طقم تطوير الكيمياء مكتبة جافا مفتوحة المصدر للكيمياء الحاسوبية
التحميل الان

طقم تطوير الكيمياء الترتيب والملخص

طقم تطوير الكيمياء العلامات

تطوير كيمياء مكتبة مكتبة جافا تطوير الكيمياء مكتبة الكيمياء

طقم تطوير الكيمياء وصف

مفتوحة المصدر مكتبة جافا لالكيمياء الحسابية مجموعة أدوات تطوير الكيمياء (معلمين) هي مكتبة جافا لالحيوي ومعلوماتية كيميائية والكيمياء الحسابية. مجموعة أدوات تطوير الكيمياء هو أساس مشاريع أخرى مثل JChemPaint، SENECA، Jmol و، وNMRShiftDB. متطلبات: جاوة ما الجديد في هذا الإصدار: ثابت اسم المعلمة * حدثت الهدف makefp3d للعمل مع نظام البناء الحالي إعداد فرع لإطلاق سراح 1.2.4 ويحدد علة 2898399. تحديثات محلل SMARTS للتعامل مع مطابقة المناسب لالهيدروجين واضحة (بما في ذلك H، 1H، 2H و3H). SMARTSQueryVisitor تحديثه ليأخذ في الاعتبار نظائر مختلفة من H. المحدثة أيضا وحدة الاختبارات أن تأخذ في الاعتبار مطابقة H السليم. وأضاف وحدة الاختبار إلى مزيد من الاختيار H مطابقة. وأضاف اختبارات لتتناسب مع الهيدروجين إعادة صياغة الاختبارات لعلة 2898032. تحديث Javadocs ليبتسم مولد وأضاف وحدة اختبار لتأكيد والاختيار لعلة 2898032 * حدثت UIT للتعامل مع الاستفسارات ذرة واحدة، وأضاف اختبار وحدة لعلة 2888845. أيضا تحديث Javadocs إلى سلوك مذكرة تحديدا من الاستفسارات ذرة واحدة جيل أضيفت الجرار مصدر جافا matchers الثابتة للسماح XML دون خطوط جديدة (يغلق # 2832835) وأضاف وحدة الاختبارات للكشف عن ملفات XML بوب كيم. وحدة الاختبارات الكتابة فوق، لأنه لا توجد أحداث التغيير مرت حولنا في كل لتطبيقات واجهة NoNotification وأضاف في عداد المفقودين وحدة الاختبارات لIChemModel نشر الحدث لحقل ICrystal نشر الثابتة للأحداث تغيير في IChemModel عند إجراء التعديلات في IChemObjects الطفل ثابت حدة الاختبارات: وIChemModel.setFoo (خالية) يجب في الواقع تعطي حدث تغيير على المستمع من IChemModel، وليس بعد إلغاء تسجيل الكائن فو. وأضاف اختبار وحدة إلى وظيفة الإعداد IO جديد لإجبار 2D تنسيق الانتاج. وأضاف الكاتب IO خيار القوة كتابة الإحداثيات 2D إذا الإحداثيات 3D موجودة أيضا، والتي الآن وأنتج يفضل. وأضاف وحدة اختبار للتحقق من أن إذا كانت إحداثيات 2D و 3D المتاحة، وأنتج الإحداثيات 3D. Taglets ثابت: العودة فقط HTML إذا تعطى علامة حقا. وتعطى أسلوب ToString () لجميع الحالات، وليس فقط عندما يتم العثور على العلامة Fixeda الأخطاء التي تسبب مختلف أنحاء DescriptorEngine الفشل - أنه كان يحاول مثيل فئة غير اصف، والذي يحدث أن يقيم في الدليل حزمة اصف. هذا الإصلاح هو kludgy قليلا - يجب أن يكون مثاليا فقط واصفات في هذا الدليل يحدد ClassCastException عندما لا IMolecule ترقيتها إلى PMD 2.4.5 مع العديد من الاصلاحات، وإعطاء التقارير عن الخطأ أكثر دقة وأضاف التبعية مفقودة على معلمين-فرق، وتستخدم في واحدة من وحدة الاختبارات أسماء الطرق الثابتة لتتطابق مع تلك في فئة اختبار ثابت اسم طريقة الاختبار لتتناسب مع أنماط المتوقع، وتحديد اختبار تغطية تفشل إزالة تكرار الكود: MolecularFormulaTest يمتد الآن AbstractMolecularFormulaTest ثابت اختبار طريقة الشرح للإشارة إلى الطريقة الصحيحة وأضاف في عداد المفقودين الشرحTestMethod وحدات وأضاف أن في عداد المفقودين من اختبار PMD وحدات وأضاف أن في عداد المفقودين من اختبار doccheck تصحيح لعلة 2843445. أهداف لجيل الإصلاح الإحداثيات نان كتبها SDG إصلاح اختبار وحدة لعدم إعطاء "الإدخال يجب أن يدعم علامة" استثناء على بعض الأنظمة الأساسية، من خلال التفاف InputStream في BufferedInputStream. تبعيات المفقودة أضيفت وأضاف ioformats إلى وحدات لاختبار استخدام ب StringBuilder لتجميع البيانات الميدانية، مما يعطي دفعة أداء كبير لملف SD حيث تم العثور على البيانات الميدانية متعدد الأسطر. استخدام ب StringBuilder لتجميع البيانات الميدانية، مما يعطي دفعة أداء كبير لملف SD حيث كثيرا البيانات الميدانية، مثل ChEBI_complete.sdf يؤخذ من الخطوات في قراءة كتلة بيانات ملف SD صدم نسخة، لجعله مسح هذا ليس الإفراج 1.2.3 ثابت تسجيل على البطاقة cdk.threadnonsage (إغلاق # 2796362) إزالة نمط عفا عليها الزمن من العلامة svnrev القديمة جافادوك الثابتة لإزالة آثار svnrev العلامات القديمة رسالة الاستثناء متزامنة مع تنفيذ (إصلاحات # 2844333) يتم نسخ بولينغ كهرسلبية في تكوين كذلك. لا استطيع ان ارى لماذا لا نسخ كل ما لدينا. وأضاف علة الشرح حالة اختبار لعلة # 2846213 النظرة الثابتة من N.planar3 حيث تم اكتشاف N.sp2، من خلال اتخاذ الآن في الاعتبار عدد الهيدروجين معين. النظرة الثابتة من البنزين مع جميع السندات واحد، ولكن الهيدروجين العد 1 والسندات توضع العطرية. في هذه الحالة، ونوع هو C.sp2 لا C.sp3. إضافة تأكيدات إلى اختبار الوحدات للقيم التي لا تكون فارغة وأضاف اختبارات وحدتين لنفس المشكلة: لا يتم اعتبار أنواع ذرة الكربون بشكل صحيح إذا كانت معلومات ترتيب السندات هي فقط، ويتم تعيين عدد العطاط العطاطي. نقل الفئة إلى حزمة Org.openscience.cdk، والتي يبدو أنها تعمل الآن. أنا في حيرة لماذا لم يفعل ذلك من قبل. حل العديد من اختبار الوحدة فشل. دمج فرع 'cdk-1.2.x' of ssh: //egonw@cdk.git.sourceforge.net/gitroot/cdk في CDK-1.2.x إلغاء جرة XOM للسماح لها GaseSerializerizer خطأ جافادوك الثابت إصلاح علامة جافادوك خاطئة. أيضا إزالة علامة SVN في ملف Smarts Parser JJT، استبدال علامة GIT وأضاف دعم "العادة العامة علة تصحيح في bondtools.isstereo (حاوية iatomcontainer، IATOM للاستيرادوم). كانت مقارنة رموز الذرة في حلقة متداخلة تستخدم عداد الحلقة الخارجية مرتين. لاحظ أنه عمل من قبل، لأن هناك نوعا من الأرقام المورغان. fallback إلى مورغان (إصلاحات # 2830287) وأضاف اختبار جديد لبيدود عدم التناقض الثابت بين القبول () والكتابة: أيضا دعم كتابة IATOMCONTAINERSET و IATOMCONTAINER كقبل () يشير إلى (الإصلاحات # 2827745) اختبار عام لاختبار الاتساق بين الكتابة () والمقبول ()، واختبار أن جميع ichemobject مقبول يمكن كتابة أيضا وأضاف اختبار الوحدة للأغلة # 2826961: اتطفال غير متناسقة للكتابة لشخصين يبتسمين. اختبار الوحدة لا يظهر فشل، يحكم علة CDK قم بإزالة بيان الرميات الخاطئة علة تم العثور عليها حساب الكتلة الدقيقة التي تعطى صيغة جزيئية عندما يكون مشحونة سلبية. قراءة قاعدة بيانات CDK / DICT / DATA / ELEMENT.OWN الآن في البومة مشكلة ثابتة 2458210: استخدم AssertnotNull (FOO) إلخ بدلا من asserttrue (FOO! = NULL). وأضاف الحد الأدنى المعادل ل bondmanipulator.getmaximumbondorder () طرق إصلاحات تأكيد: بعد الإزالة * لا يجب تسجيل التغيير وأضاف خيار IO لتعطيل مولد بيانات إعلان XML في الإخراج CML. وأضاف الأجيال، والرمز المخزن من خلال إرجاع قائمة دائما من نفس "؟". (وحوالي 80 حرفا يعمل في جافادوك.) تمت إضافة اختبارات الوحدة لاختبار ذلك عند إزالتها تم إزالتها من ChemModel، يجب أن تقوم ChemModel بإلغاء التسجيل كمستمع. اختبارات وحدة إضافية لانتشار الأحداث من مجموعات إلى ChemModel. المزيد من الاختبار الأعلام. إصلاح معرف الوظيفة المبتدئين: يجب أن ترمي طرق الاختبار استثناء واحد فقط. تم إصلاح الواردات المفقودة وفصلها إلى 80 حرفا أفضل التعامل مع expetion في builder3d: تسلسل ثابتة من IATOM مع رسوم رسمية فارغة لعدم التسبب اختبار الوحدة المضافة لاستسلام الرسوم الرسمية الخالية إلى تنسيق MDL MLYFILE (الذي يفشل حاليا) تحديث Javadocs لأداة الاستعلام الذكية للإشارة إلى ميزات غير مدعومة تنظيف ملف المصدر لإزالة النهايات الخطية

طقم تطوير الكيمياء برامج ذات صلة