arem. محاذاة يقرأ عن طريق التوقع
التحميل الان

arem. الترتيب والملخص

arem. العلامات

توقع يقرأ محاذاة القراء زيادة التوقعات محاذاة

arem. وصف

محاذاة يقرأ من التوقع-تعظيم AREM هو على أساس MACS (تحليل وبناء نموذج للبيانات رقاقة وما يليها). السامي-الإنتاجية التسلسل إلى جانب لونين المناعية هطول يستخدم (رقاقة وما يليها) على نطاق واسع في وصف على نطاق الجينوم ملزمة أنماط من عوامل النسخ، العوامل المساعدة، معدلات ونين ، وغيرها من الحمض النووي ملزمة البروتينات. خطوة رئيسية في تحليل البيانات الشذرة وما يليها هي الخريطة باختصار يقرأ من أعلى مستوى الإنتاجية تسلسل لجينوم المرجعية وتحديد مناطق ذروة المخصب مع تم اقتراحها لتحليل الشذرة تسلسل عدة طرق reads.Although قصيرة، وأساليب isting الأكثر السابقين فقط النظر يقرأ التي يمكن وضعها فريد في الجينوم مرجعية، وبالتالي يكون منخفضة الطاقة للكشف عن القمم lo- تسلمت خلال تكرار متواليات. نحن هنا إدخال proach الاشتقاق احتمالي لتحليل البيانات الشذرة تسلسل الذي يستخدم جميع يقرأ، تقديم وجهة نظر حقا على نطاق الجينوم من patterns.Reads ملزمة على غرار باستخدام نموذج خليط الموافق K إثراء المناطق وخلفية الجينومية لاغية. نحن نستخدم إمكانية قصوى لتقدير مواقع المناطق المخصب، وتنفيذ توقع-تعظيم (EM) آل gorithm، ودعا AREM، لتحديث الاحتمالات محاذاة كل قراءة على المعلومات الجينية locations.For إضافية مختلفة، راجع ورقتنا في ويستند http://cbcl.ics.uci.edu/AREMAREM على شعبية MACS ذروة المتصل، وكما هو موضح أدناه: RECOMB 2011 أو زيارة موقعنا على الانترنت مع تحسن تقنيات التسلسل، وجاء مناعي لونين من التسلسل عالية الإنتاجية (ChIP- يليها) هو الحصول على شعبية لدراسة تفاعلات البروتين-DNA على نطاق الجينوم. لمعالجة نقص قوية رقاقة وما يليها طريقة التحليل، فإننا نقدم خوارزمية جديدة، واسمه التحليل الذي يعتمد نموذج من رقاقة وما يليها (MACS)، لتحديد عامل نص ملزم sites.MACS يلتقط تأثير الجينوم التعقيد لتقييم أهمية المخصب المناطق رقاقة، وMACS يحسن القرار المكاني لمواقع الربط من خلال الجمع بين المعلومات من كلا تسلسل العلامة الموقف والتوجه. MACS يمكن استخدامها بسهولة للبيانات الشذرة تسلسل وحده، أو مع العينة الضابطة وذلك بارتفاع قدره خصوصية. متطلبات: بيثون

arem. برامج ذات صلة