nebseq. التلاعب الأساسي التسلسل البيولوجي
التحميل الان

nebseq. الترتيب والملخص

nebseq. العلامات

مكتبة بيثون معالج تسلسل بيولوجي التسلسل البيولوجي التلاعب التسلسل

nebseq. وصف

التلاعب التسلسل البيولوجي الأساسي Nebseq هو وحدة بيثون للتلاعب بالتسلسل البيولوجي الأساسي.يمبورت كالعادة >>> استيراد Nebseqreverse يكمل ملاحظة فقط هنا هو أن RevComp لا يتحقق من تسلسل الإدخال لمعرفة ما إذا كان يبدو وكأنه الحمض النووي أو الحمض النووي الريبي. >>> nebseq.revcomp ('ACGT') 'ACGT' >>> Nebseq.Revcomp ('TTACC') 'GGTAA'and إذا أعطينا القمامة، فإنه يمنحنا فقط القمامة مرة أخرى. >>> Nebseq.revcomp ('ZQ') 'Qz'TranslationSlation يجب أن تسمح وظيفة الترجمة بالدعم الكامل للترجمة التسلسلية. ويشمل ذلك أشياء مثل تقليم قواعد الزوجات الأولى واستخدام جداول الترجمة البديلة. هناك أيضا دعم للتعديلات المتعلقة بالترجمة غير الرقمية التي يمكن العثور عليها في بعض الملفات Genbank وكذلك ترجمة الببتيدات الجزئية (للأشياء مثل الإحداثيات Fuzzy). Basic ترجمة: >>> nebseq.translate ('ttggccaaggaacga'، الجدول = 11 ) "صانع آثار ترجمة الببتيد الجزئي. بشكل افتراضي، يجب أن يكون أول كودون أول رمز بداية وفقا لجدول الترجمة المحدد، إن لم يكن ثم تم تحويله إلى "X" >>> Nebseq.Translate ('GCCAAG') 'XK' >>> Nebseq.Translate ('GCCAAG "، جزئي = صحيح) 'AK'OR يمكننا إزالة أول مجموعة من القواعد للإحداثيات الغامضة. >>> Nebseq.Translate ('TTGCCAAG'، بدء التشغيل = 2، جزئي = صحيح) 'Ak'Modifications محددة كدليل (فهرس، أمينو_acID) لاحظ أن مؤشرات التعديل المحددة كهارس واحدة قائمة في تسلسل الأحماض الأمينية. >>> nebseq.translate ('atgaaggaa'، التعديلات = ) 'mueyextractractionnace الاستخراج لأنه عندما تريد أن تقطع جزءا من تسلسل أكبر. هذا مفيد إذا كنت تستخدم وحدة NEBGB وتعريفها للمواقع التي يتم تحليلها من سلاسل مثل الانضمام (1..5،9..100). >>> الموقع = {'النوع': 'span': 'من': 4، 'إلى': 10} >>> nebseq.extract ('accgtaccatagtt'، الموقع) ('gtaccat'، (false، خطأ)) >>> الموقع = {... "النوع": "تكمل"، "الجزء": {... "النوع": "الانضمام"، ... "Segments": } ...} >>> nebseq.extract ('accgtattcgggacat'، الموقع) ('cccccgaatacg'، (false، false)) بيثون

nebseq. برامج ذات صلة