Pathvisio. بسهولة عرض وتحرير المسارات البيولوجية
التحميل الان

Pathvisio. الترتيب والملخص

Pathvisio. العلامات

رسم بيولوجي المسارات البيولوجية رسم المسارات محرر المسارات المسارات

Pathvisio. وصف

بسهولة عرض وتعديل المسارات البيولوجية Pathvisio هو تطبيق لعرض وتحرير المسارات البيولوجية. بتقليل Pathvisio، تتيح لك رسم مسارات كما تريد في أي برنامج رسم، مثل PowerPoint أو Photoshop. ولكن الفرق هو أن Pathvisio يمكن أن يفهم السياق البيولوجي للمسار، لأنه يمكنك ربط الكيانات البيولوجية (الجينات أو البروتينات) في مساراتك إلى البيانات البيولوجية باستخدام معرفات البيانات. وهذا سيتيح لك تعيين البيانات التجريبية (مثل بيانات microarray) وتصور في أعلى رسم المسار. ملاحظة: تعيين البيانات التجريبية ليست بعد ميزة Pathvisio 1.1، ولكن يمكنك القيام بذلك بالاشتراك مع Genmapp أو مع مكونات إضافية إضافية ل Pathvisio). فيما يلي بعض الملامح الرئيسية ل "Pathvisio": إنشاء مسار جديد: إنشاء مسار جديد عن طريق الضغط على CTRL + N أو تحديد ملف> جديد. سيتم فتح منطقة رسم فارغة حيث يمكنك البدء في تحرير المسار. لحفظ مسار، انقر فوق Ctrl + S أو حدد ملف> حفظ. فتح مسار موجود: افتح ملف مسار موجود عن طريق الضغط على CTRL + O أو تحديد ملف> فتح. سيتم فتح متصفح الملفات حيث يمكنك الانتقال إلى ملف المسار المطلوب. البحث عن مسارات: يسمح لك Pathvisio بالبحث عن مسارات تحتوي على منتج جين معين. يمكنك البحث عن المسارات بطريقتين: رمز الجين (اسم الجين) معرف الجينات (كما هو محدد في قاعدة بيانات مرادف) البحث عن طريق رمز الجينات: تبحث هذه الطريقة عن جميع المسارات التي تحتوي على واحدة أو أكثر من المنتجات الجينية التي يحتوي رمز الجينات على نص البحث المحدد. للعثور على منتجات جينات فقط حيث يطابق الرمز تماما من نص البحث، أضف "" قبل وبعد النص (E.G. "TP53" للبحث عن التطابقات الدقيقة من "TP53"). لبدء البحث، انتقل إلى علامة التبويب بحث المسار في اللوحة الجانبية أو حدد تحرير> مسارات البحث. في واجهة البحث، اختر رمز في البحث عن طريق القائمة المنسدلة. اكتب رمز الجين الذي تريد البحث عنه في حقل نص الرمز. اختر الدليل الذي تريد البحث فيه (سيتم تضمين الدلائل الفرعية) باستخدام زر استعراض. انقر فوق الزر "بحث" لبدء البحث. البحث عن طريق معرف الجينات: تبحث هذه الطريقة عن جميع المسارات التي تحتوي على منتجات جينة واحدة أو أكثر تتوافق مع المعرف المحدد. يتم أيضا تضمين منتجات الجينات المرتبطة عبر المراجع الصليب في قاعدة بيانات المرادف. بدء البحث، انتقل إلى علامة تبويب البحث في اللوحة الجانبية أو حدد تحرير> مسارات البحث. في واجهة البحث، اختر معرف في البحث عن طريق القائمة المنسدلة. اكتب معرف الجين الذي تريد البحث عنه في حقل نص الهوية. اختيار نظام قاعدة البيانات، ينتمي المعرف (انظر أيضا رابط إلى قواعد البيانات). اختر الدليل الذي يحتوي على ملفات المسار الذي تريد البحث فيه (سيتم تضمين الدلائل الفرعية) باستخدام الزر "استعراض". انقر فوق الزر "بحث" لبدء البحث. استعراض نتائج البحث: سيتم عرض نتائج البحث في اللوحة الجانبية. يظهر جدول النتائج المسارات التي تحتوي على واحد أو أكثر من المنتجات الجينية المطابقة للرمز أو المعلم البحث. إذا قمت بالنقر المزدوج فوق المسار في الجدول، فسوف يفتح PathVisio هذا المسار وتسليط الضوء على منتجات الجينات ذات الصلة بمخطط تفصيلي أخضر. يمكنك تعطيل هذه التسليط الضوء على المباريات تسليط الضوء على تسليط الضوء على الأمم المتحدة. متطلبات: جافا 2 بيئة وقت تشغيل الطبعة القياسية ما الجديد في هذا الإصدار: تحسين خوارزمية للموصلات التلقائية التي تشير إلى مرساة. تحسين رسم أنواع الأسهم التي لديها "فجوة" قصيرة في النهاية. لأنه تم إلغاء خدمة Freamail Thawte، قمنا بتحديث شهادة الأمان الخاصة بنا يحتوي عارض محفوظات المسار على خطأ حيث تم اعتبار كل سطر تعديل، حتى لو لم يكن كذلك. وقد تم إصلاح هذا.

Pathvisio. برامج ذات صلة