Bio :: Grep. امتداد بيرل للبحث في الحمض النووي وتسلسل البروتين
التحميل الان

Bio :: Grep. الترتيب والملخص

Bio :: Grep. العلامات

الوحدة النمطية بيرل بيرل بروتين الحمض النووي بحث تسلسل الحمض النووي بحث تسلسل البروتين

Bio :: Grep. وصف

امتداد بيرل للبحث في تسلسل الحمض النووي والبروتين BIO :: GREP هو امتداد بيرل للبحث في الحمض النووي وتسلسل البروتين. استخدام Synopsis Bio :: Grep؛ بلدي SBE $ = Bio :: Grep-> جديد ('VMatch')؛ # تحدد موقع صفائف لاحقة $ sbe-> الإعدادات-> Datapath ('البيانات')؛ mkdir ($ sbe-> settings-> datapath)؛ # الآن تولد صفيف لاحقة. عليك أن تفعل هذا مرة واحدة فقط. $ sbe-> gendate_database ({file => 'ath1.cdna'، الوصف => 'النصوص agi'،})؛ # البحث في هذه المجموعة لاحقة $ sbe-> الإعدادات-> قاعدة البيانات ('ath1.cdna')؛ # البحث عن التكمل العكسي والسماح 2 عدم التطابق $ sbe-> الإعدادات-> الاستعلام ('ugaacagaaag')؛ SBE-> الإعدادات-> عكس_complement (1)؛ $ sbe-> الإعدادات-> عدم التطابق (2)؛ # أو يمكنك استخدام ملف FASTA مع استفسارات # $ SBE-> الإعدادات-> Query_File ('oligos.fastra')؛ # $ sbe-> البحث ()؛ # بدلا من ذلك، يمكنك تحديد الإعدادات في مكالمة البحث. # هذا يعيد أيضا كل شيء ما عدا مسارات وقاعدة البيانات # (لأنه من المرجح أنها لا تتغير عندما يتم استدعاء البحث # عدة مرات) $ sbe-> بحث ({الاستعلام => 'AGAGCCCT، reverse_complement => 1، عدم التطابق => 1،})؛ بلدي ids؛ # خرجت بعض المعلومات! بينما (بلدي res = $ sbe-> next_res) {print $ res-> التسلسل-> id. " "؛ طباعة $ res-> alignment_string ()." "؛ ادفع ids، res-> sequence_id؛} # # الحصول على تسلسل الجينات لجميع المباريات ككائن bio :: seqio. # (لإنشاء ملف FASTA على سبيل المثال) لي $ seqio = $ sbe-> get_saving (ids . على سبيل المثال جينوم كامل، بروتين وبيانات الحمض النووي الريبي). يوفر Bio :: Grep API شائع للأدوات الأكثر شعبية. بهذه الطريقة، يمكنك بسهولة التبديل أو الجمع بين الأدوات. المتطلبات: perl.

Bio :: Grep. برامج ذات صلة