أدوات سام تنسيق عام مرن لتخزين محاذاة تسلسل النوكليوتيد
التحميل الان

أدوات سام الترتيب والملخص

أدوات سام العلامات

متجر معالجة تخزين محاذاة NUCLEOTIDE التلاعب المحاذاة محاذاة المناور انتقام

أدوات سام وصف

تنسيق عام مرن لتخزين محاذاة تسلسل النيوكليوتيد SAM (محاذاة التسلسل / الخريطة) هو تنسيق عام مرن لتخزين محاذاة تسلسل النيوكليوتيد. توفر أدوات SAM أدوات مساعدة فعالة على محاذاة التلاعب بتنسيق SAM. فيما يلي بعض الملامح الرئيسية لأدوات SAM: مرن بما فيه الكفاية لتخزين جميع معلومات المحاذاة الناتجة عن برامج المحاذاة المختلفة؛ بسيطة بما يكفي لتدوين بسهولة عن طريق برامج المحاذاة أو تحويلها من تنسيقات المحاذاة الموجودة؛ مدمج في حجم الملف؛ يسمح لمعظم العمليات على المحاذاة للعمل على دفق دون تحميل المحاذاة بأكملها في الذاكرة؛ يسمح بفهرسة الملف من خلال الموضع الجيني لاسترداد جميع يقرأ بكفاءة محاذاة إلى موضع. ما الجديد في هذا الإصدار: samtools أكثر اتساقا مع المواصفات: أ) '*' في يسمح حقل Quale؛ ب) فاصل الحقل هو علامة التبويب فقط والفضاء يتم التعامل معها كحرف في مجال؛ ج) مسموح رأس فارغ. تنفيذ دعم GLFV3 في بئول. إصلاح علة شديدة في Fixmate: معلومات حبلا خطأ الكتابة فوق. إصلاح الخلل في استدعاء المحاذاة: محاذاة سد N * 16384BP لم يتم استرجاعها بشكل صحيح في بعض الأحيان. إصلاح الخلل في RMDUP: Segfault إذا كانت القراءة غير المعفاة موجودة. حرك indel_filter.pl إلى samtools.pl وتحسين التصفية من قبل التحقق من العدد الفعلي للمحاذاة التي تحتوي على إيلال. و Indel يتم تغيير خط بئول أيضا قليلا لجعل هذا الترشيح أسهل. إصلاح علة طفيفة في الفهرسة: عدد بن القراءة غير المتفجرة تحسب خطأ. وأضاف الأمر "Flagstat" لإظهار الإحصاءات على حقل العلم. تحسين المتصل Indel عن طريق تحديد الحد الأقصى لحجم النافذة في المحلية إعادة تنظيم. التغييرات في المرافق الأخرى: إصلاح خطأ في MAQ2SAM: اسم العلامة قديم. تحسين إلى WGSIM: أ) دعم إضافي لمحاكاة القراءة الصلبة؛ ب) إظهار عدد بدائل / إيلال / أخطاء في اسم القراءة؛ ج) رمز كبير تنظيف. محولات مختلفة: تحسين وظيفة بشكل عام. تحديث المثال SAM بسبب الخطأ السابق في Fixmate.

أدوات سام برامج ذات صلة