Copasi. أداة لمحاكاة ونمذجة الشبكات الكيميائية الحيوية.
التحميل الان

Copasi. الترتيب والملخص

Copasi. العلامات

محاكاة الشبكات الكيمياء الحيوية الشبكات الكيميائية الحيوية النمذجة المعادلات الحركية

Copasi. وصف

أداة لمحاكاة ونمذجة الشبكات الكيميائية الحيوية. Copasi هي أداة لمحاكاة ونمذجة الشبكات الكيميائية الحيوية. تحتوي حزمة البرامج على واجهة المستخدم الرسومية التي تتيح للمستخدمين تحديد نماذج الشبكة الكيميائية الحيوية عن طريق إدخال التفاعلات الكيميائية ومعادلات الحركية. يمكن لمحرك المحاكاة القوي إجراء عمليات محاكاة من ديناميات الشبكات وتنفيذ العديد من التحليلات الحسابية المختلفة. يمكن Copasi محاكاة الديناميات باستخدام نهج ODE أو نهج Kinetics الكيميائي الاستوكاستك (خوارزميات Gillespie-Type). فيما يلي بعض الملامح الرئيسية "Copasi": نموذج: شبكة التفاعل الكيميائية. وظائف الحركية التعسفي. أوديس للمقصورات والأنواع والكميات العالمية. مهام المقصورات والأنواع والكميات العالمية. المهام الأولية للمقصورات والأنواع والكميات العالمية. التحليلات: ستوكاستيك وحاسم الوقت محاكاة دورة تحليل حالة ثابتة (بما في ذلك الاستقرار). تحليل التحكم في الأيض / تحليل الحساسية. تحليل الوضع الابتدائي. تحليل الحفظ الشامل. حساب Lyapunov للمرضاء. مسح المعلمة. تحسين وظائف الهدف التعسفي. تقدير المعلمة باستخدام بيانات من دورة الوقت و / أو تجارب الحالة الثابتة في وقت واحد. واجهة المستخدم الرسومية (Copasiui) شريدرز للتغيرات التفاعلية المعلمة. المؤامرات والرسوم البيانية. سطر الأوامر (COPASISE) لمعالجة الدفعات. استيراد SBML (L1V1 + 2، L2V1-3) وتصدير (L1V2، L2V1-3). تحميل ملفات Gepasi. تصدير إلى بيركلي مادونا، XPPAUT، وكود المصدر المصدري لنظام ODE الذي تم إنشاؤه من النموذج. إصدارات MS Windows، Linux، Mac OS X، و Solaris SPARC. ما الجديد في هذا الإصدار: ميزات جديدة لا توجد ميزات جديدة في هذا الإصدار. هذا هو إصدار إصلاح الأخطاء ل Copasi 4.3 (Build 25) اصلاحات الشوائب واجهة المستخدم الرسومية (Copasiui) يتم الآن تحديث التعبير الأولي اعتمادا فقط على القيم العددية الثابتة بشكل صحيح. مشكلة ثابتة والتي قد تؤدي إلى تعطل عند تشغيل مهمة الحفاظ الجماعي. تحطم ثابت في مربع الحوار لتحديد البيانات التجريبية لتقدير المعلمة التي حدثت في حالات نادرة. مشكلة ثابتة حيث يمكن أن يؤدي قطع وتعجنة التعبيرات الرياضية إلى مهام ODES والمهام الأولية إلى نتائج زائفة بعد ارتكاب البيانات. محاكاة المحرك تعطل محتمل ثابت في حساب MCA الذي قد يحدث إذا كان النموذج يحتوي على أنواع ODE أو المهمة. sbml ثابت الاستخدام متعدد من نفس SID في صادرات SBML. حدثت هذه المشكلة فقط عند استيراد النموذج مسبقا من SBML. يتم الآن تعيين العلم المستمر بشكل صحيح إذا تم تغيير الأنواع من الثابت لتحديد ردود الفعل في Copasi. حدثت هذه المشكلة فقط عند استيراد النموذج مسبقا من SBML. ما الجديد في هذا الإصدار: اصلاحات الشوائب.

Copasi. برامج ذات صلة