 | Indelextractor.Indelextractor هو تطبيق يولد أقنعة محاذاة مختلفة بالإضافة إلى قناع Indel. |
| التحميل الان | |
Indelextractor. الترتيب والملخص
الإعلانات
Indelextractor. العلامات
Indelextractor. وصف
Indelextractor هو تطبيق يولد أقنعة محاذاة مختلفة بالإضافة إلى قناع Indel. محاذاة التسلسل الجزيئي هي أساس التحليل الخلفي الجزيئي، ومع ذلك غالبا ما يكون أحد الجوانب الأقل اعتبارا. غالبا ما تحتوي المحاذاة على مواقع صعبة محاذاة (IE Indel) والتي قد تكون "تحرير العين" أو تمت إزالتها قبل التحليل. indelextractor هو تطبيق واجهة المستخدم الرسومية وسطر الأوامر مكتوب في بيرل الذي يولد أقنعة محاذاة مختلفة بالإضافة إلى قناع Indel لسهولة تحديد وإزالة الإيلاءات ومحاذاةهم الغامضة المحيطة بهم. تستخدم أقنعة المحاذاة لإنقاذ مواقع "ملثمين" و / أو "غير مكثفة" لمحاذاة إلى العديد من تنسيقات الملفات المختلفة. يستخدم Hindelextractor قوة BIOPERL لمعالجة تنسيقات ملفات / إخراج / إخراج محاذاة العديد من التنسيقات والمعالجة والتسلسل العام وبعد نتيجة لمعالجة تنسيق الملفات القوي للملف. يمكنك استخدامه ببساطة لتحويل تنسيق ملفات التسلسل والمحاذاة! إليك بعض الملامح الرئيسية "Indelextractor": تنسيقات الإدخال / الإخراج يستخدم Indelextractor قوة BIOPERL لمعالجة تنسيقات ملفات الإدخال / الإخراج / الإخراج للمحاذاة وغيرها المناولة والتلاعب. لذلك، يتم دعم تنسيقات ملفات التسلسل والمحاذاة، ويتم التعرف عليها بواسطة ملحقات الملفات. يجب أن يكون لدى الملفات ملحق ملف متوافق بترتيب أن يتم تحديد Indelextor بدقة تنسيق الملف الصحيح. أقنعة المحاذاة تم تطوير Indelextractor في البداية للمساعدة في أتمتة مهمة تحديد وإزالتها. لهذا، تم تطوير قناع Indel، حيث تم إجراء كل موقف في المحاذاة بحرف في تسلسل أسلوب الإجماع لتحديد المواقف التي تشكل جزءا من إنتل (مناطق ملثمين) وأولئك الذين لم يفعلوا (المناطق غير المشبعة). ومع ذلك، فإن أقنعة إضافية متوفرة الآن: أقنعة ثابتة ومتغيرة وتتوافقية. بمجرد إنشاء قناع، يمكن استخدامه لحفظ المحاذاة الفرعية (مواقع ملثمين / غير مأهولة) إلى ملف، أو كمعلومات إضافية في أكثر تنسيقات محاذاة غنية بالمعلومات (E.G. NEXUS) عند حفظ المحاذاة بأكملها إلى ملف. ميزات مساعدة تم تمديد مجموعة ميزة Indelextractor للسماح بمحاذاة التسلسلات باستخدام Crustalw من داخل Indelextractor والقدرة على الانفجار على تسلسلات الانفجار ضد قواعد بيانات NCBI؛ خيارات كلاهما متاح عبر تفضيلات Indelextractor.
Indelextractor. برامج ذات صلة
