جالنر خوارزمية سميث مائية نفذت في جافا لمحاذاة التسلسل الزوجية المحلي البيولوجية
التحميل الان

جالنر الترتيب والملخص

جالنر العلامات

تسلسل محاذاة مصفف تسلسل محاذاة محاذاة التسلسل محاذاة التسلسل

جالنر وصف

خوارزمية سميث مائية نفذت في جافا لمحاذاة التسلسل الزوجية المحلية البيولوجية Jaligner هو تنفيذ جافا مفتوح المصدر خوارزمية سميث مائية مع تحسن Gotoh لمحاذاة التسلسل المحلي البيولوجي باستخدام نموذج عقوبة الفجوة الآفية. فيما يلي بعض الملامح الرئيسية "Jaligner": تعقيد الفضاء لأداء البرمجة الديناميكية مع مصفوفة درجات التشابه الرئيسية ومصفوفات الفجوات المساعدة 2 من O (M؟ N) إلى O (N)، حيث M و N هي أحجام التسلسل الرأسي والتسلسل الأفقي على التوالي، باستخدام صفائف مفردة ذات الأبعاد الكافية من الحجم n بدلا من المصفوفات الأصلية ثنائية الأبعاد من حجم M؟ n. يتم تعيين الصفيف ثنائي الأبعاد من حجم م؟ يسرد هذا النهج عملية تخصيص الذاكرة لأن جهاز Java Virtual Machine (JVM) يحاول تخصيص صفيف أحادي الأبعاد من M؟ N "بايت" (نوع البيانات البدائية)، بدلا من محاولة تخصيص مجموعة من الكائنات M " كل منها هو "صفيف" بايت. بالإضافة إلى ما تضمنت بالفعل مصفوفات التسجيل 70 بالفعل، والتي تم التقاطها من موقع NCBI، سيعمل Jaligner أيضا مع مصفوفات التسجيل المعرفة من قبل المستخدم. من السهل استخدام Jaligner من خلال واجهة مستخدم رسومية ودية (GUI) أو بناء جملة سطر الأوامر البسيطة أو واجهة تطبيق البرمجة القابلة لإعادة الاستخدام (API).

جالنر برامج ذات صلة