Summo.

برامج لتعيين معلومات التصنيفية إلى تحميل تسلسل RRNA
التحميل الان

Summo. الترتيب والملخص

الإعلانات

  • Rating:
  • رخصة:
  • GPL v3
  • السعر:
  • FREE
  • اسم الناشر:
  • Alex Leach
  • موقع ويب الناشر:
  • http://code.google.com/u/beamesleach@gmail.com/

Summo. العلامات


Summo. وصف

SSummo هي مكتبة من الوظائف المصممة بشكل متكرر باستخدام HMMER لتعيين تسلسل إلى Taxa. يتم تسجيل النتائج مشفعة للغاية الأشجار التي تظهر على الأنواع / توزيع الجواد داخل هذا المجتمع. تتضمن البرامج المضمنة في التعليمات البرمجية المصدر أدوات إلى: - إنشاء قاعدة بيانات هرمية لنماذج Markov المخفية - Dictify.py؛ - تخصيص تسلسل للأسماء التصنيفية المعترف بها - SSummo.py ؛ - تحليل التنوع البيولوجي، باستخدام Simpson، Shannon وغيرها من الطرق - Rankabundance.py؛ - تصور النتائج كملقمات مع القدرة المميزة على مقارنة مجموعات البيانات المتقاطعة بسهولة - من المقابلات - تحويل النتائج إلى تنسيق Phyloxml: dict_to_phyloxml.py؛ - بناء تمثيل HTML - DICT_TO_HTML.PY. - مؤامرة منحنيات Rarefaction وحساب مؤشرات التنوع البيولوجي المقابلة يتم توفير التعليمات البرمجية المصدر Python هنا، على رمز Google. يمكن تنزيل قاعدة بيانات التسلسل الهرمي Prebuilt of HMMS، بالإضافة إلى قاعدة بيانات محسنة لتصنيف SQL (تستخدم لتحسين صفوف كل سيارات أجرة) من: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/download/formation Install، يرجى الرجوع إلى README. للحصول على معلومات الاستخدام، يوجد ويكي (أعلاه)، وقد تمت إضافة دليل مستخدم أولي إلى الصفحة الرئيسية SVN Trunk.Product


Summo. برامج ذات صلة

معلومات عنا