Bio :: Nexus :: Treesblock Bio :: Nexus :: Treesblock هو وحدة بيرل التي تمثل كتلة الأشجار من ملف Nexus.
التحميل الان

Bio :: Nexus :: Treesblock الترتيب والملخص

Bio :: Nexus :: Treesblock العلامات

منع الوحدة النمطية بيرل الأشجار ملف NEXUS بلوك الأشجار

Bio :: Nexus :: Treesblock وصف

Bio :: Nexus :: TreesBlock هو وحدة بيرل التي تمثل كتلة الأشجار من ملف Nexus. Bio :: Nexus :: TreesBlock هو وحدة بيرل التي تمثل كتلة الأشجار من ملف nexus.synopsis إذا ($ Type = ~ / thees / i) {$ block_object = جديد bio :: Nexus :: treesblock ($ block_type، $ block ، $ verbose)؛ . وظيفة: إنشاء كائن Bio جديد :: Nexus: TreesBlock كائن ويقرأ تلقائيا إرجاع الملف: Bio :: Nexus: Treesblock Object Args: النوع (السلسلة)، الأوامر / التعليقات لتحليل (صفيف المرجع)، وعلم حرفي (0 أو 1؛ اختياري) عنوان استنساخ: استنساخ الاستخدام: بلدي $ newblock = $ block-> استنساخ ()؛ وظيفة: استنساخ كائن كتلة (ضحلة) إرجاع: كتلة كائن ARGS: noneset_tries العنوان: SET_TRES استخدام: $ block-> set_tries ($ الأشجار)؛ وظيفة: تضع قائمة الأشجار (Bio :: Nexus: Outsss) إرجاع: None Args: المرجع إلى مجموعة من Bio :: Nexus :: Tree ObjectSAdd_tree العنوان: add_tree الاستخدام: $ block-> add_tree ($ شجرة)؛ وظيفة: إضافة الأشجار (Bio :: Nexus: Engine) إرجاع: None Args: Bio :: Nexus: Tree ObjectAdd_Tree_From_Newick العنوان: $ block-> add_tree_from_newick ($ newick_tree، $ tree_name)؛ وظيفة: إضافة شجرة (Bio :: Nexus: Office) إرجاع: None Args: سلسلة شجرة في تنسيق Newick واسم الشجرة (Scalars) get_tres العنوان: get_tres الاستخدام: $ block-trees ()؛ وظيفة: الحصول على قائمة الأشجار (Bio: Nexus :: كائنات شجرة) وإرجاعها إرجاع: المرجع إلى مجموعة من Bio :: Nexus: Toes Obsss Args: Noteget_tree العنوان: Get_tree استخدام: $ block-> get_tree ($ treename ) وظيفة: الحصول على شجرة أول شجرة (Bio :: Nexus :: Tool Offer) يطابق الاسم المعطى أو الشجرة الأولى إذا لم يتم تحديد TreeName $. إذا لم يكن هناك تطابقات شجرة، تعود الحكم. عوائد: Bio :: Nexus: Toes Object Args: اسم شجرة أو noneset_translate العنوان: set_translate الاستخدام: $ block-> set_translate ($ translate)؛ وظيفة: تحدد التجزئة من ترجمة أسماء العقد العائدات: لا شيء Args: Hash of TranslatTestResSlate العنوان: Translate Use: $ الذاتي> ترجمة ($ الأسطوما)؛ وظيفة: يترجم رقم باسمه المرتبط به. عائدات: عدد صحيح أو سلسلة ARGS: طريقة عدد صحيح: إرجاع الاسم المرتبط بالاسم المترجم هذا الرقم. إذا لم تتمكن من العثور على ارتباط، إرجاع الرقم. LIPLE.REROOT_TREE العنوان: REROOT_TREE الاستخدام: $ block-> reroot_tree ($ outgroup، root_position $، $ treename)؛ وظيفة: قم بإعادة تأكيد شجرة باستخدام OTU كقوة جديدة. العائدات: None Args: اسم Outgroup، المسافة قبل موضع الجذر و Tree Namereroot_all_tries العنوان: Reroot_all_tries الاستخدام: $ block-> reroot_all_tries ($ outgroup، root_position)؛ وظيفة: أخرج جميع الأشجار في شجرة الأشجار. استخدم OTU كعائدات جديدة خارج المجموعة الجديدة: Note Args: اسم Outgroup ووضع الجذر Rename_otus العنوان: Rename_otus الاستخدام: $ block-> rename_otus ( ترجمة)؛ وظيفة: إعادة تسميس العقد بناء على ترجمة تعدد هش ) وظيفة: حدد مجموعة فرعية من عائدات OTUS: كائن Nexus جديد Args: A REM إلى مجموعة OTU NamessElect_Tree الاسم: Select_Tree الاستخدام: $ Nexus-> select_tree ($ tereename)؛ وظيفة: حدد عائدات الأشجار: كائن Nexus جديد Args: A Tree NameAlelft_subtree الاسم: Select_subtree الاستخدام: $ nexus-> select_subtree ($ inodename)؛ وظيفة: حدد عوائد الفرعية: كائن Nexus جديد Args: اسم العقدة الداخلي للإشارة الفرعية لتكون seareExclude_subtree: exclude_subtree الاستخدام: $ nexus-> exclude_subtree ($ inodename)؛ الوظيفة: إزالة العائدات الفرعية وظيفة: قارن إذا كانت كائنات نيكزس متساوية العائدات: Boolean Args: متطلبات كائن Nexus: perl.

Bio :: Nexus :: Treesblock برامج ذات صلة