Bio :: Seqfeature :: الأدوات :: Unlattener

Bio :: Seqfeature :: أدوات :: Unflattener هي وحدة بيرل التي تحول قائمة مسطحة من ميزات البنوك.
التحميل الان

Bio :: Seqfeature :: الأدوات :: Unlattener الترتيب والملخص

الإعلانات

  • Rating:
  • رخصة:
  • Perl Artistic License
  • السعر:
  • FREE
  • اسم الناشر:
  • Chris Mungall
  • موقع ويب الناشر:
  • http://search.cpan.org/~birney/

Bio :: Seqfeature :: الأدوات :: Unlattener العلامات


Bio :: Seqfeature :: الأدوات :: Unlattener وصف

Bio :: Seqfeature :: Tools :: Unflattener هي وحدة بيرل التي تتحول إلى قائمة مسطحة من ميزات البنوك. Bio :: Seqfeature :: أدوات Seqfeature :: Unflattener هي وحدة بيضاء تتحول إلى قائمة مسطحة من ميزات البنوك المصدر في Seqfeaturei Hierarchyy.Synopsis # استخدام قياسي / عام - Unflatten سجل Genbank استخدم Bio :: Seqio؛ استخدام Bio :: Seqfeature :: الأدوات :: Unflattener؛ # توليد كائن Unlattener $ Unflattener = Bio :: Seqfeature :: أدوات :: Unflattener-> جديد؛ # أولا جلب كائن Seqi Genbank $ Seqio = Bio :: Seqio-> جديد (-file => 'AE003644.GBK'، -Format => 'Genbank')؛ بلدي $ خارج = bio :: seqio-> جديد (-Format => 'ASCIITREE')؛ بينما ($ seq = $ seqio-> next_seq ()) {# احصل على مستوى أعلى كائنات seqfeaturei غير المتفوقة $ unflattener-> unflatten_seq (-Seq => $ seq، use_magic => 1)؛ $ out-> write_seq ($ seq)؛ top_sfs = $ seq-> get_seqfeatures؛ foreach My $ SF (Top_sfs) {# افعل شيئا مع ميزات المستوى الأعلى (مثل الجينات)}} تحتوي معظم إدخالات Genbank على الحمض النووي الجيني المشروح قائمة مسطحة من الميزات. يمكن تحليل هذه الميزات في قائمة مسطحة معادلة من كائنات Bio :: SeqFeaturei باستخدام فئات BIO :: Seqio القياسية. ومع ذلك، فغالبا ما يكون من المرغوب فيه من المرغوب فيه في هذه القائمة على شيء يشبه نماذج الجينات الفعلية، والتي تتخلى فيها الجينات، Mrnas و CDSs وفقا لطبيعة نموذج الجين. يسمح لنا نموذج كائن BIOPerl بتخزين هذه الجمعيات بين SEQFeatures في التسلسل الهرمي الاحتوائي - أي كائن Seqfeaturei يمكن أن يحتوي على كائنات Seqfeaturei المتداخلة. The Bio :: Seqfeature :: أدوات :: كائن Unflattener يسهل بناء هذه التسلسلات الهرمية من تمثيل القائمة المسطحة من Genbank الأساسي. متطلبات: perl.


Bio :: Seqfeature :: الأدوات :: Unlattener برامج ذات صلة

معلومات عنا