون باستخدام نماذج ساعة جزيئية صارمة أو مريحة. يمكن استخدام البلاط كوسيلة لإعادة بناء اللهبين، بل هي أيضا إطارا لاختبار الفرضيات التطورية دون تكييف على طوبولوجيا شجرة واحدة. يستخدم الوحش MCMC إلى المتوسط فوق مساحة الأشجار، بحيث يتم مرجح كل شجرة مع احتماليةها الخلفية. فيما يلي بعض الملامح الرئيسية "الوحش": ثابت سعر النماذج الجزيئية. هذا هو النموذج الافتراضي. يمكن معايرة الشجرة عن طريق تحديد معدل طفرة. معدل متغير (مريح) نماذج الجزيئية الجزيئية. تنفذ نماذج الساعة الاسترخاء غير المريحة ل Drummond، Ho، Phillips و Rambaut (2006، بيولوجيا Plos) انظر أدناه للحصول على الاقتباس الكامل. تقديرات تاريخ الاختلاف. يمكن تقدير تواريخ الاختلاف للحصول على أحدث أسلاف محددين (MRCA). تسلسل غير معاصرة (! Tipdate) نماذج ساعة جزيئية. عندما تشكل الاختلافات في التواريخ المرتبطة بالتسلسل نسبة كبيرة من عمر الشجرة بأكملها، يمكن دمج هذه التواريخ في النموذج الذي يوفر مصدرا للمعلومات حول معدل الاستبدال. استبدال نموذج عدم التجانس عبر المواقع. يمكن تحديد نماذج استبدال مختلفة لمجموعات مختلفة من المواقع. على سبيل المثال، يمكن سمح كل موقف كودون بمصفوفة بديلة مختلفة وطراز Gamma من عدم التجانس. مواصفات نموذج مرنة. تنسيق ملف المواصفات النموذجية يسمح بمرونة كبيرة. على سبيل المثال، من الممكن تحديد أن كل موقف كودون لديه معدل مختلف، ودرجة مختلفة من عدم التجانس معدل ولكن نفس النسبة الانتقال / التراجع. مجموعة من نماذج الاستبدال. الوحش (Bayesian Throphollary Evolution Throling Threes) هو تطبيق مجاني ومفتوح المصدر للاستدلال التطوري من التسلسل الجزيئي. اختيار مرن من البشاشة على المعلمات. أي معلمة يمكن إعطاءها قبل. على سبيل المثال، يمكن إعطاء عصر جذر الشجرة أسيا قبل المتوسط. نماذج من الفحم من حجم السكان والنمو. يمكن استخدام نماذج مختلفة من النمو السكاني من الجلالات. في الوقت الحالي، يتوفر حجم ثابت ونمو الأسي ولكن سيتم إضافة المزيد قريبا. تعمل هذه النماذج بشكل أساسي على أنها باهتة على سن العقد في الشجرة ولكن يمكن أخذ عينات من المعلمات (حجم السكان ومعدل النمو) وقدرت. نماذج الفحم متعددة اللاحق. يمكن إعطاء جينتين غير مقطوعتان نفس النموذج السكاني للوحات بل عملية واستبدال مختلفة، مما يسمح بإنتاج الاستدلال الوحلين متعدد الاستخدامات. نماذج ساعة جزيئية على مدار الساعة المحلية. السماح بكل علامات مختلفة في الشجرة بمعدلات مختلفة (أو بالفعل عمليات استبدال مختلفة تماما). ما الجديد في هذا الإصدار: ميزات جديدة: إصدارات GUI من الوحش إظهار مربع حوار لتعيين خيارات مختلفة غير متوفرة فقط بواسطة سطر الأوامر. اصلاحات الشوائب: إصدار 55: سجل شاشة MCMC لا يعمل حاليا. القضية 70: الجمال والتقسيم في مواقف الكودون العدد 72: يجب أن حد Beauti الحد الأدنى من المعلمات نموذج GTR العدد 122: CTRL-A في Beauti -> استثناء العدد 127: اللوحة السابقة الجميلة، العلوي السابق والسفلي لا تظهر ما لا نهاية العدد 128: Beauti: النمو اللوجستي السابق غير متوفر المعايرة العدد 146: Beauti: نموذج سوفاريون الثنائي العدد 169: تحرير اسم الملف Stem في Beauti يؤدي الإدراج أشر إلى القفز إلى النهاية العدد 173: Beauti: استثناء ارتباط جزئيا إصدار 181: Beauti: تحتاج إلى تعزيز إلى السلوك الافتراضي عند إضافة محاذاة إضافية بعد إلغاء انترنت جميع القضية 193: تحسين التقارب التشخيصي: حساب الحجم الفعال الجمع بين المدى من خلال تسلسل العينات القضية 194: Beauti: استثناء إعداد مسبق عند تغيير القيمة إصدار 199: يظهر Tracer إدخال ملف السجل الأول فقط عند مضاعفات إدخالات لها نفس الاسم إصدار 201: تحرير اسم الملف STEM في لوحة MCMC يؤدي إلى نقطة الإدراج القفز إلى النهاية العدد 202: بناء البرامج النصية المنتجة JDK 1.6 فصول حتى فشل التوزيع آلات مع JDK 1.5 العدد 203: علة إطلاق 4J تؤثر على رابط nucleotidelikelihood.dll العدد 204: Beauti: Tree Prement Size Size لا يعمل مع معايرة العقدة العدد 205: اختفى معلومات Tittle في وحدة التحكم باستخدام Windows paramter لتشغيل الوحش العدد 209: جرعة مضاد للأمراض غير تجميع العدد 211: Beauti: نموذج موقع الأحماض الأمينية XML خطأ العدد 212: Beast Linux إصدار: Need Chmod 755 * إصدار 215: تخصيصات الذاكرة الافتراضية لتعبئة Mac صغيرة جدا العدد 216: مخصصات الذاكرة الافتراضية لتغليف Linux صغيرة جدا العدد 217: مشاكل في التعبئة والتغليف Mac OS X إصدار 218: حوار خيارات Beastmain لإعطاء خطأ "قيمة الدخول غير القانونية يجب أن يكون بين 1 و 21474863647 " العدد 220: البرامج النصية شل لإطلاق الوحش في سطر الأوامر لا يمكن التعامل معها مع مسافات في المسار. العدد 221: إعادة توزيع المشغلين نموذج الاستبدال في Beauti إصدار 222: تسمية "Treelikeilihood" عندما قسم واحد فقط إصدار 223: قم بتعيين اسم ملف "تحليل المشغل" كسمية في MCMC Element القضية 225: TroePartitioncohales غير موجود القضية 226: المحللون في الإصدارين. يحتاج إلى تحديث إصدار 227: إصلاح BeastDoc لإنشاء Tag Doc لمستخدمي الوحش القضية 229: فشل آخر في إطار الاختبار إصدار 231: تأخير بدء قياس الأداء حتى بعد التقييم الكامل إصدار 232: Mac (Windows؟) إصدار Beast يغلق وحدة التحكم في الخطأ إصدار 234: جعل الخطأ "الخلفي الأولي هو صفر" قليلا أكثر ودية لتصحيح القضية 236: dr.evomodel.operators.traitgibbsoperator مكررة مع المحللون في إما الإصدار_parser.properties أو beastparser.java القضية 237: Beauti: Taxon Set Not معالجة قسم متعدد الأشجار إصدار 238: تسمية "أنماط" عندما 1 قسم واحد فقط العدد 240: Beauti: UseApiguities of TreelikeLihood يجب أن يكون الافتراضي صحيح بالنسبة ل Binay Covarion العدد 242: Beauti: إنشاء خانة اختيارية لاختيار UseApiguities في Treelikeilihood للبيانات الثنائية العدد 244: عاجل: الافتراضي مراجعة مسبقة العدد 247: Beauti: خاطئ XML في تردد اختيار الثنائي التجريبي كوفاريون نموذج إصدار 248: استثناء Beauti (* وحش) عند ربط بعض الأصوات نفسها ل نموذج شجرة من خلال إعطاء سيارات الأصناف المختلفة في المجموع إصدار 250: Beauti: كتل محاذاة خاطئة للجينات متعددة عند الاختيار "إنشاء محاذاة فارغة" إصدار 253: Beauti أضف صندوقا منبثيا للتحقق من البشاشة الافتراضية عندما انقر فوق إنشاء ملف الوحش العدد 254: يجب أن يكون Beauti إنشاء زر XML تعطيل بعد كل البيانات التقسيم تمت إزالته إصدار 255: قم بإيقاف تشغيل تحذيرات المحلل المحلل بشكل افتراضي للإصدار الذي تم إصداره العدد 256: Beauti: إضافة تعليق في XML "SkyRide.logppsize هو وحدة السجل على عكس غيرها من البث " إصدار 257: Beauti: البيانات الثنائية وأقسام متعددة لا تولد sitemodel بشكل صحيح إصدار 259: جمال: مشكلة لوحة Mac OS MCMC العدد 260: Beauti: الإنجليزية الصحيحة العدد 261: خطأ تحليل العنصر مع معرف NULL العدد 262: خاطئ XML من TestcataclySmcoaleStression.xml العدد 264: importException: خطأ تنسيق الرقم

وحش برامج ذات صلة