Hapcluster ++. hapcluster ++ عبارة عن حزمة برامج لرسم خرائط لفظي الارتباط باستخدام نظرية من الجلوس.
التحميل الان

Hapcluster ++. الترتيب والملخص

Hapcluster ++. العلامات

الرابط التنفيذ C ++. الربط اختلال التوازن جينات mapper. Hapcluster ++. عدم التوافق

Hapcluster ++. وصف

Hapcluster ++ عبارة عن حزمة برمجية لرسم خرائط لفظي الربط باستخدام نظرية من الجلوس. Hapcluster ++ عبارة عن حزمة برامج لرسم خرائط لفظي الربط باستخدام نظرية الكفاءة. يستند HapCluster ++ إلى طريقة MONTE CARLO CARLO (MCMC) سلسلة Bayesian-Carlo (MCMC) لرسم خرائط جينات الربط الواقعة على نطاق واسع باستخدام Maps.hapcluster ++ الطريقة الموصوفة في الورقة أدناه (تم التنفيذ الأصلي في R). التثبيت: مكتوب Hapcluster ++ في C ++ ومتوفر كصنونة مصدر (ضمن رخصة جنو العامة، GPL) وكنسخة ثنائية كملفات Linux RPM. تم تجميع التعليمات البرمجية المصدر بنجاح على أنظمة Linux و UNIX المختلفة. عندما يكون لدي سوى الوصول المحدود إلى الهندسة المعمارية بخلاف Linux، فلا من الممكن بالنسبة لي تقديم توزيعات ثنائية للمنصات الأخرى، ولكن إذا كان أي شخص على استعداد لبناء التوزيعات، فسوف أكون أكثر من سعيدة لوضعها على هذا الموقع. الملفات المصدر، أولا، إلغاء ضغط الملف، ثم قم بتشغيل "تكوين" وأخيرا "جعل". لاختبار أن البناء كان ناجحا، تشغيل "جعل الشيكات". لتثبيت البرنامج، قم بتشغيل "قم بتثبيت". $ tar zxf hapcluster-version.tar.gz $ cd hapcluster-version $. onconfigure $ make $ check $ make make installusage : $ hapclusters.txt haplotypes.txt تنسيق ملف Haplotype هو: سطر واحد لكل Haplotype، حيث يتم تمثيل نموذج Haplotype كقائمة من الأليلات المنفصلة عن المساحة، ويمثل كل أليل إما "0" أو "1 ". يتم أخذ النفاثة على الأنماط الوراثية الزوجية، لذلك بالنسبة إلى حتى الأرقام J Lines J و J + 1 يتم تناولها كملقات Haplotypes للفرد J / 2. العمود الأول هو "allele" pseudo'-allele المستخدمة في الحال / التحكم في الانقسام: a '0' في العمود الأول قد اتخذ يعني أن النمط النمط هو النمط الهابلوت عنصر تحكم و "1" في العمود الأول مأخوذ أن النمط Haplotype هو حالة Haplotype. عند تشغيل، يخرج البرنامج عينات من الكثافة الخلفية لوكي المرض. ثم يتم تحليل هذه العينات في حزم البرامج الأخرى، مثل E.G. R. بشكل افتراضي، يتم كتابة عينات من موضع المرض إلى قياسي خارج، ولكن يمكن تغيير هذا إلى ملف باستخدام الخيار - يوصى هذا بشكل خاص عند تشغيل Hapcluster في وضع Verbose (Option -v). قم بتشغيل Hapcluster - HALP للحصول على قائمة كاملة بخيارات سطر الأوامر مقبولة بواسطة Hapcluster.What الجديد في هذا الإصدار: هذا الإصدار هو منفذ لتنسيق الإصدار 2.0 SNPFILE.

Hapcluster ++. برامج ذات صلة