metaseq. إطار التحليل المتكامل والتخطيط لبيانات رقاقة / RIP / RNA / * - SEQ
التحميل الان

metaseq. الترتيب والملخص

metaseq. العلامات

مكتبة بيثون بيثون محلل البيانات إرقد بسلام رقاقة مخطط البيانات

metaseq. وصف

Metaseq هو إطار ثعبان يجعل من السهل العمل مع مزيج من رقاقة SEQ أو RNA-SEQ أو أي شيء-SEQ.Example صناديقا، TSS +/- 1 كيلو بايت) تظهر إشارة رقاقة SEQ للجينات المنظمة من تجربة RNA-SEQ مقارنة بدعم الجينات المنظمة للتنظيم للتجهيز المتوازي، الرقم الفعلي هو توازن بين سرعة القرص الصلب وعدد النوى. يتم احتساب الإشارة مباشرة من ملفات IP ومدخلات BAM، وتطبيع حجم المكتبة تطبيع البيانات نظرا لأن النتيجة هي صفيف Nutpy، فهو تافهة، ويقول، والترتيب حسب التعبير الجيني أو لاتخاذ متوسطات العمود .- جينات الكتلة على أساس التوزيع المكاني لقموات رقاقة SEQ حول TSSs. يمكن إنشاء مصفوفة باستخدام نفس الواجهة كما هو الحال بالنسبة لملفات BAM، باستخدام ملف سرير أو ملف كبير بدلا من ذلك، مما يؤدي مرة أخرى إلى صفيف Numpy لمزيد من التحليل - مؤامرة مبعثرة من نتائج Deseq (Basemeana vs Basemeanb) حيث يتم ملونة النقاط حسب الرقم من القمم رقاقة في الجين باستخدام وظائف رد الاتصال في MatplotLib، أو النقر فوق نقطة يمكن طباعة معلومات الجينات، أو يمكن حتى فتح نافذة تظهر عرض متصفح جينوم مصغرة على تلك المخططات الجينية من حيث تقع القمم داخل الجينات المشروحة - TSS ، موقع بولي A، Intron، EXON، إلخ، إلخ، المدخلات هي تنسيقات قياسية - سرير، GFF، GTF، BAM، SAM، Deseq النتائج كما هو موفر من ملفات بيانات R، أو حتى ملفات البيانات المرفقة التعبئة الحسية التي تحتوي على رأس. إذا كنت تأخذ الوقت الكافي للتحويل إلى BigWig أو BigBed، فسيكون الأداء محيازا على أكتاف مجموعة كبيرة من حزم بيثون الحالية لتوفير إطار مرن وبديهي وقوي. تشمل هذه الحزم: - Pysam لتحليل ملفات BAM- BX-Python للوصول إلى BigWig وملفات Bigbed - Matplotlib لتخطيطات تخطيطية سريعة وتفاعلية ومرنة للغاية للصفائف السريعة - Scikits.learn for Clustering (على وجه التحديد، MiniBatch K- يعني التنفيذ) - PybedTools، واجهة إلى جناح Bed Tools، للحصول على "الجينوم الجبري" المرن وقوي للمعالجة - Gffutils، إطار قاعدة بيانات خفيفة الوزن للتنقل في التسلسل الهرمي لشروح الجينات (EXON -> نص -> جين) تنسيق محمول - سيليثون لتنفيذ رمز مكثف حسابيا في CIN بالإضافة إلى توفير "الغراء" بين هذه الحزم المختلفة، فإن Metaseq توفر أيضا كود Binning مكتوب في Cython والمساعدين لتوازي الوصول إلى البيانات. الصفحة الرئيسية

metaseq. برامج ذات صلة