Bio :: SEQ. Bio :: SEQ هو كائن تسلسل، مع ميزات.
التحميل الان

Bio :: SEQ. الترتيب والملخص

Bio :: SEQ. العلامات

الوحدة النمطية بيرل يعارض تسلسل كائن التسلسل كائن بيوبرل

Bio :: SEQ. وصف

Bio :: SEQ هو كائن تسلسل، مع ميزات. Bio :: SEQ هو كائن تسلسل، مع ميزات .synopsis # هذا هو كائن التسلسل الرئيسي في Bioperl # يحصل على تسلسل من ملف $ seqio = bio :: seqio-> جديد ('-format' => 'embl' -file => 'myfile.dat')؛ $ seqobj = $ seqio-> next_seq ()؛ # SEQIO يمكن أن كل من قراءة وكتابة التسلسلات؛ انظر Bio :: Seqio # لمزيد من المعلومات والأمثلة، احصل على من قاعدة البيانات $ db = bio :: db :: genbank-> جديد ()؛ $ seqobj = $ db-> get_seq_by_acc ('x78121')؛ # جعل من السلاسل في البرنامج النصي $ seqobj = bio :: seq-> جديد (-display_id => 'my_id'، -seq => $ sequence_as_string)؛ # يحصل التسلسل كسلسلة من كائن التسلسل $ seqstr = $ seqobj-> seq ()؛ # التسلسل الفعلي كسلسلة $ seqstr = $ seqobj-> subseq (10،50)؛ # شريحة في الإحداثيات البيولوجية # تسترجع المعلومات من تسلسل # ميزات الميزات يجب أن تنفذ Bio :: Seqfeaturei واجهة @ deatures = $ seqobj-> get_seqfeatures ()؛ # فقط المستوى الأعلى foreach feeach بلدي الانجاز $ (features) {print "ميزة"، والتصويت $-> formal_tag، "يبدأ"، $ funs-> البدء، "ينتهي"، $ fun-> نهاية، "حبلا"، -> حبلا، "ن"؛ # ميزات الاحتفاظ ارتباط للكائن التسلسل الأساسي طباعة "تسلسل ميزة هو"، $ fund-> SEQ-> SEQ ()، "n"} # قد تحتوي على أنواع إذا (المعرفة $ seq-> الأنواع) {print "التسلسل هو من "، $ الأنواع-> binomial_name،" n "؛ } # كائنات التوضيحية هي Bio :: AnnotationCollectioni's $ Ann = $ seqobj-> التعليق التوضيحي ()؛ # كائن الشرح # المراجع هي نوع واحد من التعليقات التوضيحية للحصول عليها. أيضا الحصول على # التعليق و dblink. إلقاء نظرة على Bio :: AnnotationCollection ل # مزيد من المعلومات Fore Foreach My $ Ref ($ NEN-> Get_annotations ("المرجع")) {print "مرجع"، $ ref-> العنوان، "n"؛ } # يمكنك الحصول على اقتطاع وترجمات ومكملات عكسية، هذه # جميعها تعيد كائنات Bio :: SEQ أنفسهم، على الرغم من عدم توفر ميزات NO # حاليا لي $ TRUNC = $ Seqobj-> TRUNC (100،200)؛ بلدي rev = $ seqobj-> revcom ()؛ # هناك العديد من الخيارات للترجمة - تحقق من مستندات My Trans = $ seqobj-> ترجمة ()؛ # يمكن أن تدافع هذه الوظائف معا بلدي $ trans_trung_rev = $ seqobj-> trunc (100،200) -> revcom-> ترجمة ()؛ كائن SEQ هو تسلسل مع ميزات التسلسل الموضوعة عليه. يحتوي كائن SEQ على كائن أساسي للتسلسل الفعلي ويقوم أيضا بتنفيذ واجهة. لدينا BIOPERL لدينا 3 لاعبين رئيسيين يستخدمون الناس بشكل متكرر Bio :: ProfileSQ - فقط التسلسل وأسمائها، لا شيء آخر. Bio :: Seqfeaturei - موقع على تسلسل، يحتمل أن يكون تسلسل وشروح. Bio :: Seq - تسلسل ومجموعة من ميزات التسلسل (إجمالي) مع شرحه الخاص. غير مرتبط بشدة بتنسيقات الملفات هذه الفروق تفعل خريطة التنسيقات إلى ملفات الملفات المعقولة وللحصول على بعض المعلوماتية الحيوية التي قد يساعد ذلك الحيوي :: - ملف FASTA من Sequence Bio :: Seqfeaturei - إدخال واحد في ميزة Embl / Genbank / DDBJ الجدول Bio :: SEQ - EMBL / GENBANK / DDBJ Entryby الذي يحتوي على هذا الانقسام الذي نتجنب الكثير من المراجع الدائرية سيئة (ميزات التسلسل يمكن أن تعقد إشارة إلى تسلسل دون تسلسل يحمل إشارة إلى ميزة التسلسل). انظر BIO :: PRIMENTSEQ و BIO :: Seqfeaturei لمزيد من المعلومات. ساعد كورف حقا في تصميم نظام SEQ و Seqfeature. متطلبات: perl.

Bio :: SEQ. برامج ذات صلة