Bio :: Tools :: Run :: PISAPPLIation :: FISTA Bio :: أدوات :: Run :: PISEAPPLIation :: FISTA هي فئة BIOPERL بحث في قاعدة بيانات التسلسل.
التحميل الان

Bio :: Tools :: Run :: PISAPPLIation :: FISTA الترتيب والملخص

Bio :: Tools :: Run :: PISAPPLIation :: FISTA العلامات

قاعدة البيانات الوحدة النمطية بيرل البحث عن قاعدة البيانات تسلسل البحث عن التسلسل

Bio :: Tools :: Run :: PISAPPLIation :: FISTA وصف

Bio :: أدوات :: Run :: PISEAPPLIation :: FISTA هي فئة BIOPERL لتسلسل قاعدة بيانات البحث. Bio :: Tools :: Run :: PISEAPPLIation :: FISTA هو فئة BIOPerl ل Sequence Database Search.Parameters: FASTA (باستثناء) استعلام البرنامج FASTA (التسلسل) أنبوب ملف تسلسل الاستعلام: seqfile seqtype (isc) هل هو الحمض النووي أو البروتين Sequence (-n) protein_db (isc) nucleotid_db nucleotid_db (isc) قاعدة بيانات النيوكليوتيد break_long (عدد صحيح) كسر تسلسل مكتبة طويلة في كتل (-n) ktup (عدد صحيح) ktup: حساسية وسرعة البحث (البروتين: 2، الحمض النووي: 6) Optcut (عدد صحيح) Optcut: العتبة للتحسين. (-C) GAPINIT (عدد صحيح) العقوبة لبدء الفجوة (-12 افتراضيا ل FASTA مع البروتينات، -16 من أجل الحمض النووي) (-F) ركلة جزاء GAPEXT (عدد صحيح) لمقدم الفجوة (-2 افتراضيا ل FASTA مع البروتينات، - 4 من أجل الحمض النووي) (-غ) High_Expect (تعويم) الحد الأقصى لقيمة القيمة التوقع لعرض الدرجات والمحاذاات (-e) Low_Expect (تعويم) الحد الأدنى من عتبة قيمة التوقع لعرض الدرجات والمحاذاات (-F) النواة تطابق (-r) nucleotid_mismatch (عدد صحيح) لعقوبة عدم تطابق نواة (-R) مصفوفة (إكسم) ملف ماتريكس (-S) X_PENALTY (عدد صحيح) للعقوبة للمباراة مع "X" (بشكل مستقل عن مصفوفة PAM) (- X) عقوبة FRAMESHIFT (عدد صحيح) (عدد صحيح) frameShift بين الكودون (سريع / tfast ) (- h) frameshift_within (عدد صحيح) للعقوبة FRAMESHIFT داخل كود (Fasty / ToNFTIY) (- J) البحث عن ثلاثية (تبديل) فقط الإطارات الثلاثة الأمامية (TIFAA) (-3) عكس (مفتاح) تكمل عكس تسلسل الاستعلام (كل tfasta) (-i) genetic_code (isc) استخدام جيم ODE للترجمة (tfastra / tfast / fast ) (عدد صحيح) عرض الفرقة المستخدمة لتحسين (-Y) SwaLig (التبديل) محاذاة Smith-Waterman غير محدودة للحمض النووي (-a) NoOpt (التبديل) لا محدود التحسين (-O) stat (isc) يحدد الحساب الإحصائي. (-z) عشوائي (رمز التبديل) تقدر المعلمات الإحصائية من نسخ خلافات من كل ترسل تسلسل (-z) الرسم البياني (رمز التبديل) لا توجد درجات (عدد صحيح) عدد من درجات التشابه المراد عرض (-B) Alns (عدد صحيح ) عدد المحاذاة التي يتعين إظهارها (-D) HTML_OUTPUT (التبديل) إخراج HTML (-M) مارككس (إكسم) عرض البديل من التطابقات والمواصلات في محاذاة تسلسل init1 (التبديل) المرتبة حسب درجة Z بناء على درجة INT1 ( -1) z_score_out (isc) إظهار النتيجة تطبيع النتيجة (b) showall (رمز التبديل) يتم عرض كلا التسللين في مجملهم في محاذاة (FASTA فقط) (-A) طول خط الإخراج Linlen (عدد صحيح) لمحاذاة التسلسل (بحد أقصى 200 ) (WW) Offsets (String) بدء ترقيم تسلسل المحاذاة في الوظيفة X1 X2 (أرقام) معلومات (-X) عرض معلومات أكثر حول تسلسل المكتبة في المحاذاة (-l) statfile (outfile) الكتابة معرف التسلسل، رقم Superfamilily، درجات التشابه إلى هذا الملف (-r) تصفية (تبديل) تصفية الحالة الصغيرة (-s) Outfile (Outfil ه) الأنابيب: MVEVIVE_INPUT HTML_OUTFILE (Outfile) متطلبات: perl.

Bio :: Tools :: Run :: PISAPPLIation :: FISTA برامج ذات صلة