rdkit. CHEMINFORMATICS وبرامج تعليم الجهاز
التحميل الان

rdkit. الترتيب والملخص

rdkit. العلامات

التعلم مكتبة بيثون آلة التعلم الالي cheminformatics تعلم Cheminformatics.

rdkit. وصف

Cheminformatics وبرمجيات التعلم الآلي RDKIT هي مكتبة بيثون مع هياكل البيانات والخوارزميات والبرامج النصية ل CHEMINFormatics. وظائف جزيئية عامة الإدخال / الإخراج: الابتسامات، MOL، SDF، TDT "Cheminformatics": - البحث في البنية التحتية مع الذكاء - الابتسامات الكنسية - دعم الأخشار - سهولة التسلسل (نص جزيء) تصوير ثنائي الأبعاد (بما في ذلك تصوير مقيد) جيل من 2D -> 3D عبر الهندسة المسافة تنفيذ UFF لتنظيف الهندسة بصيغة (مثل ضوء النهار، "مفاتيح maccs"، إلخ) التشابه / التنوع الخلل الجزيئي الوظيفة، CNTD تحليل الفظارة / الشظية رسوم GASTIGER التشابه القائم على الشكل محاذاة جزيء الجزيء التحولات الجزيئية (استخدام الذكاء) وظيفة "QSAR" العام "QSAR" مكتبة الواصف الجزيئية: - Topological (3، Balaban J، إلخ) - الدولة الكيميائية (العقارات) - Clogp، MR - "Moe Like" Dampriptors VSA - آخرون التعلم: - تجميع - أشجار القرار، بايز ساذجة *، KNN * * وظيفية، ولكن ليس تنفيذ كبير - التعبئة، عشوائي الغابات - البنية التحتية: تقسيم البيانات خلط التصنيف الخارجي نماذج متسلسلة قطع التخصيب، والفحص، وغيرها من أدوات خط الأسطر ML / buildcomposite.py: بناء نماذج ml / screencomposite.py: نماذج الشاشة مل /enrichplot.py: إنشاء بيانات مؤامرة التخصيب ML / AnalyzeComposite.py: تحليل النماذج (مستويات واصف) Chem / بصمات الأصابع / FingerPrintMols.py: إنشاء بصمات الأصابع 2D Chem / BuildfragmentCatalog.py: تحليل نوع الحالة مع متطلبات الكتالوج الهرمي في بيثون ما الجديد في هذا الإصدار: تم تغيير هيكل الدليل للتوزيع من أجل إجراء تركيب وحدات RDKIT Python أكثر مباشرة. على وجه التحديد تم إعادة تسمية الدليل $ Rdbase / Python إلى $ $ rdbase / rdkit ويتوقع رمز Python الآن أن $ rdbase في pythonpath الخاص بك. عند استيراد وحدات RDKIT Python، يجب على المرء القيام به الآن: "من RDKIT Import Chem" بدلا من "استيراد Chem". سيستمر الرمز القديم في العمل إذا قمت أيضا بإضافة $ RDBASE / RDKIT إلى PythonPath الخاص بك، ولكنه اقترح بشدة أن تقوم بتحديث البرامج النصية الخاصة بك لتعكس المؤسسة الجديدة. بالنسبة للمبرمجين C ++: هناك تغيير متوافق مع غير متماثل في طريقة تخزين ذرات وسندات السندات على الجزيئات. انظر * آخر * قسم للحصول على التفاصيل. شكر وتقدير Kirk Delisle، نويل O'Boyle، أندرو دالكي، بيتر جديك، إصلاح علة Armin Widmer معالجة غير صحيحة من 0 ثانية كأرقام إغلاق حلقة (المشكلات 2525792، و 2690982) معالجة غير صحيحة من الذرات مع HS صريح في ردود الفعل (العدد 2540021) smilesmolsupplier.getitemtext () تعطل (العدد 2632960) معالجة غير صحيحة لفصل النقاط في التفاعل الذكي (العدد 2690530) خطوط تهمة سيئة في كتل مول للجزيئات الكبيرة (العدد 2692246) الاعتماد على الطلب في تعيينه ترتيب الاعتماد في رمز الدوافع 2D 2D تعامل LayerEdfingerPrints الآن سندات حلقة واحدة غير العطرية بين الذرات العطرية بشكل صحيح. ميزات جديدة تنفيذ Brics. مورغان / تنفيذ بصمات الأصابع الدائرية يستخدم رمز الدوافع 2D الآن ملفات FDEF RDKIT القياسية. معلومات التكافؤ الذرية في CTABS مكتوبة الآن وقراءة. إذا كانت موجودة حول القراءة، يتم تخزين أعلام التكافؤ الذرة في الممتلكات الذرية "MOLPARITY". تمت إضافة وسيطة "من" اختيارية "إلى أزواج الذرة وأصابع التواء الطوبولوجي. إذا تم توفير ذلك، فسيتم تضمين أزواج الذرة فقط بما في ذلك الذرات المحددة، أو الإشاعات التي تبدأ أو تنتهي عند الذرات المحددة، في البصمة. Kekulization أصبح اختياري الآن عند إنشاء CTABS. نظرا لأن المواصفات MDL تقترح أن السندات العطرية لا تستخدم، فإن هذا مخصص في المقام الأول لأغراض تصحيح الأخطاء. تمت إضافة وظيفة الإزالة () () (RemoveStereocomistriciledo () آخر وظائف واجهة المستخدم الرسومية المستندة إلى QT3 في RDBASE / RDKIT / QTGUI و $ RDBASE / المشاريع / SDView هي إهمالها. يجب أن لا تزال تعمل، ولكن سيتم إزالتها في إصدار مستقبل. من فضلك لا تبني أي شيء جديد في هذا الإطار (القديم والكبار للغاية). تم إهمال وظيفة DayLightFingerPrintMol () الآن، استخدم rdkfingerprintmol () بدلا من ذلك. للمبرمجين C ++: تمت إزالة أساليب Romol GetAtompmap () و GetBondpmap (). تدعم الجزيئات نفسها الآن طريقة التشغيل [] (] (] (] (] (] (] (] (E.G. Romol: Edge_iterator، Romol :: Vertex_iterator، Romol :: ouchacny_iterator) إلى الذرات والسندات المقابلة. واجهة برمجة تطبيقات جديدة للاحتياج على سندات Atom: ... Molptr هو Const Romol * ... ... Atmptr هو Const Atom * ... Romol :: ended_iter التسول؛ دفعة :: التعادل (التسول، النهاية) = molptr-> getatombonds (atomptr)؛ بينما (التسول! = نهاية) {const bond_sptr bond = (* molptr) ؛ ... افعل شيئا مع السندات ... + التسول؛ } واجهة برمجة تطبيقات جديدة للاحتلال على ذرات الجزيء: ... مول هو الرومول ... Romol :: Vertex_iter atbegin، atend؛ دفعة :: التعادل (Atbegin، atend) = mol.geturtices ()؛ بينما (atbegin! = atend) {atom_sptr at2 = mil ؛ ... افعل شيئا مع الذرة ... ++ Atbegin؛ }

rdkit. برامج ذات صلة