mpiblast. mpiblast هو تطبيق موازي يستند إلى MPI لانفجار NCBI.
التحميل الان

mpiblast. الترتيب والملخص

mpiblast. العلامات

موازى ماجستير تنفيذ MPI. الانفجار NCBI التنفيذ الموازي mpiblast.

mpiblast. وصف

mpiblast هو التنفيذ الموازي الذي يستند إلى MPI لانفجار NCBI. mpiblast هو التنفيذ الموازي الذي يستند إلى MPI لانفجار NCBI. يتكون المشروع من زوج من البرامج التي تحل محل formatdb و blastall مع الإصدارات التي تنفذ وظائف الانفجار بالتوازي على كتلة من أجهزة الكمبيوتر المثبتة MPI. هناك مزايان أساسيان لاستخدام Mpiblast مقابل Blast.First، MPIBLAST يقسم قاعدة البيانات في كل عقدة في المجموعة. لأن شريحة كل عقدة من قاعدة البيانات أصغر، يمكن أن يقيم عادة في ذاكرة التخزين المؤقت المخزن المؤقت، مما يؤدي إلى تسريع كبير بسبب القضاء على القرص I / O. ثانيا، إنها تسمح لمستخدمي الانفجار بالاستفادة من مجموعات Beowulf ذات كفاءة منخفضة التكلفة لأن متطلبات الاتصالات المنشظة منخفضة. يحقق Mpiblast تسريعا خطي للغاية في المواقف التي تكون فيها قاعدة البيانات كبيرة جدا لتناسب مع ذاكرة الوصول العشوائي، وبالقرب من السرعة الخطية في مواقف أخرى وبعد لا يتطلب مجموعة مكيفة مخصصة. rquirationements: mpiblast يتطلب تثبيت تطبيق MPI. اثنين من التطبيقات المجانية هي: mpich - http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/ Lam / mpi - http://www.lam-mpi.org في تكويناتها الأكثر شيوعا، يتطلب mpiblast أيضا أن أجهزة الكمبيوتر لديها بعض دليل التخزين المشترك. يمكن أن يكون هذا جبل NFS أو Samba Share أو AFS أو أي نوع آخر من نظام ملفات الشبكة المشتركة. يجب تحديد موقع الدليل المشترك في ملف تكوين ~ / .ncbirc. لبناء MPIBLAST من المصدر، ستحتاج أيضا إلى تجميع نسخة مطابقة من Toolbox NCBI، متوفرة في FTP://Ftp.ncbi.nih.gov/toolbool/ncbi_tools/limitations: Mise بحد أقصى 250 شظايا قاعدة البيانات بواسطة mpificalatdb على معظم الأنظمة قد توجد اختلافات صغيرة في القيمة الإلكترونية بين انفجار NCBI و MPIBLAST بسبب عدم الاستقرار العددي في معالجة النتيجة. معظم النتائج لا تتأثر. ما الجديد في الإصدار المستقر 1.4.4.0-PIO

mpiblast. برامج ذات صلة